国家税务总局在2002年把购进农业生产者销售免税农产品抵扣税率由原来的10%提高到13%，增加了农产品增值税进项税抵扣额。这本是一项利农惠农的好政策，但其在实际税收管理工作中的问题也日渐突出。因此必须进一步加强对农产品收购企业的税收管理和监督，特别是要加强对农产品收购凭证的监管工作。

当前存在的主要问题包括，虚增农产品收购价格和数量，擅自扩大抵扣范围，收购凭证开具时间上不规范，无法确定是直接收购的还是通过中间商销售。

笔者认为，收购凭证功能异化，削弱了增值税的管理。一是使农产品收购凭证成为增值税抵扣凭证，削弱了增值税通过专用发票环环相连、互相制约的优点；二是虚开、多开现象的出现，留下很大的管理漏洞。

虚开收购凭证侵蚀增值税税基。由于收购凭证是收购单位自行填开，自行申报抵扣，因此存在较大的随意性，存在虚开、多开及调整当期应纳税款的现象，同时税务机关对其开具方面缺乏有力的监控，这为不法分子偷税提供了可乘之机。尽管税务机关现在采取了一些诸如凭身份证抵扣、本人签字等管理措施，但事实上，这些规定只能治标不能治本。对于不法分子而言，虚拟一个销售方易如反掌，而税务机关由于时间、地域等客观因素的限制，要想核实每一笔收购业务的真实性也是不太现实的，特别是外埠收购业务。

对于如何加强对农产品收购企业税收管理，笔者认为可从以下几个方面着手。

严格一般纳税人收购凭证使用资格的审批制度。税务机关应从各个方面对申请使用收购凭证的企业进行认真审查，严格把关，确保使用收购凭证资格的审批不流于形式。同时要加强日常的管理和检查工作，对账簿不齐全，会计核算不健全，特别是库存农产品的原始资料不记录或记录不完整的，一律不得领购和使用收购凭证；已领购使用的，停止供应并收回收购凭证。

改进农产品收购凭证的抵扣条件和方式。改购进扣税法为实耗扣税法。将计提的农产品进项税额列入“待摊费用——农产品待抵扣税金”科目。企业在抵扣农产品进项税额时，按实际耗用或销售的农产品成本，以及规定的扣除率，计算出应抵扣的进项税额，将这部分应抵扣的进项税额，从“待摊费用——农产品待抵扣税金”科目转入“应交税金——应交增值税（进项税额）”科目。