就本例而言，B公司相当于以投资额4000万元购入了200套成本价值为3600万元，市场价值为5000万元的房产，由于计税成本已经确定，根据国税发〔2009〕31号文件规定，对此房产分配，A公司确定销售收入为4000万元，与收入相配比的计税成本3600万元之间的差额为400万元，应计入当应纳税所得额。如果B公司的投资额为3500万元，则确认销售收入为3500万元，与收入相配比的计税成本3600万元之间的差额为-100万元，应调减当期应纳税所得额。在不考虑其他因素的情况下，B公司假如又将所分配房屋按5000万元全部销售，则此间产生的应纳税所得额则为1000万元（5000-4000）或1500万元（5000-3500）。

营业税
首先，关于营业税中的合作建房问题，《国家税务总局关于印发〈营业税问题解答（之一）的通知〉》（国税函发〔1995〕156）第十七条规定，合作建房是指由一方提供土地使用权，另一方提供资金的行为。而本例中项目开发建设过程中，土地使用权人和房屋所有权人均为A公司，未发生营业税条例规定的转让无形资产的行为。依据《国家税务总局关于合作建房营业税问题的批复》（国税函〔2005〕1003号）规定，A、B两公司房地产开发项目合作，不属于合作建房，不适用国税发〔1995〕156号文件第十七条有关合作建房征收营业税的规定。

其次，项目开发合作中营业税计税依据的确定。
（一）分配开发产品的A公司应申报缴纳销售不动产营业税。
但这里在营业税计税依据的确定上存在以下两种情况：
1.A公司按B公司实际投资额4000万元或3500万元确认营业税计税收入。
根据营业税暂行条例及实施细则、《国家税务总局关于中外合作开发房地产征收营业税问题的批复》（国税函发〔1994〕644号）、《国家税务总局关于以不动产作为股利进行分配征收营业税问题的批复》（国税函〔1997〕387号）和《国家税务总局关于广州海粤房地产发展有限公司开发经营广州“东山广场”征收营业税问题的批复》（国税函〔1998〕413号）的相关规定，就本例而言，A公司分配给B公司后取得销售收入为4000万元或3500万元，房屋的所有权发生了转移，因此，应按“销售不动产”税目征收营业税，此时的营业税收入确认与企业所得税的收入确认是一致的。

2.按所分配开发产品的市场销售价格5000万元确认收入。
营业税暂行条例及实施细则第七条、第二十条规定，纳税人销售不动产的价格明显偏低并无正当理由的，按下列顺序确定营业额：①按纳税人最近时期发生同类应税行为的平均价格；②按其他纳税人最近时期发生同类应税行为的平均价格；③按公式：营业额=营业成本或者工程成本×（1＋成本利润率）÷（1-营业税税率）。

本例中，如果税务机关认为此项目所分配开发产品计税依据偏低且无正当理由，则可以按市场价格确定营业税计税收入为5000万元，但发票开具仍为4000万元或3500万元，因为这5000万元不是A公司实际取得的销售收入而是视同销售收入。B公司营业税的计税依据为1000万元（5000-4000）或1500万元（5000-3500）。此时营业税的收入确认与企业所得税是不一致的。

（二）B公司将分得的开发产品再销售，仍要申报缴纳销售不动产营业税。
如果B公司将所分配的房产按市场价5000万元全部销售，仍应申报缴纳销售不动产营业税，其应确定的计税营业额为1000万元（5000-4000）或1500万元（5000-3500）。

土地增值税
（一）A公司土地增值税的确认同营业税的税务处理一样，也存在如下两种处理方式：
1.适用企业所得税特定事项处理的规定，土地增值税分别按4000或3500万元确认收入。

2.按照市场销售价格5000万元确认收入。
根据《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发〔2006〕187号）第三条第一项、《国家税务总局〈关于印发土地增值税清算管理规程〉的通知》（国税发〔2009〕31号）第十九条规定，房地产开发企业将开发产品用于职工福利、奖励、对外投资、分配给股东或投资人、抵偿债务、换取其他单位和个人的非货币性资产等，发生所有权转移时应视同销售房地产，其收入可以按本企业在同一地区、同一年度销售的同类房地产的平均价格或由主管税务机关参照当地当年、同类房地产的市场价格或评估价值确定。

（二）B公司应按照实际售价5000万元确认转让收入，并将A公司根据其投资额4000万元或3500万元所开具的销售不动产统一发票确认扣除成本。