住房公积金的计算比例：职工和单位住房公积金的缴存比例均不得低于职工上一年度月平均工资的5%；有条件的城市，可以适当提高缴存比例。具体缴存比例由住房公积金管理委员会拟订，经本级人民政府审核后，报省、自治区、直辖市人民政府批准。
三、国务院有关主管部门根据授权所作出的具体规定
建设部、财政部、中国人民银行《关于住房公积金管理若干具体问题的指导意见》（建金管[2005]5号）规定：“二、设区城市（含地、州、盟，下同）应当结合当地经济、社会发展情况，统筹兼顾各方面承受能力，严格按照《条例》规定程序，合理确定住房公积金缴存比例。单位和职工缴存比例不应低于5%，原则上不高于12%。采取提高单位住房公积金缴存比例方式发放职工住房补贴的，应当在个人账户中予以注明。未按照规定程序报省、自治区、直辖市人民政府批准的住房公积金缴存比例，应予以纠正。三、缴存住房公积金的月工资基数，原则上不应超过职工工作地所在设区城市统计部门公布的上一年度职工月平均工资的2倍或3倍。具体标准由各地根据实际情况确定。职工月平均工资应按国家统计局规定列入工资总额统计的项目计算。”
经过层层授权，最终形成住房公积金税前扣除的双重计算标准。第一重标准：单位和职工缴存比例不应低于5%，原则上不高于12%；第二重标准：缴存住房公积金的月工资基数，原则上不应超过职工工作地所在设区的市级统计部门公布的上一年度职工月平均工资的2倍或3倍。
但是上一年度职工月平均工资是个“动态”数字，每年都会有所不同。因此，各地住房公积金管理中心每年上半年，最晚不超过6月30日，都会根据当地统计局公布的本地区上一年度职工月平均工资，公布本年缴存住房公积金基数上限，调整全年执行。
[例1]以北京市某单位为例计算住房公积金税前扣除限额
北京市某单位2011年账载工资薪金支出87966705.11元，无其他调整。职工人数1000人，住房公积金实际缴纳10556004.61元。
第一步，确定北京市住房公积金缴存上限基数。北京市住房公积金管理中心《关于确定2011住房公积金年度月缴存额上限的通知》（京房公积金发[2011]14号）规定：“根据北京市统计局公布的2010年全市职工年平均工资50415元，计算2010年全市职工月均工资应为4201.25元。
按照《关于2011住房公积金年度住房公积金缴存有关问题的通知》（京房公积金管委会[2011]1号）中关于住房公积金月缴存额上限的计算公式，个人缴存部分：4201.25×300%×12%＝1512.45（元）（确定为1513元）；单位缴存部分：4201.25×300%×12%＝1512.45（元）（确定为1513元）。2011住房公积金年度住房公积金月缴存额上限定为3026元。原则上不允许单位住房公积金月缴存额突破缴存额上限。”
第二步，审查企业全年工资表，确定超标人数。经审查确定，该单位月均工资超过4201.25元的有800人。
第三部，计算扣除限额。2011年单位住房公积金实际缴存额=87966705.11×12%=10556004.61（元）；2011年单位住房公积金缴存上限=1513×800×12=14524800（元）。税前扣除限额为：10556004.61元，应纳税所得额无需调整。
[例2]以山东省济南市某单位为例计算住房公积金税前扣除限额（本例公积金年度视同与公历年度重合，实际计算时不重合部分应分段计算）
济南市某单位2009年账载工资薪金支出87966705.11元，无其他调整。职工人数1000人，住房公积金实际缴纳10556004.61元。
第一步，确定济南市住房公积金缴存上限工资基数。济南市住房公积金管理中心《关于调整2009年度住房公积金最高缴存工资基数的通知》根据国家有关部门关于“缴存住房公积金的月工资基数，不应超过职工工作所在设区城市统计部门公布的上一年度职工月平均工资的3倍，单位和职工住房公积金最高缴存比例均不得超过12%”的规定，现将调整2009年职工住房公积金最高缴存工资基数的有关问题通知如下：
①2009年度济南行政区域内职工每月住房公积金最高缴存工资基数为7900元。职工月工资超过以上限额的，最高按7900元为住房公积金月缴存工资基数；月工资未超过7900元的，以实际工资额计算住房公积金月缴存工资基数。
②各单位据此计算2009年的职工住房公积金缴存数额。按照最高缴存比例单位和职工各不超过12%的规定，2009年度单位和职工最高月缴存额为1896元（其中单位948元，个人948元），执行时间为2009年4月1日至2010年3月31日。
第二步，审查企业全年工资表，确定超标人数。经审查确定，该单位月均工资超过2633.33(=7900/3)元的有800人。
第三步，计算扣除限额。2009年单位住房公积金实际缴存额=87966705.11×12%=10556004.61（元）；2009年单位住房公积金缴存上限=7900×12%×12×800=9100800（元）。税前扣除限额为9100800元，应纳税所得额调增=10556004.61-9100800=1455204.61(元)。
