2.发票处理
按照发票管理办法第三十七条的规定，税务机关对南华公司虚开发票行为，没收违法所得5万元，处5万元以上50万元以下的罚款。

除按上述规定处罚外，税务机关也可依据发票管理办法第四十一条“违反发票管理法规，导致其他单位或者个人未缴、少缴或者骗取税款的，由税务机关没收违法所得，可以并处未缴、少缴或者骗取的税款1倍以下的罚款”的规定，对南华公司没收违法所得5万元，并对因其导致信华公司少缴税款处1倍的罚款。

3.涉罪移送
按照《中华人民共和国刑法修正案（八）》（自2011年5月1日起施行）第三十三条的规定，虚开本法第二百零五条规定以外的其他发票，情节严重的，处2年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处罚金；情节特别严重的，处2年以上7年以下有期徒刑，并处罚金。单位犯前款罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依照前款的规定处罚。因此，按规定应将南华公司移送公安机关侦查。

对信华公司的处理
1.企业所得税处理
依照发票管理办法第二十一条“不符合规定的发票，不得作为财务报销凭证，任何单位和个人有权拒收”的规定，及企业所得税法第八条关于“企业实际发生的与取得收入有关的、合理的支出，包括成本、费用、税金、损失和其他支出，准予在计算应纳税所得额时扣除”的规定，企业所得税法实施条例第二十七条，《国家税务总局关于加强企业所得税管理的意见》（国税发〔2008〕88号）第一条第三项“加强发票核实工作，不符合规定的发票不得作为税前扣除凭据”的规定，对信华公司作出调整应纳税所得100万元，补缴企业所得税25万元的处理决定。

2.发票处理
依照发票管理办法第三十九条“有下列情形之一的，由税务机关处1万元以上5万元以下的罚款；情节严重的，处5万元以上50万元以下的罚款；有违法所得的予以没收：知道或者应当知道是私自印制、伪造、变造、非法取得或者废止的发票而受让、开具、存放、携带、邮寄、运输的”的规定，对信华公司取得虚开普通发票，处5万元以上50万元以下罚款。

3.偷税处理
依照税收征管法第六十三条第一款规定，对信华公司虚列费用，处50%以上5倍以下的罚款。

4.滞纳金处理
依照税收征管法第三十二条规定，对信华公司应补所得税税款按规定加收滞纳金。

5.涉罪移送
按照《中华人民共和国刑法修正案（八）》第三十三条规定，即虚开本法第二百零五条规定以外的其他发票，情节严重的，处2年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处罚金；情节特别严重的，处2年以上7年以下有期徒刑，并处罚金。单位犯前款罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依照前款的规定处罚，将信华公司按规定移送公安机关侦查。

通过上述处理可以看出，对于虚开普通发票，在立法层面上，对开票方和受票方均加大了打击力度，而且上升到刑法层面。尽管虚开普通发票实际执行过程中还存在许多问题亟待明确，例如如何理解“与实际经营业务情况”不符；对开票单位，发票管理办法第三十七条、第四十一条的选择性适用；对受票单位，对其购买发票虚列费用的事实同时进行两项处罚，即虚开普通发票行为处罚和偷税事实处罚，是否违背“一事不二罚”的原则等问题，但纳税人必须正视当前的法律环境，特别是2010年5月7日颁布执行的《最高人民检察院、公安部关于公安机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定（二）》第六十八条的规定，即非法出售普通发票100份以上或者票面额累计在40万元以上的，应予立案追诉。