答：国家税务总局公告2010年第27号第二条第（二）款规定，自然人股权转让所得计税依据明显偏低的正当理由，指以下情形：
1.所投资企业连续三年以上（含三年）亏损；
2.因国家政策调整的原因而低价转让股权；
3.将股权转让给配偶、父母、子女、祖父母、外祖父母、孙子女、外孙子女、兄弟姐妹以及对转让人承担直接抚养或者赡养义务的抚养人或者赡养人；
4.经主管税务机关认定的其他合理情形。
问：对自然人申报的股权转让所得计税依据明显偏低且无正当理由的，主管地税机关可采取哪些核定方法？
答：国家税务总局公告2010年第27号第三条规定，对申报的计税依据明显偏低且无正当理由的，可采取以下核定方法：
1.参照每股净资产或纳税人享有的股权比例所对应的净资产份额核定股权转让收入。
对知识产权、土地使用权、房屋、探矿权、采矿权、股权等合计占资产总额比例达50%以上的企业，净资产额须经中介机构评估核实。
2.参照相同或类似条件下同一企业同一股东或其他股东股权转让价格核定股权转让收入。
3.参照相同或类似条件下同类行业的企业股权转让价格核定股权转让收入。
4.纳税人对主管税务机关采取的上述核定方法有异议的，应当提供相关证据，主管税务机关认定属实后，可采取其他合理的核定方法。
问：个人股东股权转让交易过程中，应该到主管税务机关办理哪些手续？
答：国税函〔2009〕285号文件第一条规定，股权交易各方在签订股权转让协议并完成股权转让交易以后至企业变更股权登记之前，负有纳税义务或代扣代缴义务的转让方或受让方，应到主管税务机关办理纳税（扣缴）申报，并持税务机关开具的股权转让所得缴纳个人所得税完税凭证或免税、不征税证明，到工商行政管理部门办理股权变更登记手续。
第二条规定，股权交易各方已签订股权转让协议，但未完成股权转让交易的，企业在向工商行政管理部门申请股权变更登记时，应填写《个人股东变动情况报告表》，并向主管税务机关申报。
问：股权转让所得个人所得税的主管税务机关是谁？
答：国税函〔2009〕285号文件第三条规定，个人股东股权转让所得个人所得税以发生股权变更企业所在地地税机关为主管税务机关。
问：股权转让所得个人所得税计税依据如何确定？
答：个人所得税法第六条第一款第五项规定，财产转让所得，以转让财产的收入额减除财产原值和合理费用后的余额，为应纳税所得额。
国家税务总局公告2010年第27号第一条规定，自然人转让所投资企业股权（份）取得所得，按照公平交易价格计算并确定计税依据。
对申报的计税依据明显偏低且无正当理由的，可采取以下核定方法：
1.参照每股净资产或纳税人享有的股权比例所对应的净资产份额核定股权转让收入。
对知识产权、土地使用权、房屋、探矿权、采矿权、股权等合计占资产总额比例达50%以上的企业，净资产额须经中介机构评估核实。
2.参照相同或类似条件下同一企业同一股东或其他股东股权转让价格核定股权转让收入。
3.参照相同或类似条件下同类行业的企业股权转让价格核定股权转让收入。
4.纳税人对主管税务机关采取的上述核定方法有异议的，应当提供相关证据，主管税务机关认定属实后，可采取其他合理的核定方法。
问：个人终止投资、联营、经营合作等行为收回投资款如何缴纳个人所得税？
答：国家税务总局公告2011年第41号规定，个人因各种原因终止投资、联营、经营合作等行为，从被投资企业或合作项目、被投资企业的其他投资者以及合作项目的经营合作人取得股权转让收入、违约金、补偿金、赔偿金及以其他名目收回的款项等，均属于个人所得税应税收入，应按照“财产转让所得”项目适用的规定计算缴纳个人所得税。
应纳税所得额的计算公式如下：
应纳税所得额＝个人取得的股权转让收入、违约金、补偿金、赔偿金及以其他名目收回款项合计数－原实际出资额（投入额）及相关税费。
