《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发[2006]187号）规定，在土地增值税清算时未转让的房地产，清算后销售或有偿转让的，纳税人应按规定进行土地增值税的纳税申报，扣除项目金额按清算时的单位建筑面积成本费用乘以销售或转让面积计算。单位建筑面积成本费用＝清算时的扣除项目总金额÷清算的总建筑面积。
　　
　　以上公式明确了清算时未转让，清算后销售转让的房地产（以下简称“再转让房产”）如何计算扣除项目的问题，但仍有两个问题没有提及：一是未明确再转让房产是否能够和初次清算房产合并清算调整的问题；二是清算后取得发票可否追补扣除的问题。
　　
　　案 例　　
　　方欣房地产公司于2009年起开发销售A项目，可售建筑面积为10万平方米，截至2012年5月底，已售建筑面积为9万平方米，占可售面积的90%，按照税务机关要求，办理土地增值税清算申报。清算申报资料显示，取得土地使用权所支付的金额为8000万元，房地产开发成本22000万元（不包括预提成本1000万元），房地产开发费用按取得土地使用权和开发成本之和的10%扣除，转让房地产收入总额为54000万元，已纳可扣除的与房地产有关的税金3024万元，剩余尾房1万平方米按已售房产均价计算估价为6000万元。
　　
　　本次清算项目总成本为8000＋22000＝30000（万元），单位可售建筑面积成本为30000÷10＝3000（元/平方米）。按照国税发[2006]187号文件规定，计算可扣除项目金额合计30000＋（8000＋22000）×20%＋（8000＋22000）×10%＋3024＝42024（万元），单位建筑面积可扣除项目金额为42024÷10＝4202.4（元/平方米）。
　　
　　本次清算可扣除项目金额却不能按上述单位建筑面积可扣除项目金额计算，可扣除的成本为3000元/平方米×9＝27000（万元），应扣除项目金额为27000＋27000×20%＋27000×10%＋3024＝38124（万元）。增值额为54000－38124＝15876（万元），增值率为41.64%，适用税率为30%，应缴土地增值税为4762.80万元。
　　
　　该公司2013年1月将剩余1万平方米销售完毕，取得转让房地产收入8000万元，缴纳与转让房地产有关的税金448万元，按照国税发[2006]187号文件第八条规定，2013年1月尾房销售后，可扣除项目金额为4202.4元/平方米×1万平方米＝4202.4（万元），增值额为8000－4202.4＝3797.6（万元），增值率90.37%，适用税率40%，应缴土地增值税为1308.92万元。
　　
　　企业首次收入成本和税金结转的会计处理为（单位：万元，下同）：　　
　　借：预收账款54000　　
　　贷：主营业务收入54000
　　
　　借：主营业务成本27900〔（8000＋22000＋1000）÷10×9〕　　
　　贷：开发产品27900（说明：预提成本一样要结转损益，但不能作为土地增值税扣除项目）
　　
　　借：营业税金及附加3024　　
　　贷：应交税费3024（营业税、城建税、教育费附加、地方教育附加,不包括未销售房产税金，清算时按规定只计算这部分税金）
　　
　　借：营业税金及附加4080　　
　　贷：应交税费（土地增值税预征率54000×2%）1080　　
　　应交税费（土地增值税拨备）3000　　
　　（假设测算后预提3000）。
　　
　　企业首次清算后补缴土地增值税会计处理为：　　
　　借：营业税金及附加682.80　　
　　贷：应交税费（土地增值税清算补缴）3682.80　　
　　（4762.8－1080）　　
　　应交税费（土地增值税拨备）-3000。
　　
　　企业再转让房产的收入成本和税金及清算的会计处理为：　　
　　借：预收账款8000　　
　　贷：主营业务收入8000
　　
　　借：主营业务成本3100〔（8000＋22000＋1000）÷10×1〕　　
　　贷：开发产品3100　　
　　（假设再转让时已经取得了预提成本发票，会计及所得税处理上已经不存在预提成本）
　　
　　借：营业税金及附加448　　
　　贷：应交税费（营业税、城建税、教育费附加、地方教育附加）448
　　
　　借：营业税金及附加1308.92　　
　　贷：应交税费（土地增值税预征8000×2%）160　　
　　应交税费（土地增值税再清算）1148.92　　
　　（1308.92－160）。
　　
　　结合以上清算过程和会计处理分析得出，尾房销售按照初次清算时可扣除项目金额计算，包括了初次销售税金3024万元一部分，但未包括本次销售税金448万元，明显不配比。另外，再转让房产时，取得了1000万元发票，按照原公式计算也未考虑在内。
　　
　　尾房销售税金应准予扣除　　
　　鉴于以上案例的结果，笔者认为，尾房销售税金应当准予扣除。清算后再转让土地增值税的计算方法建议修改为：清算时的扣除项目总金额＝（全部取得土地使用权所支付的金额＋全部开发成本）×（1＋20%）＋房地产开发费用＋清算时扣除的与房地产有关的税金。
　　
　　单位建筑面积成本费用＝（清算时的扣除项目总金额－清算时扣除的与房地产有关的税金）÷总可售面积。
　　
　　初次清算转让扣除项目金额＝单位建筑面积成本费用×初次清算所转让可售建筑面积＋与房地产有关的税金。
　　
　　再转让扣除项目金额＝单位建筑面积成本费用×再转让可售建筑面积＋再转让与房地产有关的税金。
　　
　　根据上述修订公式，单位建筑面积成本费用＝（42024－3024）÷10＝3900（元/平方米）。
　　
　　再转让可扣除项目金额＝3900元/平方米×1万平方米＋448＝4348（万元），增值额为8000－4348＝3652（万元），增值率84%，适用税率40%，应缴土地增值税税额为1243.40万元。与原公式计算减少税金1308.92－1243.4＝65.52（万元）。
　　
　　尾房销售后可合并清算　　
　　目前，尾房销售能否和初次清算合并再二次清算并没有明确规定，我们可以参考《湖北省地税局关于进一步规范土地增值税征管工作的若干意见》（鄂地税发[2013]44号）关于房地产开发项目土地增值税二次清算问题作出的规定：纳税人达到清算条件并进行土地增值税清算后，继续支付并取得合法、有效凭证的支出，可申请二次清算，但必须是所有成本、费用均已全部发生完毕。主管税务机关可根据实际情况重新调整扣除项目金额并调整应纳土地增值税税额，二次清算后，纳税人不得再要求进行土地增值税清算。
　　
　　无论第一次清算还是第二次清算，开发产品类型相同，分开清算可能会导致前后适用不同的税率，假如房屋全部销售完毕后，可以再一次最终清算，分析计算如下：
　　
　　全部销售收入为54000＋8000＝62000（万元），全部与房产转让有关的税金为3024＋448＝3472万元，全部可扣除成本8000＋22000＋1000＝31000（万元），全部可扣除项目金额为31000＋31000×20%＋31000×10%＋3472＝43772（万元），增值额62000－43772＝18228（万元），增值率41.64%，适用税率30%，应缴土地增值税5468.40万元。与上述分次清算差异5468.40－4762.8－1308.92＝-603.32（万元）。即便按照调整后公式计算，也存在差异5468.40－4762.8－1243.4＝-537.8（万元），差异的直接原因在于合并二次清算增值率降低了，税率变了，同时，预提成本1000万元在最终合并清算中得到了扣除，仅此一项即可知能够减少土地增值税应缴税额1000×（1＋20%＋10%）×30%＝390（万元）。
　　
　　综上所述，清算时未销售房产再转让，涉及的清算结果带有很大的不确定性。因此，笔者建议，初次清算只要不是全部房产，均可界定为土地增值税预清算申报，最后全部清盘后，可以进行二次清算，即最终清算，多退少补，实现清算项目土地增值税税额的唯一性和确定性。