申请增值税即征即退的嵌入式软件应按照《深圳市软件产品增值税即征即退工作指引》中有关规定，进行会计核算、开具发票、纳税申报、申请退税和接受主管税务机关的退税审核。具体明确如下：
一、嵌入式软件所涉及产品的成本核算。由于嵌入式软件一般与计算机硬件、机器设备（以下简称：硬件部分）等一起销售，销售时从货物的实物形态上不可分割，因此，纳税人在会计处理时，应区分软件、硬件部分，分别依其生产成本的产生和归集，设置相应的会计科目和专栏，并按规范的会计流程进行核算，最后形成相应的分类帐，总括反映不同软件、硬件的生产成本情况。对于软件品种、规格众多的纳税人，可以适当分类反映。软件（硬件）产品的生产成本具体包括直接材料、直接人工、制造费用三个部分。
（一）直接材料，即原材料。指直接用于产品生产、构成产品实体的原料、主要材料以及有助于产品形成的辅助材料。主要包括：原材料或主要材料、辅助材料、外购半成品、燃料、包装物以及其他材料。

（二）直接人工，即生产工资及福利费。指直接参加产品生产的员工的工资、奖金、津贴、补贴及按规定计题的福利费等。

（三）制造费用。指直接或间接用于产品生产，但又不便于直接计入产品成本，以及没有专设成本项目的各项费用。主要包括：生产单位管理人员的工资及福利费、办公费、差旅费、生产用固定资产的折旧费、机器设备的修理费、水电费、运输费、劳动保护费、季节性及修理期间的停工损失等。

上述软件、硬件的生产成本的核算必须符合现行会计基本准则和具体准则，计算和分配方法应适当和科学，反映的成本信息真实可靠、内容完整。

二、成本利润率的确定和销售额的核算。
根据《财政部国家税务总局关于嵌入式软件增值税政策的通知》（财税[2008]92号），当期嵌入式软件销售额＝当期嵌入式软件与计算机硬件、机器设备销售额合计－〔当期计算机硬件、机器设备成本×（1＋当期成本利润率）〕。因此，当期成本利润率=（销售额—生产成本）/生产成本，在核算嵌入式软件销售额前首先确定硬件成本利润率，纳税人确定的硬件成本利润率应符合以下要求：
（一）符合纳税人的产品定价标准。

（二）按月确定销售同一或同一类产品的综合硬件成本利润率。

（三）（销售额—生产成本）的部分应包括应划分的其他成本费用、利润等项目。

（四）所确定的硬件成本利润率应根据不同类别产品和不同时期的产品的收入、成本情况的变化和企业整体利润或毛利水平的变动作出适当和及时的调整。

纳税人按上述方式确定销售额后，对嵌入式软件所涉及的产品，分软件、硬件部分设置专栏分别反映销售额。

三、销售嵌入式软件所涉及产品开具发票时，应分别载明软件、硬件部分的销售额；不能在发票上载明的，应在发票备注栏以及发票清单中载明。

四、纳税人申报增值税时，应按照《深圳市软件产品增值税即征即退工作指引》的要求，分别填报软件、硬件的相关项目。

五、对于《深圳市软件产品增值税即征即退工作指引》下发前销售的嵌入式软件，如符合《财政部国家税务总局关于嵌入式软件增值税政策的通知》（财税[2008]92号）有关享受优惠的规定，并能按照《深圳市软件产品增值税即征即退工作指引》中有关规定进行会计核算、开具发票和提供申请资料的，主管税务机关应按规定受理其退税申请。部分纳税人申报纳税时未按规定分别填报软件、硬件的相关项目的，不需更正申报，以其软件、硬件合并申报项目的纳税申报资料作为其申请和办理增值税即征即退的依据。