尽管税前扣除是重中之重，但如果收入确认的计算出现问题，汇算清缴中企业所得税的计算同样会不正确，产生税务风险。在收入确认中，纳税人须注意如下常见问题：
1.企业取得的各种收入是否分别按照权责发生制等原则加以确认
2.是否存在视同销售行为未作纳税调整
3.企业资产评估增值是否并入应纳税所得额
4.是否存在利用往来账户延迟实现应税收入或调整企业利润
据了解，从2013年起，许多地方的税务机关对于境内企业的关联交易也投入了很大的关注，特别是有些集团划分成本中心和利润中心。当集团内高新技术企业或软件企业有优惠政策，集团会将收入和利润向这些企业倾斜，从而造成税收的减少和税负的规避。
5.取得非货币性资产收入或权益是否计入应纳税所得额
6.是否存在各种减免流转税及各项补贴、收到政府奖励未计入应纳税所得额
7.是否存在接受捐赠的货币及非货币资产，未计入应纳税所得额
8.企业从境外被投资企业取得的所得是否未并入当期应纳税所得计税
例如受控外国公司，即企业在香港、英属维尔京群岛（BVI）等地注册的壳公司，所有的经营管理都是在国内进行，被中国企业所控制，它取得的相关收入应计入居民企业当期纳税所得额。
9.持有上市公司限售股，解禁之后出售取得的收入是否未计入应纳税所得额。
10.从上市公司分回股息时持股时间不满12个月是否纳税
11.非居民所得支付企业是否正确代扣代缴源泉扣缴所得税
为了更好的理解收入确认问题，我们下面来看几个案例。
案例一：预收账款收入确认
2010年3月，A公司收到B公司采购化工原料的订金1000万元，会计挂预收账款科目，直至年底，B公司没有开出采购订单，该1000万元是否确认为收入？直至2013年3月，B公司三年既未采购原料也未要求退还订金，此时是否应确认订金为收入？2014年1月，B公司终止营业并办理工商注销，且清算过程中未向A公司提出退回订金，则此时A公司取得的该订金是否应该确认为收入？
解析：
在2010年，国家支持民营企业进入某些行业，当时国有企业和民营企业的合作后，其合资的公司向A公司采购原材料，在一段时间之后，出现民营企业的股东撤资，但是由于相关手续没有办理，与供应商相关的交易出现断裂，只有等着合资公司最终被注销。A公司收到1000万元款项，B公司在该年度内未采购商品，这是预收账款，属于企业负债，如果B公司下单采购则要冲抵货款，如果取消采购则应退还。所以不能确认为收入。
此1000万元预收账款，只要没有转为采购款也没有退还对方，不论时间多久，都不能改变其债务的本质，所以三年的时间刻度并不是确认其是否作为收入的标准。在公司注销后仍未进行采购也未要求退款，则该订金构成了确实无法偿付的应付款项，应于B公司注销年底确认为营业外收入。
案例二：收取上级工会返还的工会经费
某公司缴纳工会经费后，市总工会将上缴工会经费的60%将返还缴费公司工会，用于服务广大职工。
解析：
上级工会返还的工会经费，其所有权在工会，不属于企业的收入，所以正常情况下应该是返还给工会而非公司。但在一些地方，依然有直接返还给企业的。此时，该款项属于代收的负债，公司全额返还给工会后属于代付，不涉及收入确认的问题。
实践中，有些公司收到工会经费，统一由公司核算，并用于工会的开支，这样就把工会的经费变成了企业的经费，把返还的经费变成了企业的收入，把工会的支出变成了企业的支出。这就会涉及所得税事项，在收到经费时需要确认收入。部分地区税务局将企业工会是否开立单独的工会账户作为判定标准。
案例三：按年度确认收入
房地产开发企业在建造房屋时往往需要很多年再出售给个人消费者。开发企业的主管税务局要求企业每年按照完工百分比确认其收入，这样的要求合理吗？某香港的房地产集团来大陆投资，与中国本土企业一起设立合资企业进行开发。香港集团往往会在中国设立地区总部，地区总部每年会向合资企业提供管理服务，包括信息收集、合同管理、法律支持等，并收取相应的服务费用。合资公司往往会照顾本土投资方，等到整个项目完成，房产出售获得盈利之后再支付管理服务费。中国总部的主管税务局要求该地区总部按年度进行收入确认。房地产开发企业的主管税务局的要求合理吗？地区总部的主管税务局的要求合理吗？
解析：
对于房地产开发企业，由于其在建造期间完全是没有收入的，如果按照完工百分比确认收入并缴税，将是一个非常惊人的金额。从税法角度也是没有依据的，企业没有资金，不可能借债付税，不符合纳税能力原则。对于地区总部常年提供劳务，即使与合资公司签订合同约定在三年或五年之后再行支付费用，税务局也可以要求其按年度确认收入。由于这是一个关联企业之间的业务，税务机关会考虑这种递延支付是不是一个递延纳税义务的手段，因为税款也是有时间价值的。 |
