交易完成后，A公司取得M公司100%的股权，B公司取得S公司20%的股权。从整个交易来看，收购企业A公司收购M公司100%的股权，股权收购比例超过50%。同时，收购企业A公司用其控股公司S公司的股权向B公司支付对价，股权支付比例也超过85%。假设其他条件都符合，这个股权收购交易按现行政策是符合59号文股权收购特殊性税务处理的规定的。
此时，我们的关键是要解决两个问题：
1、A公司取得M公司股权的计税基础如何确认
2、B公司取得S公司股权的计税基础如何确认
根据59号文的规定：股权收购，收购企业购买的股权不低于被收购企业全部股权的75%，且收购企业在该股权收购发生时的股权支付金额不低于其交易支付总额的85%，可以选择按以下规定处理：
1.被收购企业的股东取得收购企业股权的计税基础，以被收购股权的原有计税基础确定。
2.收购企业取得被收购企业股权的计税基础，以被收购股权的原有计税基础确定。
3.收购企业、被收购企业的原有各项资产和负债的计税基础和其他相关所得税事项保持不变。
我们对照59号文的规定来看一下：
1、被收购企业的股东（B公司）取得收购企业股权（因为收购企业A公司用S公司股权作为股份支付，因此收购企业股权指的就是S公司）的计税基础，以被收购股权（M公司）原有计税基础确定。
这样，我们可以回答第一个问题了，就是B公司取得S公司20%股权的计税基础是600万。
2、收购企业（A公司）取得被收购企业股权（M公司）股权的计税基础，以被收购股权（？）的原有计税基础确定。
这个我打“？”的地方就是一个关键的问题。在第2条中，59号文所称的被收购股权，是和第1条一样指的是M公司股权呢，还是指的是S公司股权呢，这个就是第一个质疑的关键。
被收购股权——M公司
如果第2条中，被收购股权指的是M公司股权，那我们第二条结论就是，A公司取得M公司股权的计税基础是600万。此时，就出现问题了：
如果按照一般性税务处理，B公司将M公司股权出售，应该确认400万所得。而A公司将其持有的S公司20%的股权出售，应该确认200万的损失。而59号文特殊性税务处理仅仅是递延纳税，B公司取得S公司20%股权的计税基础是600万，公允价值是1000万。因此，后期B公司将其持有的S公司20%的股权出售后会确认400万的所得。因此，B公司特殊性税务处理后，400万的所得得到了递延确认。但是，如果被收购股权——M公司，A公司取得M公司股权的计税基础是600万，公允价值1000万，后期A公司将M公司股权卖出，要确认400万所得。这里问题就出来了，原先A公司在一般性税务处理下是要确认200万损失的，但是特殊性税务处理后，A公司反而递延确认了400万的所得。毫无疑问，这个税务处理方法肯定是存在问题的。
被收购股权——S公司
如果第2条中，被收购股权指的是S公司股权，那我们第二条结论就是，A公司取得M公司股权的计税基础是1200万。此时，如果A公司将M公司股权出售，也是确认200万的损失，就不存在上面的问题。
因此，大家建议，59号文的第二条应该进行修改，从“收购企业取得被收购企业股权的计税基础，以被收购股权的原有计税基础确定”，修改为“收购企业取得被收购企业股权的计税基础，以支付股权的原有计税基础确认。
但是，这种修改模式是存在问题的。因为，59号文的股份支付，既包括收购企业用其控股企业的股权支付，也包括其用自身股权支付。这两种股权支付模式下，股权收购特殊性税务处理的计税基础确认规则是一样的。但是，如果把被收购股权的原有计税基础修改为支付股权的原有计税基础，当收购企业用自身股权支付时就存在问题，企业哪有自己股权的计税基础呢？而且，收购企业支付的自身股权原先是没有的，只是在股权收购中才对被收购企业股东定向增发的。因此，如果我们将被收购股权改为支付股权，在收购企业用自身股权作为支付对价下，这种规定方法也会出现令人费解的结果。
其实，第一个质疑的根源在于4号公告对“控股企业”解释上的瑕疵。这里的“控股企业”不应解释为收购企业持有的子公司（subsidiary）股权，而应解释为收购企业母公司（parent）股权。一般而言，重组的特殊性税务处理一个很重要的原则就是要符合“权益的连续性”。如果我们将“控股企业”解释为子公司，股权收购后，B公司就永远失去了对M公司的控制，这不符合权益的连续性。
其次，收购企业用其自身股权支付和用子公司股权支付进行股权收购，在交易性质上完全是两种不同的交易行为。当收购企业用自身股权支付时，这本质上是是一个投资行为，即A公司接受B公司投资，或B公司对A企业投资。但是，当收购企业用子公司股权支付，这个本质是上一个非货币资产交换行为，即A公司用一项非货币资产（20%的S公司股权）和B公司持有的一项非货币资产（100%M公司股权）交换。我们根本就不可能用同一个规则去规定两种不同交易行为计税基础的确认规则，他们是不能调和的。
所以，简单修改59号文第六条第二款的表述无法解决问题。如果要根本解决第一个质疑，应该修改4号公告对“控股企业”的解释，即将“控股企业”的解释从“由本企业直接持有股份的企业”改为“直接持有本企业股份的企业”。这样修改后，在股权（资产）收购中，如果收购方（购买方）如果用子公司股权支付，就不能享受特殊性税务处理了。
如果财政部和总局认为考虑到中国重组的实际情况，仍然需要给予这类交易特殊性税务处理，则应该单独设立一个规则，对于收购方（购买方）用子公司股权支付符合条件也可以享受特殊性税务处理，，此时，计税基础的确认规则应该是收购企业取得被收购企业股权的计税基础，以支付股权的原有计税基础确认，不要和收购方（购买方）用自身股权或母公司股权支付的情况下的计税基础确认规则混在一起。
