增值税纳税原理及抵扣情形的界定
首先我们需要了解增值税的基本原理。增值税是对从事销售货物或者提供加工、修理修配劳务以及从事进口货物的单位和个人取得的增值额为课税对象征收的一种税。增值额是企业在生产经营过程中新创造的那部分价值，即货物或劳务价值中V＋M部分，在我国相当于净产值或国民收入部分。增值额在增值税中体现为增值税销项税额减去增值税进项税额。
2009年1月1日起执行的《增值税暂行条例》第四条对于应纳税额的界定为，当期销项税额－当期进项税额；
第八条对于允许抵扣当期进项税额的界定为以下几个方面：
(一)从销售方取得的增值税专用发票上注明的增值税额；
(二)从海关取得的海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额；
(三)购进农产品，除取得增值税专用发票或者海关进口增值税专用缴款书外，按照农产品收购发票或者销售发票上注明的农产品买价13%的扣除率计算的进项税额；
(四)购进或者销售货物以及在生产经营过程中支付运输费用的，按照运输费用结算单据上注明的运输费用金额和7%的扣除率计算的进项税额；
第九条对于不得抵扣增值税凭证的界定为纳税人购进货物或者应税劳务，取得的增值税扣税凭证不符合法律?行政法规或者国务院税务主管部门有关规定的，其进项税额不得从销项税额中抵扣。
增值税抵扣凭证时限及存在问题
我国于1979年引进、试点增值税，1984年第二步利改税和整个工商税制改革时正式建立，公布了增值税条例（草案）及其实施细则。1994年税制改革时，增值税作为改革的重点逐步走上规范化的道路。1994年以来，以增值税抵扣凭证的认证时间为增值税进项税额可以抵扣为前提的增值税抵扣政策，为增值税税款及时均衡入库起到了积极的作用。增值税当期应抵扣政策大致经历了三个阶段：
第一阶段从1994年到2003年。执行以工业生产企业购进货物必须在购进的货物已经验收入库后才能申报抵扣，商业企业购进货物必须在购进的货物付款后抵扣，购进应税劳务，必须在劳务费用支付后，才能申报抵扣进项税额的政策。在这一阶段，重点强调了以货物和资金的到位为增值税可以抵扣的前提，对于这一政策在实际执行中将企业经营过程中的资金不到位和货物不到位的问题融入了增值税的纳税环节的计算中，从而使一部分由于资金紧张而无法付款的纳税人的增值额加大而多缴了增值税，产生了企业纳税资金困难的问题。
第二阶段从2003年到2009年。执行增值税一般纳税人申请抵扣的防伪税控系统开具的增值税专用发票，必须自该专用发票开具之日起90日内到税务机关认证，否则不予抵扣进项税额的政策。在此阶段，解决了第一阶段存在的问题，对于可抵扣增值税进项税额的条件界定为“发票开具之日起90日内”和“并到税务机关认证”两个条件，充分体现了“以票控税”的管理思路，但由于有些企业从业务部门到财务部门的流程时间较长，常常出现增值税专用发票由于过期认证儿无法抵扣的问题，造成了企业增值税虚增而多缴税金的问题。
第三阶段从2010年开始至今。执行企业开具的增值税专用发票、公路内河货物运输业统一发票和机动车销售统一发票，应在开具之日起180日内到税务机关办理认证，并在认证通过的次月申报期内，向主管税务机关申报抵扣进项税额政策。在此阶段，尽管认证抵扣的时限由90天调整为180天，却依然保持着“以票控税”的管理思路，对于企业发生的真实交易，但由于客观原因造成增值税扣税凭证逾期而不能进行增值税抵扣的问题没有解决。
此次下发的50号公告规定：对增值税一般纳税人发生真实交易但由于客观原因造成增值税扣税凭证逾期的，经主管税务机关审核、逐级上报，由国家税务总局认证、稽核比对后，对比对相符的增值税扣税凭证，允许纳税人继续抵扣其进项税额。对此，我们应该理解为，增值税进项税额抵扣政策从单纯的“以票控税”的管理思路，调整为对于真实交易行为逾期增值税扣税凭证抵扣可以抵扣的政策，并为此制定了《逾期增值税扣税凭证抵扣管理办法》。
50号公告是一个比较宽泛的政策
50号公告明确，对增值税一般纳税人发生真实交易但由于客观原因造成增值税扣税凭证逾期的，经主管税务机关审核、逐级上报，由国家税务总局认证、稽核比对后，对比对相符的增值税扣税凭证，允许纳税人继续抵扣其进项税额。
对于客观原因的界定，公告明确有以下6个方面：
（1）因自然灾害、社会突发事件等不可抗力因素造成增值税扣税凭证逾期；
（2）增值税扣税凭证被盗、抢，或者因邮寄丢失、误递导致逾期；
（3）有关司法、行政机关在办理业务或者检查中，扣押增值税扣税凭证，纳税人不能正常履行申报义务，或者税务机关信息系统、网络故障，未能及时处理纳税人网上认证数据等导致增值税扣税凭证逾期；
（4）买卖双方因经济纠纷，未能及时传递增值税扣税凭证，或者纳税人变更纳税地点，注销旧户和重新办理税务登记的时间过长，导致增值税扣税凭证逾期；
（5）由于企业办税人员伤亡、突发危重疾病或者擅自离职，未能办理交接手续，导致增值税扣税凭证逾期；（6）国家税务总局规定的其他情形。
从以上6项客观原因分析，50号公告的规定考虑了由于自然灾害、社会突发事件等不可抗力因素，司法、行政机关的问题，企业之间的经营纠纷以及办税人员擅自离职的问题。笔者理解这是一个比较宽泛的政策，文件的核心意思是，只要是真实性业务，基本上能够享受增值税进项税额抵扣政策。
50号公告的另一个重要内容就是解决遗留问题时限及执行时间的规定。公告明确，解决遗留问题时限2007年1月1日以后开具的增值税扣税凭证，并2011年10月1日起执行。从解决遗留问题的时间上看，该文件考虑了征管法对于纳税人和税务机关的问题的追溯期为五年的相关规定。
申请逾期抵扣注意税务机关的权限
增值税一般纳税人发生真实交易但由于客观原因造成增值税扣税凭证逾期的，可向主管税务机关申请办理逾期抵扣。对于如何申请，需要提交哪些资料等内容，50号公告在附件《逾期增值税扣税凭证抵扣管理办法》（以下简称《办法》）中作了专门的规定。
《办法》对于纳税人的原因应报送如下资料要求：
（1）《逾期增值税扣税凭证抵扣申请单》。
（2）增值税扣税凭证逾期情况说明，客观原因涉及第三方的，应提供第三方证明或说明。
（3）逾期增值税扣税凭证电子信息；
（4）逾期增值税扣税凭证复印件。
对于税务机关的原因需要报送相关资料要求为，税务机关信息系统或者网络故障，未能及时处理纳税人网上认证数据的，主管税务机关应详细说明信息系统或网络故障出现、持续的时间，故障原因及表现等。
对税务机关审核的要求为：主管税务机关应认真审核纳税人所报资料，重点审核纳税人所报送资料是否齐全、交易是否真实发生、造成增值税扣税凭证逾期的原因是否属于客观原因、第三方证明或说明所述时间是否具有逻辑性、资料信息是否一致、增值税扣税凭证复印件与原件是否一致等。主管税务机关审核无误后，应向上级税务机关正式上报，并将增值税扣税凭证逾期情况说明、第三方证明或说明、逾期增值税扣税凭证电子信息、逾期增值税扣税凭证复印件逐级审核后上报至国家税务总局。
50号公告同时明确了税务总局权限。国家税务总局将对各地上报的资料进行审核，并对逾期增值税扣税凭证信息进行认证、稽核比对，对资料符合条件、稽核比对结果相符的，通知省税务机关允许纳税人继续抵扣逾期增值税扣税凭证上所注明或计算的税额。
主管税务机关可定期或者不定期对已抵扣逾期增值税扣税凭证进项税额的纳税人进行复查，发现纳税人提供虚假信息，存在弄虚作假行为的，应责令纳税人将已抵扣进项税额转出，并按《中华人民共和国税收征收管理法》的有关规定进行处罚。
执行“50号公告”的四点特别提示
50号公告下发后，各地税务机关会制定相关的审核措施，广大纳税人10月份开始可以将2007年1月1日以后开具的增值税扣税凭证未抵扣的问题进行清理，按逾期增值税扣税凭证抵扣管理办法第二项认真准备相关资料，抓住时机，咨询当地税务机关尽快解决遗留问题，在清理准备资料的过程中应注意以下几点：
1、未抵扣的增值税扣税凭证，是指公告第一项第三款例举的包括增值税专用发票、海关进口增值税专用缴款书和公路内河货物运输业统一发票，不包括农产品和废旧物资票。企业在梳理凭证信息时，对于逾期的电子信息需要取得销货方的报税信息，否则在无法确认销货方已经纳税的情形下购货方是不得抵扣进项税金的。
2、企业应充分运用和掌握公告第二项的6个客观原因，特别是对于企业之间的经营纠纷和办税人员擅自离职的规定，政策初衷是充分考虑了纳税人的权益，这应该是一个比较宽泛的政策，文件的核心只要是真实性业务，基本上能够享受增值税进项税额抵扣政策，企业在准备相关资料时要注意真实性和手续的完备，如办税员擅自离职应有充分的人证。
3、税务机关这次解决遗留问题的最终权限是国家税务总局，应该是考虑了金税稽核比对系统需要由总局开放，对于稽核比对结果相符的由总局通知省税务机关，各省市税务机关也会制定相关的工作程序。
4、税务机关对于解决完毕的遗留问题仍保留了事后检查权的权利，主要防止弄虚作假行为，对于企业来说只要是真是业务应该不存在风险。
