BOT模式，即建设——运营——移交，是一种新型的融资方式。其实质是基础设施投资、建设和经营方式等，以政府和私人机构之间达成协议为前提，由政府向私人机构颁布特许，允许其在一定时期内筹集资金建设某一基础设施并管理和经营该设施及其相应的产品与服务。当特许期限结束时，私人机构按约定将该设施移交给政府部门，转由政府指定部门经营和管理。在我国，采用BOT方式运作，有诸多税收优惠。财政部、国家税务总局《关于调整完善资源综合利用产品及劳务增值税政策的通知》（财税[2011]115号），在环境保护、资源利用方面为BOT方式运营提供了更加广阔的税收筹划空间。
增值税
根据《财政部、国家税务总局关于资源综合利用及其他产品增值税政策的通知》（财税[2008]156号），从事BOT项目运营的企业，可以享受如下增值税税收优惠：一是销售再生水收入实行免征增值税；二是对污水处理劳务免征增值税；三是以垃圾为燃料生产的电力或者热力实行增值税即征即退的政策；四是利用风力生产的电力增值税实行即征即退50%的政策；五是对销售自产的综合利用生物柴油实行增值税先征后退的政策。
《关于调整完善资源综合利用产品及劳务增值税政策的通知》（财税[2011]115号），对农林剩余物资源综合利用产品增值税政策进行调整完善，并增加部分资源综合利用产品及劳务适用增值税优惠政策。其中，与BOT项目运营有关的税收优惠是：
1、对垃圾处理、污泥处理处置劳务免征增值税。
2、对销售下列自产货物实行增值税即征即退100%的政策：
即（1）利用工业生产过程中产生的余热、余压生产的电力或热力。
（2）以餐厨垃圾、畜禽粪便、稻壳、花生壳、玉米芯、油茶壳、棉籽壳、三剩物、次小薪材、含油污水、有机废水、污水处理后产生的污泥、油田采油过程中产生的油污泥（浮渣），包括利用上述资源发酵产生的沼气为原料生产的电力、热力、燃料。
上述政策自2011年8月1日起执行。
营业税
《财政部、国家税务总局关于公路经营企业车辆通行费收入营业税政策的通知》（财税[2005]77号），自2005年6月1日起，对公路经营企业收取的高速公路车辆通行费收入统一减按3%的税率征收营业税。
企业所得税
新的《企业所得税法》第二十七条明确企业“从事国家重点扶持的公共基础设施项目投资经营的所得”、“从事符合条件的环境保护、节能节水项目的所得”可以免征、减征企业所得税。
《企业所得税法实施条例》进一步明确，税法所称国家重点扶持的公共基础设施项目，是指《公共基础设施项目企业所得税优惠目录》规定的港口码头、机场、铁路、公路、城市公共交通、电力、水利等项目。企业从事前款规定的国家重点扶持的公共基础设施项目的投资经营的所得，自项目取得第一笔生产经营收入所属纳税年度起，第一年至第三年免征企业所得税，第四年至第六年减半征收企业所得税。
同时明确，税法所称符合条件的环境保护、节能节水项目，包括公共污水处理、公共垃圾处理、沼气综合开发利用、节能减排技术改造、海水淡化等。企业从事税法规定的符合条件的环境保护、节能节水项目的所得，自项目取得第一笔生产经营收入所属纳税年度起，第一年至第三年免征企业所得税，第四年至第六年减半征收企业所得税。
我国各地现在运作的BOT项目主要集中在城市污水处理、供水、修建垃圾焚烧厂、水电站和高速公路建设等领域。由于我国采用BOT方式的时间短，实施的项目较少，国家有关部门也没有制定统一的操作规范，加上没有颁布针对BOT方式的法律、法规，因此各地的运作主要是参照国外一些成功的做法和一些相关的法律、法规。
案 例
某市水建公司采用“BOT”参与公共基础设施建设，投资兴建污水处理厂。于2009年1月开始建设，2010年底完工，2011年1月开始运行生产。该厂总规模为处理污水500万吨/月，生产中水400万吨/月。污水处理厂建设总投资6000万元，工程由市水建公司投资、建设和经营，特许经营期为20年。经营期间，市政府按处理每吨污水付给1元运营费，特许经营期满后，该污水处理厂将无偿移交给政府。
2009年建造期，市水建公司实际发生合同费用3600万元，预计完成该项目还将发生成本2400万元；2010年实际发生合同费用2400万元。
2011年初污水处理厂投产，当年10月份处理污水500万吨，发生污水处理费用及生产中水费用1.68元/吨（不包括特许权摊销费用）。实际销售中水400万吨，每吨1.9元。同时取得污泥处理处置劳务收入50万元，其他应税项目收入90万元，款项均从银行入账。当月增值税进项税额100万元已经认证并准予抵扣。
合同完工进度按照累计实际发生的合同成本占合同预计总成本的比例确定，建设期间按实际发生的合同费用确认合同收入，增值税能够明确划分征免税项目收入成本。计算营业税、增值税、企业所得税等。
1、计算2009年、2010年营业税
（1）2009年
借：工程施工——合同成本 3600
贷：原材料等 3600
借：主营业务成本 3600
贷：主营业务收入 3600
借：营业税金及附加 118.80
贷：应交税费——应交营业税 108
应交税费——应交城市维护建设税 7.56
应交税费——应交教育费附加 3.24
（2）2010年
确认合同收入＝6000－3600＝2400（万元）
确认合同费用＝6000－3600＝2400（万元）
确认合同毛利＝0
借：工程施工——合同成本 2400
贷：原材料等 2400
借：主营业务成本 2400
贷：主营业收入 2400
借：营业税金及附加 79.20
贷：应交税费——应交营业税 72
应交税费——应交城市维护建设税 5.04
应交税费——应交教育费附加 2.16
借：无形资产 6000
贷：工程结算 6000
借：工程结算 6000
贷：工程施工——合同成本 6000
2、计算2011年10月份增值税
应税项目销项税额=90×17%=15.30（万元）。
借：银行存款 915.3
贷：主营业务收入 900
应交税费——应交增值税（销项税额） 15.3
结转免税项目应分摊的进项税额：100×（400×1.9＋50）÷（400×1.9＋50＋90）=90（万元）。会计分录：
借：主营业务成本（应分摊的进项税额） 90
贷：应交税费——应交增值税（进项税额转出） 90
当期应纳税额＝15.3－（100－90）＝5.3
借：应交税费——应交增值税（转出未交增值税） 5.30
贷：应交税费——未交增值税 5.30
3、企业所得税
当月实现利润由销售中水利润、减免税补贴收入、分担投资成本后计算而得。按照税法规定，该企业从2011年起企业所得税实行“三免三减半”。当月利润为：利润总额＝400×1.9－500×（1.68－1）＋（137.70－90）－6000÷20＝167.70（万元）。
需要注意的是，在会计核算上应明确划分征免税项目收入、成本，规范财务核算。免税项目对外销售不得开具增值税专用发票。
