按照《中华人民共和国发票管理办法实施细则》第二十四条和《中华人民共和国增值税暂行条例》第八条规定，纳税人在向农业生产者个人收购免税农产品时可自行开具收购发票入账，属于增值税一般纳税人的还可以按照收购发票上注明的农产品买价和13%的扣除率计算抵扣进项税。

但是，目前一些以鲜活农产品为原料的生产加工企业为保证原料供应，往往采取先向农户支付一部分定金或无偿提供种子、种苗（种畜、菌种）、化肥、农药、塑料薄膜、饲料，或二者兼有，然后再在收购农产品时从应付的收购款中扣回预付的现金和生产资料（以下简称材料）款。有企业询问在这种情况下如何开具收购发票。

笔者认为按照现行增值税收入确认的相关政策，在这种情况下对收购发票的开具应区分预付现金和对预付材料的核算情况而定。
一、对预付的现金可在支付收购款时直接坐扣，即按收购农产品应付的全部价款开具收购发票并计提进项税，按扣除预付现金后的差额支付收购款。
例如：某企业预付现金5万元向农户订购万寿菊（提炼天然色素的原料）。秋后该企业共收购20万斤，单价0.6元，应支付收购款20×0.6＝12（万元），开具收购发票的金额应为12万元（实际工作中收购发票有填开限额规定的应按限额开具，下同），收购时支付的收购款为12－5＝7（万元）。

二、对预付材料要看具体核算情况开具收购发票。
首先，对预付的种苗、化肥、农药、塑料薄膜等材料不符合《财政部、国家税务总局关于增值税、营业税若干政策规定的通知》（财税〔1994〕26号）规定的代购货物同时具备的三个条件：1.受托方不垫付资金；2.销货方将发票开具给委托方，并由受托方将该项发票转交给委托方；3.受托方按销售方实际收取的销售额和增值税额（如系代理进口货物为海关代征的增值税额）与委托方结算货款，并另外收取手续费。因此，对预付的材料不能按为农户代购货物处理，属于应税项目的应当征收增值税。

其次，《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》第四条规定，将自产、委托加工或者购进的货物无偿赠送其他单位或者个人，应视同销售征收增值税；同时第三十八条还规定，采取赊销和分期收款方式销售货物，为书面合同约定的收款日期的当天，无书面合同的或者书面合同没有约定收款日期的，增值税纳税义务发生时间为货物发出的当天。因此，不论为农户提供的材料是否属于应税货物，也不论是有偿还是无偿、在收购农产品时是坐扣还是另外收取价款，都应当作销售或者按视同销售处理后，才能按农产品的实际收购价全额开具收购发票。否则，只能视为《国家税务总局关于纳税人采取“公司＋农户”经营模式销售畜禽有关增值税问题的公告》（国家税务总局公告2013年第8号）所述的“公司＋农户”经营模式，按《国家税务总局关于受托种植植物、饲养动物征收流转税问题的通知》（国税发〔2007〕17号）相关规定视为自产货物不能开具收购发票，对农户提供种植劳务由税务机关代开营业税发票（按营业税暂行条例规定免征营业税）。

例如：假设上述该企业与某农户签订万寿菊预购合同时规定，在春耕时提供价款8万元的菊苗、化肥、农药、塑料薄膜等材料。该材料价款从秋后万寿菊的收购款中坐扣，假设秋后收购万寿菊40万斤，单价0.6元，应支付收购款40×0.6＝24（万元），该企业已将预付的材料在会计上做了销售处理，因此，虽然当时支付的收购款为24－8＝16（万元），则开具收购发票的金额应为24万元。如果该企业对预付的菊苗、化肥、农药、塑料薄膜等材料在会计上没做销售，在纳税时也没视同销售，则对因预付材料而收购（收回）的万寿菊不能开具收购发票。

三、既预付现金，同时又预付供材料的，需要分别依照以上方法进行处理。
总之，对于预付现金，在收购农产品时可按买价（市场价）全额开具收购发票；对于预付材料，则要视材料是否作销售（或视同销售）而定。即：如果对预付的材料在会计上已作销售或者在申报纳税时已按视同销售处理，不论合同约定是否在支付收购款时坐扣预付的材料款，销售材料与收购农产品都是两个截然不同的商品流通环节。这样，在收购农产品时才可按买价（市场价）全额开具收购发票，否则，对预付的材料只能视为生产费用，回收农产品时不能开具收购发票。

此外，农产品的预购不像工业品那样稳定，受自然旱涝和病虫害的影响，如果颗粒不收，所预付的材料无论在会计上无论是否作销售或视同销售处理，其所形成的预付或应收款（包括预付的现金）都不能转作当年预购农产品的成本开具农产收购发票，只能作为非常损失处理。