符合《规程》第九条应清算的项目，主管税务机关应督促纳税人在规定的时间内进行清算申报。符合《规程》第十条可清算的项目，主管税务分局确定清算的，由主管税务分局向纳税人下达《土地增值税清算通知书》（附件2），要求纳税人在90日内进行清算申报。

纳税人未在规定时间内进行清算申报的，应下达《责令限期改正通知书》，并按《征管法》第六十二条规定进行处罚。对符合《海南省地方税务局关于调整房地产开发项目土地增值税核定征收办法的公告》（2012年第3号公告），采取核定征收办法进行清算。

纳税人因特殊情况，确实不能在规定的时间内办理清算申报的，可根据《中华人民共和国税收征收管理法》第二十七条的规定，在土地增值税清算申报时限届满前，向税务机关提出书面延期申报申请，经税务机关核准，在核准的期限内办理申报。办理延期申报时主管税务分局须核实该项目是否足额预缴土地增值税，若未足额预缴，须足额预缴后方可办理延期申报申请手续。土地增值税清算延期申报最长不得超过90日，需延期30日以内的，由主管税务分局局长批准；需延期30日以上且不超过60日的，由市县区局局长批准；需延期60日以上的，报省局批准。

（二）清算受理。主管税务分局应按照《规程》的规定受理清算申报，在5日内对纳税人的申报情况进行以下审验：
1.审验清算申报资料是否齐全。对清算申报资料不齐全的，主管税务分局应出具《土地增值税清算补充材料通知书》（附件5）一次性告知纳税人，要求纳税人在15日内补齐。对纳税人在规定时间内未报送清算补充资料的，主管税务分局应下达《责令限期改正通知书》，并按《征管法》第六十二条规定进行处罚。

2.审验申报的房地产项目收入是否已足额预缴土地增值税。对未足额预缴土地增值税的，责令纳税人限期补缴，并按规定加收滞纳金，待税款补缴入库后，再向纳税人开具《土地增值税清算受理通知书》。

对同时符合上述两个条件的房地产项目，主管税务分局向纳税人出具《土地增值税清算受理通知书》（附件3），告知纳税人清算流程，签订《土地增值税清算工作廉政承诺书》（附件4）。

（三）清算审核。主管税务分局清算审核小组成员要认真做好审核工作底稿，在规定时间内出具清算审核报告，并在清算审核报告上签名后，上报审理委员会。
1.由主管税务分局清算审核小组自行审核的项目须在60日内出具清算审核报告；由主管税务分局委托中介机构审核的清算项目，中介机构需在40日内出具鉴证报告，主管税务分局清算审核小组20日内对鉴证报告进行审核并出具清算审核报告。审核小组成员须在审核报告上签名，上报主管税务分局审理小组。

2.在清算审核过程中需要纳税人提交补充资料的，应下达《土地增值税清算补充材料通知书》（附件5），并要求纳税人在15日内补齐（补正材料时间不计入本次清算核准时限内）；在清算审核过程中需要进行实地核查的，由清算审核小组提交《土地增值税清算下户核查申请》（附件6）经相关领导批准（海口、三亚和儋州市局须报经主管税务分局局长批准，其他市县区局须报经局长批准），持《实地核查通知书》（附件7）和税收执法检查证下户核查，检查人员不少于2名。

3.各市县区局根据工作需要，依据《国家税务总局关于加强土地增值税征管工作的通知》（国税发[2010]53号），可委托中介机构参与土地增值税清算审核鉴证工作，并对其进行年度考评。对税务师事务所从事涉税鉴证业务违反税收法律法规的，根据《注册税务师管理暂行办法》（国家税务总局令第14号）的有关规定处理。

（四）清算初审反馈。主管税务分局审核小组要将初步审核意见向纳税人进行反馈，纳税人须在10日内将反馈意见提交主管税务分局，纳税人超过期限未提出反馈意见，视同认可审核意见。主管税务分局对反馈意见进行审验后，形成清算初审报告，报主管税务分局清算审理小组审理。

（五）清算报告审理。各市县区局应成立清算审理委员会，主管税务分局应成立清算审理小组，审理期限为20日内。

1.清算审理小组程序：主管税务分局审理小组对清算审核小组的清算初审意见在10日内组织“一级”审理，审理小组可邀请市县区局税政法规科（室）相关人员参加审理会议，审理小组将审理意见统一报送至市县区局税政法规科（室），提请市县区局审理委员会进行“二级”审理。

2.清算审理委员会程序：市县区局审理委员会须在接到主管税务分局审理小组的审理意见后10日内组织“二级”审理，出具书面审理意见。

（六）出具清算结论和税款清缴。主管税务分局根据审理意见，在10日内向纳税人下达清算审核结论，通知纳税人到主管税务分局办理土地增值税清算税款的补（退）税手续。同时，依据具体情形，制作一式三份的《土地增值税清算核准表》（附件8）、《土地增值税清算税款缴纳通知书》（附件9）或《土地增值税清算退税通知书》（附件10）、《土地增值税清算核定征收通知书》（附件11），分别送达纳税人，传送至主管税务分局和市县区地税局税政法规部门存档。

（七）主动公开。各市县区局要将清算流程和办结情况在各单位网站上公开，自觉接受社会监督，具体内容包括：受理时间、审核时限、审核进度、办结情况和逾期办结原因。
受理时间：开具《土地增值税清算受理通知书》的时间。
审核时限：如2013年3月1日-5月31日（90日），如有延长，写明延长时限。
审核进度：项目清算进入到哪个环节，如正在审核、正在反馈、正在审理、出具结论。
办结情况：项目清算后应交土地增值税税额、已缴土地增值税税额、应补交土地增值税税额、已入库税款情况。
逾期办结原因：对超过90日未办结的要说明具体原因。

三、清算项目信息传递和档案管理
（一）信息传递。各市县区局应加强对土地增值税清算项目信息传递，按清算进展情况，做好台账登记管理工作。主管税务分局在每月15日前将《土地增值税清算管理台账》（附件12）上报市县区局税政法规科（室）。各市县（区）局于每月20日前向省局上报《土地增值税清算管理台账》。

（二）档案管理。按征管档案管理要求做好清算项目档案管理工作，并将清算结论报市县区局备案。

四、清算审核时限
主管税务分局自向纳税人送达《土地增值税清算受理通知书》之日起，在90日内（不包括补充材料的时间）出具清算结论。因特殊情况不能按时完成，须说明原因，按以下程序报批。
1.清算审核时间需延长15日以内的，由主管税务分局局长批准，并报市县区局清算审理委员会备案；

2.清算审核时间需延长15日以上且不超过30日的，由市县（区）局局长批准，并报省局地方税处备案；

3.清算审核时间需延长30日以上的，报省局批准。

五、工作纪律
各市县区局要严格执行《海南省地方税务局关于加强土地增值税征管和清算廉政工作纪律的通知》（琼地税函[2011]167号），对土地增值税清算工作实行一岗双责，要科学配备人力资源，规范执法行为，严格按照清算流程开展清算工作，增强防范廉政风险能力；严明工作纪律，完善监督程序，做到审核有说明、会议有记录，促使清算工作在阳光下公正公平运行。对清算工作中出现的违法违纪问题，一律按照《税收违法违纪行为处分规定》进行查处。对不按规定下达清算通知、不按规定审批延期申报、受理清算申报不出具《土地增清算受理通知书》、超过清算审核时限未出具清算报告和不主动公开清算工作等违反清算流程事项的，一律按照《海南省地方税务局税务执法过错责任追究办法实施细则》(琼地税发[2006]124号）追究有关责任人责任。

六、抽查复核
各市县区局要将土地增值税清算工作纳入执法督察范围，并做好年度抽查复核工作。省局将不定期对土地增值税清算工作进行督导。

七、工作衔接
各市县区局土地增值税清算办公室（以下简称“清算办”）对已受理并进入审核程序的项目，由清算办完成清算工作；对已受理未进入审核程序的项目，清算办将资料移交主管税务分局。

八、本通知自发文之日起执行。此前规定与本通知不一致的，以本通知为准。

相关政策——琼地税函[2014]197号海南省地方税务局关于进一步加强土地增值税清算工作的通知 

附件：
1.土地增值税清算工作流程图
2.土地增值税清算通知书
3.土地增值税清算受理通知书
4.土地增值税清算廉政承诺书
5.土地增值税清算补充材料通知书
6.土地增值税清算下户核查申请
7.实地核查通知书
8.土地增值税清算核准表
9.土地增值税清算税款缴纳通知书
10.土地增值税清算退税通知书
11.土地增值税清算核定征收通知书
12.土地增值税清算管理台账