按照《财政部、国家税务总局关于教育税收政策的通知》（财税[2004]39号，以下简称39号文件）的规定，对政府举办的高等、中等和初等学校（不含下属单位）举办进修班、培训班取得的收入，收入全部归学校所有的，免征营业税和企业所得税。当地税务机关按此文件规定对两所不同性质的学校取得的培训收入作不同的税务处理，似乎并无问题，但是如果结合《民办教育促进法》和《民办教育促进法实施条例》等相关文件的精神，税务机关如此处理却有待商榷。

    《民办教育促进法》第46条明确规定：“民办学校享受国家规定的税收优惠政策。”2004年4月1日起实施的《民办教育促进法实施条例》（以下简称《实施条例》）第38条进一步规定：“捐资举办的民办学校和出资人不要求取得合理回报的民办学校，依法享受与公办学校同等的税收及其他优惠政策”。上述政策表明，民办学校享受的税收优惠政策应当由国家统一规定，而且民办学校与公办学校享受同等的税收优惠政策，并不因为民办学校姓“民”，就应当与公办学校区别对待。

    再来看39号文件的规定，因办学主体不同适用不同的税收政策，公办学校免征营业税和企业所得税，而民办学校（无论是否要求取得合理回报）则不在免税范围，显然与《民办教育促进法》及《实施条例》立法精神和具体条款相抵触。此外，《实施条例》第38条还规定，出资人要求取得合理回报的民办学校享受的税收优惠政策，由国务院财政部门、税务主管部门会同国务院有关行政部门制定。而现实是，无论是39号文件还是其他有关教育的税收政策，都没有对要求取得合理回报的民办学校作出规定。由于国家税收政策的不明确，导致各地税务机关执法口径难以统一，纳税人意见比较大。

    政策建议
    39号文件是财政部、国家税务总局以“通知”的形式发布的，它属于部门规范性文件，从法律层级分类来讲，属于部门规章一级的法律文件，而《民办教育促进法》是全国人大通过的法律，《实施条例》则是由国务院发布的，在法律层级上属于行政法规一级的法律文件。根据法律适用的一般原则，法律及行政法规的法律效力高于部门规章，部门规章的内容不得与行政法规相抵触，与行政法规相抵触的部门规章不具有法律效力。

    可见，税务机关如按照39号通知的有关内容执行，会因与《实施条例》的相关条款内容相抵触，而承担法律风险。因此建议财政部、国家税务总局尽快废止39号文件，同时按照《实施条例》的精神，重新制定有关教育税收政策。具体建议是将民办学校分成两类，规定对不要求取得合理回报的民办学校可以依法享受与公办学校同等的税收优惠政策；而对要求取得合理回报的民办学校，在明确合理回报标准的基础上，结合其实际经营情况，可给予一定的优惠政策，比如对企业用税后利润投资办学的，其与投资额对应的企业所得税可以免征，以扶持其发展。