跨地区经营汇总纳税企业税收分配方式复杂，税收管理牵涉国税、地税两个税务机关，汇总方式又比较复杂，导致跨地区经营汇总纳税企业在税收分配、税收管理和汇总方式上都存在风险。从税务风险的来源分析，税收分配风险属于政策性税收风险，税收管理风险属于管理性税收风险，汇总方式风险属于遵从性税收风险。

由于税收分配方式的特殊性，跨地区经营汇总纳税企业存在诸多风险。现行税收分配体制实行汇总纳税企业当期应缴纳的企业所得税，50%在总机构所在地申报缴纳，剩余的50%在各分支机构之间进行分配。这样使总机构的税收分配比例过高，一些分支机构所在地政府想办法和总机构争夺税收收入，要求企业以独立纳税企业身份经营，不允许以分支机构身份经营。同时，总机构以各分支机构的营业收入、职工薪酬、资产总额为基础，对其税收收入进行分配，三因素的权重分别为0.35、0.35和0.30。这样，总机构控制税收收入的权力过大，容易出现人为调节税收收入的风险。

随着“营改增”范围不断扩大，对税收属地管理原则的冲击也将更大。跨地区经营建筑企业不再在劳务发生地申报纳税，改向其总机构所在地申报纳税，致使其税收与税源背离，总机构与劳务地争夺税源必然加剧另一轮税收分配矛盾。

由于税收管理方式的特殊性，汇总纳税企业同样存在不少税收风险。由于国、地税两部门对企业所得税政策理解程度不一致、执法力度不相同、人员素质有差异、征管措施有区别、税收收入压力有差别，导致对同一地区企业所得税管户管理松紧不一、粗细不一，致使同一地区、同一行业企业所得税税负不一。同时，国、地税征管模式存在差异，一方查账征收，另一方核定征收。国税机关对房地产企业所得税实行查账征收，地税机关对土地增值税清算实行查账征收，征管方式的不一致导致了税收流失风险的产生。

当前，在国、地税共管企业所得税体制下，由于企业所得税与其他税种的共生关系，以及国、地税户籍数据没有实时共享，缺乏相互协调和配合，税源管理手段薄弱，导致企业所得税征管出现风险。地税机关管理的营业税，国税机关无法核实营业收入，当企业少缴营业税后就有少缴纳企业所得税风险;国税机关管理的增值税，地税机关无法掌握销售收入，当其少缴纳增值税后，就有少缴纳城市维护建设税、教育费附加等风险。也有地税机关查处房产税、土地使用税等地方税种后，企业未及时向国税机关申请税前扣除，导致多缴纳企业所得税的风险。

由于汇算清缴方式的特殊性，也导致汇总纳税企业存在一定税收风险。随着“法人企业”标准的变化，跨地区经营汇总纳税企业的税收监管只监管到二级分支机构，但这些企业是不是分支机构，基本由总公司说了算。一些企业常常利用二级分支机构界定不明确逃避缴纳税款。有些汇总纳税企业总机构出于自身利益需要，经常向税务机关开具假证明，或通过税收筹划人为调整分支机构层级，进而人为调节就地预缴税款金额，将重要的生产或销售分公司设置为三级或三级以下分支机构，在一定程度上逃避当地税务机关的征管，获取隐性税收利益。