根据现行税法，高新技术企业可享受税收优惠有四类：一是企业所得税低税率优惠，企业所得税税率可由原来的25%降为15%；二是企业研发费用加计扣除优惠，研发费计入当期损益未形成无形资产的，允许再按其当年研发费用实际发生额的50%，直接抵扣当年的应纳税所得额；三是企业所得税减免税优惠，企业符合条件的技术转让所得，可以免征、减征企业所得税；四是对在高新技术成果转化中做出重大贡献的专业技术人员和管理人员，由各级政府部门授予荣誉称号并安排专项资金给予奖励，对所获奖金免征个人所得税。
企业被认定为高新技术企业后，可以享受国家对高新技术企业给予的上述税收优惠。但是，有很多企业在取得了高新技术企业资格后，由于不注意加强后续的涉税管理，影响了企业对当期税收优惠的享受，甚至影响到高新技术企业资格的复审。从实践上看，高新技术企业在后续涉税管理中应该注意很多具体问题。
正确理解高新资格有效期和税收优惠资格有效期。例如，某公司通过高新技术企业认定后，获取的高新技术企业证书上显示的发证时间为2010年12月16日。那么，该公司的高新资格有效期为自颁发证书之日起的3年，即2010年12月16日～2013年12月15日。而该企业的税收优惠资格有效期为自认定当年起的3年，即2010年1月1日～2012年12月31日。也就是说，该公司在2013年1月1日～2013年12月15日期间，是没有资格享受高新企业税收优惠的。
按照规定，高新技术企业在高新资格期满后，如果要继续申请高新资格，应在资格期满前3个月内提出复审申请。比如上述公司的高新资格到期日为2013年12月15日，其应在2013年9月15日后提出复审申请。在复审期间，该企业的税收优惠资格有效期实际上已过期，但根据《国家税务总局关于高新技术企业资格复审期间企业所得税预缴问题的公告》（国家税务总局公告2011年第4号），高新技术企业应在资格期满前3个月内提出复审申请，在通过复审之前，在其高新技术企业资格有效期内，其当年企业所得税可暂按15%的税率预缴。
准确计算企业职工总人数和科技人员人数。高新技术企业低税率税收优惠的条件之一为：企业大专以上科技人员人数最低占总职工人数的30%。企业遇到常见问题是，职工总数是否包含劳务派遣人员？《国家税务总局关于企业所得税应纳税所得额若干税务处理问题的公告》（国家税务总局公告2012年第15号）第一条规定，企业因雇用季节工、临时工、实习生、返聘离退休人员以及接受外部劳务派遣用工所实际发生的费用，应区分为工资、薪金支出和职工福利费支出，并按企业所得税法规定在企业所得税前扣除。国家税务总局办公厅对此文件的解读中明确指出，企业雇佣季节工、临时工、实习生、返聘离退休人员以及接受外部劳务派遣用工，也属于企业任职或者受雇员工范畴。所以，在计算企业职工总人数时，暂未有文件明确必须有累计工作时间，即不能以劳务派遣等方式规避减少企业职工总人数这个分母指标。但是要注意，在确定企业科技人员这个分子指标时，要关注全年累计工作时间问题，按照《高新技术企业认定管理工作指引》第五条第二款规定，企业科技人员是指在企业从事研发活动和其他技术活动的，累计实际工作时间在183天以上的人员。
分清技术合同性质。企业所得税法实施条例规定，企业技术转让年所得在500万元以下的，免征企业所得税，超过500万元的部分减半征收企业所得税。需要提醒的是，企业可享受税收优惠的只是技术转让收入，其有别于技术开发收入，二者性质不同。
《中华人民共和国技术合同法》规定，技术合同分为技术转让、技术开发、技术咨询、技术服务四类性质。企业要享受技术转让所得减免税，必须将合同送到省科技局或商务部门进行合同性质认定，并由其出具合同性质认定证明。因此，企业在签技术合同时，应区别不同的行为签订不同的合同，并采用不同的合同模板形式。
注意可以叠加享受的税收优惠。企业所得税法既有针对一般企业普遍适用的税收优惠，也有专门针对高新技术企业的税收优惠，企业应注意判断这些优惠是否可以叠加享受。比如，高新技术企业在企业所得税上可以享受15%的低税率优惠，一般企业发生的研究开发费用可以在企业所得税前加计扣除。这两种税收优惠高新企业能同时享受吗？
《财政部、国家税务总局关于执行企业所得税优惠政策若干问题的通知》（财税〔2009〕69号）第二条规定，《国务院关于实施企业所得税过渡优惠政策的通知》（国发〔2007〕39号）第三条所称不得叠加享受，且一经选择，不得改变的税收优惠情形，限于企业所得税过渡优惠政策与企业所得税法及其实施条例中规定的定期减免税和减低税率类的税收优惠。因此，企业发生的研究开发费税前加计扣除，不属于企业所得税过渡优惠政策与企业所得税法及其实施条例中规定的定期减免税和减低税率类的税收优惠，可以与高新技术企业15%的优惠税率同时享受。
高新企业享受优惠税率需要到税务机关备案。《国家税务总局关于企业所得税税收优惠管理问题的补充通知》（国税函〔2009〕255号）规定，除企业所得税过渡类优惠政策、执行企业所得税法后继续保留执行的原企业所得税优惠政策、企业所得税法第二十九条规定的民族自治地方企业减免税优惠政策，以及国务院另行规定实行审批管理的企业所得税优惠政策外，其他各类企业所得税优惠，均实行备案管理。
需要注意的是，对高新企业享受优惠税率，各地税务机关都有专门的备案管理办法，对备案期限、备案需要报送的资料和管理程序都有详细的规定等。一般来说，备案时企业应该报送以下资料：《企业所得税涉税事项备案单》或《企业所得税优惠政策备案报告表》、省级高新技术企业认定管理机构颁发的《高新技术企业证书》(复印件)、企业具有大学专科以上学历的科技人员占企业当年职工总数的比例说明、研发人员占企业当年职工总数的比例说明等。 |
