恶意取得增值税发票抵扣进项税的，根据《关于纳税人取得虚开的增值税专用发票处理问题的通知》（国税发[1997]134号）的规定，除依照《税收征收管理法》及有关规定追缴税款外，还要处以偷税数额五倍以下的罚款；进项税金大于销项税金的，应当调减其留抵的进项税额。利用虚开的专用发票进行骗取出口退税的，应当依法追缴税款，处以骗税数额五倍以下的罚款。构成犯罪的，税务机关依法进行追缴税款等行政处理，并移送司法机关追究刑事责任。

（二）善意取得虚开的增值税专用发票
企业在经营活动中，由于非主观原因，有时会取得虚开的增值税专用发票，对于这种情况如何处理，国家税务总局在《关于纳税人善意取得虚开的增值税专用发票处理问题的通知》（国税发[2000]187号）中给予明确。该文件对善意取得虚开的增值税专用发票的条件进行了明确，即必须同时满足以下条件：
（1）购货方与销售方存在真实交易，销售方使用的是其所在省（自治区、直辖市和计划单列市）的专用发票，专用发票注明的销售方名称、印章、货物数量、金额及税额等全部内容与实际相符；

（2）没有证据表明购货方知道销售方提供的专用发票是以非法手段获得的。
为保护纳税人的合法权益，对于善意取得增值税专用发票的纳税人，不以偷税或者骗取出口退税论处。但应按有关规定不予抵扣进项税款或者不予出口退税；购货方已经抵扣的进项税款或者取得的出口退税，应依法追缴。

同时，税法亦规定了相关补救措施，即：纳税人善意取得虚开的增值税专用发票，如能重新取得合法、有效的专用发票，准许其抵扣进项税款；如不能重新取得合法、有效的专用发票，不准其抵扣进项税款或追缴其已抵扣的进项税款。但国税发[2000]187号文对于纳税人善意取得的虚开的增值税专用发票的滞纳金如何处理没有明确，为此国家税务总局通过《国家税务总局关于纳税人善意取得虚开增值税专用发票已抵扣税款加收滞纳金问题的批复》（国税函[2007]1240号）对此进行了规定，即：纳税人善意取得虚开的增值税专用发票被依法追缴已抵扣税款的，不属于税收征收管理法第三十二条“纳税人未按照规定期限缴纳税款”的情形，不适用该条“税务机关除责令限期缴纳外，从滞纳税款之日起，按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金”的规定。

虽然上述规定在一定程度上保护了善意纳税人的合法权益，但如不能重新取得增值税专用发票，仍存在不能抵扣进项的风险，故企业在经济交往过程中一定要加以注意，避免取得虚开的增值税专用发票。

二、如何规避取得虚开增值税专用发票的风险
纳税人积极主动的采取一些有效的防范措施，还是可以降低相关风险。
（一）提高防范意识，尽量避免取得虚开发票
纳税人在购进货物时，一定要提高防范意识，从思想上重视虚开发票问题，积极主动地采取一些必要措施，有意识地审查取得发票的真实性。

（二）对交易对方做必要的了解
通过对交易对方的经营范围、经营规模、企业资质等相关情况的了解，对其有一个总体的评价，并评估相应的风险。一旦发现交易对方有异常情况，应当引起警惕，做进一步的追查，并考虑是否继续进行交易。

（三）尽量通过银行账户划拨货款
尽量通过银行账户将货款划拨到交易对方的银行账户内，在这个过程中，纳税人可再次对购进业务进行监督审查，以降低相关风险。

（四）加强员工专业知识的培训
通过对相关业务人员进行专业的增值税专用发票知识的培训，使其系统全面的了解增值税专用发票的相关知识，将能够大大降低取得虚开增值税专用发票的风险。

总之，纳税人如果对虚开发票提高防范意识，在具体购进货物的过程中，多做一些深入细致的工作，必将能够大大降低取得虚开增值税专用发票的风险，从而减少不必要的经济损失。