在地方层面，我们可以看到有两派观点。上海市地方税务局在 《上海市地方税务局关于证券自营、货运代理等业务征收营业税若干问题处理意见的通知》（沪地税一[1995]60号）规定：对企、事业单位从一级市场或二级市场上购入的国库券、国家债券、企业债券后取得的到期兑付利息收入及保值补贴收入视同企、事业单位的投资收益不征收营业税。对除金融机构以外的其他单位从事以上债券以及其他证券的买卖收益亦不征收营业税。山东省地方税务局在《山东省地方税务局关于金融机构购买债券到期后取得的利息收入不征收营业税问题的通知》（鲁地税函[2001]81号）中也持类似观点，即对银行等金融单位购买债券到期后取得的利息收入，不征收营业税。但是，安徽省地方税务局在《安徽省地方税务局关于金融机构购买债券取得的利息收入征收营业税问题的批复》（皖地税函[2004]539号）则持有不同观点。该局规定：对金融机构购买财政部发行的各种债券取得的利息收入免征营业税。金融机构购买其他金融机构发行的债券取得的利息收入，不属于金融机构往来收入，应按规定征收营业税。由于财政部只发行国债和地方债，因此根据安徽的规定，金融机构只有购买国债和地方债取得的利息才免征营业税。金融机构购买金融债、企业债等其他债券取得的利息所得都需要缴纳营业税。对此，广州地税在穗地税发[2002]82号中也持类似观点。
在各地对这一政策掌握口径不一致的情况下，我们也查找了国家税务总局在实际开展对金融机构税务检查中是如何看待这个问题的。在国家税务总局《关于开展第二批大型企业集团税收自查工作的通知》（稽便函[2009]49号）之《银行业税收自查提纲》规定：对其持有金融债券到期利息收入不征收营业税，对其持有非金融债券到期利息收入照章征收营业税。也就是说，从稽查实践中来看，倾向于对于金融机构持有国债、地方债以及金融债取得的利息免征营业税。但对于金融机构持有的企业债等其他债券取得的利息所得需要征收营业税。
二、金融机构债券买卖营业税政策
在第一个问题讨论的基础上，我们进一步梳理目前对于金融机构债券买卖的营业税政策。目前对于债券买卖如何确认营业税计税基础缴纳营业税的政策主要有两个：《国家税务总局关于印发<金融保险业营业税申报管理办法>的通知》（国税发[2002]9号，以下简称国税发[2002]9号）明确，债券转让的营业额为买卖债券的价差收入，即营业额=卖出价-买入价。债券买入价是指购进原价，不得包括购进债券过程中支付的各种费用和税金。卖出价是指卖出原价，不得扣除卖出过程中支付的任何费用和税金。而 《财政部、国家税务总局关于营业税若干政策问题的通知》（财税[2003]16号）进一步对买入价如何确认进行了规定，即买入价依照财务会计制度规定，以股票、债券的购入价减去股票、债券持有期间取得的股票、债券红利收入的余额确定。
由于目前金融机构从事债券买卖基本上都在银行间债券市场和交易所债券市场进行，且在这两个市场进行的债券交易都实行净价交易。因此，我们就以债券净价交易的方式来讨论债券买卖的营业税问题。假设A商业银行2012年1月1日按面值买入才发行的三峡债1份（为方便计算，按一份算），年利率为6%，按年支付利息，于次年1月5日前付息。实际成交价均不包括购进和卖出债券过程中支付的各种费用和税金。具体交易内容如下：
2012年1月1日，A商业银行按面值购入1份三峡债。
2012年6月30日，A商业银行以101.2的价格卖出该债券给B商业银行，由于债券实行净价交易，实际成交价为104.2（应计利息自动包含在成交价中）。此时，该商业银行发生了债券转让行为，究竟应该如何缴纳营业税，这里有两种观点：
第一种观点是就按债券净价计算：101.2-100=1.2
第二种观点是按实际成交价计算：104.2-100=4.2
但是，我们从《财政部、国家税务总局关于营业税若干政策问题的通知》（财税[2003]16号）的规定来看，由于该文件规定买入价依照财务会计制度规定，以股票、债券的购入价减去股票、债券持有期间取得的股票、债券红利收入的余额确定（这里的债券红利应该指的就是利息）。既然买入价要扣除债券持有期间取得的利息，而债券转让营业税如果按净价计算，净价中是不包含利息的。因此，从这个角度推理来看，营业税中的债券买入价和卖出价应该指的是包含利息的实际成交价。基于这个推论，我们应该认为按照第二种观点处理，即A商业银行应该按照4.2缴纳营业税。实际这里的4.2可以分为两部分：第一部分1.2是债券按净价交易计算的资本利得，第二部分3是债券持有期间的应计利息。
2013年1月5日，B商业银行取得该三峡债分配的利息所得6元。此时，根据我们在第一部分分析的政策来看，对于B商业银行而言，三峡债既不属于财政部发行的债券，也不属于金融债，因此B企业取得的利息6元需要缴纳营业税。此时，我们就发现问题来了。对于B企业取得的6元利息中，3元已经在A商业银行转让时被征收了营业税。如果此时对B银行取得的6元利息再全额征收营业税，有3元就被重复征收了营业税，这是一个很大的问题。
2013年6月30日，B商业银行以102.5的交易净价卖出该债券，实际成交价为105.5元。按照上面分析，我们应该以总价作为债券转让营业税计税依据。此时，卖出价是105.5元，没有任何疑问。买入价根据财税[2003]16号的规定以债券购入价减去持有期间取得的利息。购入价是104.2，持有期间实际取得的利息是6元。因此，我们可以得出如下的公式：
B商业银行买卖债券营业税计税依据=105.5-（104.2-6）=105.5 6-104.2=105.5 6-（101.2 3）=105.5-101.2 （6-3）=(102.5 3)-101.2 (6-3)=102.5-101.2 (6-3) 3
通过对B商业银行买卖债券营业税计税依据的公式分解我们可以看出，在B商业银行卖出债券时，我们按照现行规则对B商业银行营业税的计税基础可分解为三部分：
第一部分：102.5-101.2是B商业银行卖出和买入三峡债的按交易净价计算的资本利得；
第二部分：6-3是B商业银行2012年6月30日买入该债券后至2012年12月31日实际孳生的利息；
第三部分：3是B商业银行在2013年1月5日分配取得6的利息后，在2013年1月1日和6月30日期间孳生的利息。
此时，我们可以看到，对于第二部分B商业银行2012年6月30日买入该债券后至2012年12月31日孳生的利息3元，实际在B商业银行2013年1月5日取得6元的利息收入时已经全部征收了营业税。此时，在B银行2013年6月30日卖出金融商品时按现行规则征收营业税，对这部分3元的利息所得也重复征税了。
对于第三部分的3，即B银行在2013年1月5日和6月30日期间孳生的利息如果在其转让环节征税，下一道购买者在分配取得利息时又会重复征税，并一直循环下去。
同时，我们可以进一步看到，假设A商业银行购买的不是三峡债而是国债。虽然我们规定对于金融机构购买国债取得的利息所得是不征收营业税的。但是，如果对于金融机构的债券转让营业税规则按上面方法设计，A商业银行在2012年6月30日转让国债时，3元的持有期间利息实际就被征收了营业税。B商业银行在2013年1月5日分配取得6元的国债利息是不征收营业税的。但是，在B商业银行2013年6月30日卖出该国债时，第二部分（6-3）元即B商业银行2012年6月30日买入该债券后至2012年12月31日实际孳生的国债利息被征收了营业税，第三部分3元即B商业银行在2013年1月5日分配取得6的利息后，在2013年1月1日和6月30日期间孳生的国债利息也被征收了营业税。因此，在现有债券转让营业税规则下，金融机构购买国债取得的利息收入不征收营业税的规定是没有得到落实的。
因此，我们可以看到，现行国家对于债券交易的营业税政策，是存在很大的税问题。由于我国目前金融机构债券交易仅银行间市场就有上百万亿的规模，这个征税规则的不完善造成的影响是比较大的。
三、完善我国债券交易营业税政策的意见和建议
由于我国目前银行间债券市场和交易所债券市场的债券交易都实行的是净价交易，从既方便税收征管，又防止重复征税的角度，建议对债券交易的营业税政策做如下调整：
第一，对债券交易的资本利得和利息所得的营业税政策分开考虑，不宜混在一起。
第二，对债券买卖征收营业税中的买入价和卖出价全部是按债券交易净价计算，不包含债券孳生的应计利息。
第三，对于债券利息所得，在金融机构实际取得利息分配时（既包括持有期间取得的利息所得，也包括持有至到期取得的利息所得），视各种情况分别征税。比如，如果金融机构持有的是国债、地方债或金融债的，实际取得的利息所得不征收营业税。如果持有的是其他债券，实际取得利息所得时缴纳营业税。
按照这个规则，我们再回到上面的案例来看：
2012年6月30日，A商业银行卖出债券时，就按债券交易净价101.2-100=1.2申报缴纳营业税。
2013年1月5日，B商业银行实际分配取得6元的债券利息，由于该债券是企业债，该银行按6元申报缴纳营业税
2013年6月30日，B商业银行卖出债券时，同样按交易净价102.5-101.2=1.3申报缴纳营业税。
按照这样的规则设计政策，债券利息所得不会存在重复征税问题，且将债券利息分离出来，也有利于政策制定者对于金融机构购买的不同种类债券取得的利息所得规定不同的营业税征税政策。同时，这样的交易规则，在现行债券交易实行净价交易的背景下，也方便于税收的征管。
