我们假设A企业是一个企业所得税实行核定征收的工业企业，当地规定的应税所得率是7%。2011年该企业取得的生产经营收入是30万，股票转让收入40万，计税基础为10万。此时，对于A企业的企业所得税究竟如何计算有两种方法：
第一种方法：（30 40）*7%*25%=1.23
第二种方法：[30*7% (40-10)]*25%=8.03
以上两种方式那种计算方式是正确的呢，以前各地税务机关执行一直有争议，但是，今年国家税务总局下发了《国家税务总局关于企业所得税核定征收有关问题的公告》（国家税务总局公告2012年27号）：依法按核定应税所得率方式核定征收企业所得税的企业，取得的转让股权（股票）收入等转让财产收入，应全额计入应税收入额，按照主营项目（业务）确定适用的应税所得率计算征税；若主营项目（业务）发生变化，应在当年汇算清缴时，按照变化后的主营项目（业务）重新确定适用的应税所得率计算征税。
如果根据这个公告的规定，正确的计算方法应该是第一种，即（30 40）*7%*25%=1.23。因为文件规定，依法按核定应税所得率方式核定征收企业所得税的企业，取得的转让股权（股票）收入等转让财产收入，应全额计入应税收入额，按照主营项目（业务）确定适用的应税所得率计算征税。40万的股票转让收入全额计入收入，该企业主营项目适用税率7%。
但是，政策在实际执行时，纳税人可能遇到的情况就不是这么简单了。因为，这个文件后面又加了一句话：按照主营项目（业务）确定适用的应税所得率计算征税；若主营项目（业务）发生变化，应在当年汇算清缴时，按照变化后的主营项目（业务）重新确定适用的应税所得率计算征税。那什么是主营项目发生变化了呢？如何确定核定征收纳税人的主营项目发生变化了呢？国税发〔2008〕30号规定：主营项目应为纳税人所有经营项目中，收入总额或者成本（费用）支出额或者耗用原材料、燃料、动力数量所占比重最大的项目。对照我们上面这个案例，从收入总额来看，这个工业企业的股票转让收入占比重最大，但是，从耗用原材料、燃料、动力数量所占比重来看，这个企业应该是生产耗用的比重最大，不能说一个工业企业某年取得了一笔非经常性损益就认为该企业主营项目发生了变化，仍应该是工业企业，适用7%的应税所得率。
但是，我们可能不要高兴的太早，因为税务机关手中可能还有另外的杀手锏。国家税务总局关于印发《企业所得税核定征收办法》（试行）的通知（国税发〔2008〕30号）第九条规定：纳税人的生产经营范围、主营业务发生重大变化，或者应纳税所得额或应纳税额增减变化达到20％的，应及时向税务机关申报调整已确定的应纳税额或应税所得率。这个规定就为我们带来了新的想象空间。在《宁夏回族自治区国家税务局宁夏回族自治区地方税务局关于明确企业所得税管理若干问题的公告》（宁夏回族自治区国家税务局宁夏回族自治区地方税务局公告2013年第1号）对这条规定是这么理解的，即对核定征收企业如按照会计核算计算的“利润总额”大于主管税务机关核定征收应纳税所得额的,应根据《核定征收办法》第九条：“纳税人的生产经营范围、主营业务发生重大变化，或者应纳税所得额或应纳税额增减变化达到20％的，应及时向税务机关申报调整已确定的应纳税额或应税所得率”的规定，调整核定征收企业的应税所得率。纳税人应及时向主管税务机关申报调整已确定的应纳税额或应税所得率，否则，主管税务机关应按《税收征管法》第三十五条的规定，在《核定征收办法》第八条规定的应税所得率幅度范围内调整核定征收企业的应税所得率，调整后的应税所得率不得超过《核定征收办法》第八条规定的所属行业应税所得率上限。
如果根据这样的规定，A企业就可能存在这样的问题，原先按照国家税务总局公告2012年27号的规定，应纳税额=（30 40）*7%*25%=1.23
但是，如果按照宁夏的规定，假设这个企业当年转让股票计算的会计利润大于主管税务机关的核定应纳税所得额了，此时税务机关可能就不一定干了，因为即使在核定征收的方法上，我不能按方法二直接把股票转让所得乘以税率计算税额，而非把股票转让收入和生产经营性收入合并乘以应税所得率后征税。但是，我可以通过调整原先核定的应税所得率来达到类似的效果。
假设，A企业在会计上核算的利润是31万，而我核定征收的应纳税所得额是（30 40）*7%=4.9万，会计利润远大于应纳税所得额，税务机关就来调整原先给纳税人确定的应税所得率。我来倒算：31/70=44%。也就是说，我要把70的收入通过乘以应税所得率核定为31的会计利润，核定的应税所得率要达到44%，这个也太高了。还好，宁夏税务局说调整后的应税所得率不得超过《核定征收办法》第八条规定的所属行业应税所得率上限。对于工业企业，我最高可以调到15%。这样，A企业应缴纳的企业所得税为：（30 40）*15%*25%=2.63
但是，反观宁夏税务局的这条规定“对核定征收企业如按照会计核算计算的“利润总额”大于主管税务机关核定征收应纳税所得额的”的规定，根据国税发〔2008〕30号的规定，企业所得税实行核定征收的那六种情况，基本都是无法根据企业的账簿核算准确计算应纳税所得额税务机关才核定征收的，这里提出核定征收企业按会计核算计算的“利润总额”大于应纳税所得额，此时你核定征收本身就是认为人家核算不准，这个利润总额就非真实的严格按照会计核算方法核算出的利润总额，如果能按会计核算计算利润总额，税务机关干吗给人家核定征收呢？这种说法似乎矛盾。其次，国税发〔2008〕30号第九条说的是“增减变化达到20％的”，那我如果按会计核算的利润总额比核定征收的应纳税所得额低20%，你是否调减我的企业所得税核定征收的应税所得率呢？
国税发〔2008〕30号所说的“应纳税所得额或应纳税额增减变化达到20％”似乎应该理解为应纳税所得额或应纳税额相比去年或以前年度平均值增减变化达到20%吧！把这条规定理解为“对核定征收企业如按照会计核算计算的“利润总额”大于主管税务机关核定征收应纳税所得额的”似乎并非30号第9条的本意吧？这里特将这个案例写出来，供大家讨论和思考！
