一、出口货物退（免）税认定时限不同
生产企业应当自办理对外贸易经营者备案登记或代理出口协议签订之日起30日内到所在地税务机关办理出口货物退（免）税认定手续。
应税服务提供者在申报办理免抵退税前，应向主管税务机关办理出口退（免）税认定。
二、出口货物退（免）税认定提供的资料不同
（一）生产企业出口货物退（免）税认定应当提供下列资料：
1、需出示《税务登记证》（副本）
2、需提供的资料：已办理备案登记并加盖备案登记专用章的《对外贸易经营者备案登记表》原件及复印件，没有出口经营资格的生产企业委托出口货物的提供代理出口协议原件及复印件；海关自理报关单位注册登记证明书原件及复印件（无进出口经营资格的生产企业委托出口货物的不需提供）；外商投资企业提供《中华人民共和国外商投资企业批准证书》原件和复印件；特准退（免）税的单位和人员还须提供现行有关出口货物退（免）税规定要求的其他相关凭证。
（二）应税服务提供者办理出口退（免）税认定时，应提供以下资料：
（1）银行开户许可证；
（2）从事水路国际运输的应提供《国际船舶运输经营许可证》；从事航空国际运输的应提供《公共航空运输企业经营许可证》，且其经营范围应包括“国际航空客货邮运输业务”；从事陆路国际运输的应提供《道路运输经营许可证》和《国际汽车运输行车许可证》，且《道路运输经营许可证》的经营范围应包括“国际运输”；从事对外提供研发设计服务的应提供《技术出口合同登记证》。
三、适用免抵退税的企业范围不同
出口货物适用免抵退税的企业范围仅限于具有增值税一般纳税人资格而且具有实际生产能力的生产企业和生产性企业集团公司。
应税服务提供者不仅要具有增值税一般纳税人资格，而且还必须提供适用零税率的应税服务，即提供国际运输服务、向境外单位提供的研发服务和设计服务。
需要说明的是，在营业税改征增值税的试点地区的具有增值税一般纳税人资格的生产企业和生产性企业集团公司，其出口货物仍然依照生产企业出口货物免抵退税进行管理。
四、适用免抵退税的出口范围不同
生产企业货物出口到规定的海关特殊监管区（不含一般保税区），适用免抵退税办法。
应税服务提供者从境内载运旅客或货物至国内海关特殊监管区域及场所、从国内海关特殊监管区域及场所载运旅客或货物至国内其他地区以及在国内海关特殊监管区域内载运旅客或货物，不属于国际运输服务。
应税服务提供者向国内海关特殊监管区域内单位提供研发服务、设计服务不实行免抵退税办法，应按规定征收增值税。
五、免抵退税额的计算依据不同
生产企业出口货物是按照出口货物报关出口的离岸价格计算免抵退税额，出口货物的运保佣等FOB价外收取的其他费用，不得作为计算依据计算免抵退税额。
应税服务是按照提供零税率应税服务取得的全部价款扣除支付给非试点纳税人价款后的余额计算免抵退税额，提供应税服务取得的价款和其他价外费用全部作为计算依据计算免抵退税额，当然支付给非试点地区纳税人的价款，应当从全部价款中扣除后的余额作为计算免抵退税额的依据。
六、计算免抵退税额适用的出口退税率不同
生产企业出口货物计算免抵退税额的退税率是出口货物商品编码对应的出口退税率，是按国家税务总局下发的出口退税率文库来执行的。
应税服务计算免抵退税额的退税率是其在境内提供对应服务的增值税税率，即国际运输适用11%的退税率，研发服务和设计服务适用6%的退税率。
七、免抵退税不得免征和抵扣税额计算不同
生产企业出口货物往往由于征退税率存在差异，因而生产企业出口货物征退税率之差部分要计算免抵退税不得免征和抵扣税额。
应税服务由于征退税率完全相同，因而不存在征退税率之差，从而也不需要计算免抵退税不得免征和抵扣税额。
八、免抵退税额的计算时间不同
生产企业出口货物必须要在规定的免抵退税申报单证信息齐全的条件下，才能计算申报办理免抵退税额。
应税服务的免抵退税，由于不需要出口货物报关单和收汇核销单及其相关信息，因而只要申报凭证收齐就能计算申报办理免抵退税额。
九、免抵退税额抵减额和免抵退税不得免征和抵扣税额抵减额计算不同
生产企业出口货物采取进料加工贸易方式使用保税进口料件的，应当分别计算免抵退税额抵减额和免抵退税不得免征和抵扣税额抵减额，在抵减的基础上分别计算免抵退税额和免抵退税不得免征和抵扣税额抵减额。
应税服务提供者由于不能采取进料加工贸易方式，因而不能计算免抵退税额抵减额。
十、免抵退税申报期限不同
生产企业应当在货物报关出口之日（以出口货物报关单〈出口退税专用〉上注明的出口日期为准，下同）起90日内，向退税部门申报办理出口货物退（免）税手续。生产企业出口货物未在报关出口90日内提供出口报关单申报办理退（免）税手续的，如果其到期之日超过了当月的免抵退税申报期，税务机关可暂不按视同内销货物予以征税。生产企业有特殊困难不能按期办理出口退（免）税申报的，可在规定的申报期限内，可提出书面合理理由，经地市以上（含地市）税务机关核准后，在核准的期限内申报办理退（免）税。
应税服务提供者应于收入之日次月起至次年4月30日前的各增值税纳税申报期内收齐有关凭证，向主管税务机关如实申报免抵退税。
十一、每月免抵退税申报期限不同
生产企业在货物出口并按会计制度的规定在财务上做销售后，先向主管征税机关的征税部门或岗位办理增值税纳税和免抵退税申报，并向主管征税机关的退税部门或岗位办理退税申报。退税申报期为每月1—15日（逢节假日顺延）
应税服务提供者在提供零税率应税服务，并在财务作销售收入次月（按季度进行增值税纳税申报的为次季度，下同）的增值税纳税申报期内，向主管税务机关办理增值税纳税和免抵退税相关申报。
十二、免抵退税申报资料不同
（一）生产企业向征税机关的退税部门或岗位办理“免、抵、退”税申报时，应提供下列凭证资料：
1、《生产企业出口货物免、抵、退税申报汇总表》；
2、《生产企业出口货物免、抵、退税申报明细表》；
3、经征税部门审核签章的当期《增值税纳税申报表》；
4、有进料加工业务的还应填报：
（1）《生产企业进料加工登记申报表》；
（2）生产企业进料加工进口料件申报明细表》；
（3）《生产企业进料加工海关登记手册核销申请表》；
（4）《生产企业进料加工贸易免税证明》；
5、装订成册的报表及原始凭证：
⑴《生产企业出口货物免、抵、退税申报明细表》；
⑵与进料加工业务有关的报表；
⑶加盖海关验讫章的出口货物报关单（出口退税专用）；
⑷经外汇管理部门签章的出口收汇核销单（出口退税专用）或有关部门出具的远期收汇证明；
⑸代理出口货物证明；
⑹企业签章的出口发票；
⑺主管退税部门要求提供的其他资料。
（二）提供国际运输的零税率应税服务提供者办理增值税免抵退税申报时，应提供下列凭证资料：
⒈《免抵退税申报汇总表》及其附表；
⒉《零税率应税服务（国际运输）免抵退税申报明细表》；
⒊当期《增值税纳税申报表》；
⒋免抵退税正式申报电子数据；
⒌下列原始凭证：
⑴零税率应税服务的载货、载客舱单（或其他能够反映收入原始构成的单据凭证）；
⑵提供零税率应税服务的发票；
⑶主管税务机关要求提供的其他凭证；
上述第⑴、⑵项原始凭证，经主管税务机关批准，可留存零税率应税服务提供者备查。
（三）对外提供研发、设计服务的零税率应税服务提供者办理增值税免抵退税申报时，应提供下列凭证资料：
⒈《免抵退税申报汇总表》及其附表；
⒉《应税服务（研发、设计服务）免抵退税申报明细表》；
⒊当期《增值税纳税申报表》；
⒋免抵退税正式申报电子数据；
⒌下列原始凭证：
⑴与零税率应税服务收入相对应的《技术出口合同登记证》复印件；
⑵与境外单位签订的研发、设计合同；
⑶提供零税率应税服务的发票；
⑷《向境外单位提供研发、设计服务收讫营业款明细清单》；
⑸从与签订研发、设计合同的境外单位取得收入的收款凭证；
⑹主管税务机关要求提供的其他凭证。
十三、免抵退税申报流程不同
生产企业出口货物应当先办理免抵退税预申报，主要查询计算免抵退税额的相关信息，办理免抵退税预申报后再办理增值税纳税申报，在此基础上最后办理免抵退税的正式申报。
由于应税服务计算免抵退税额，不需要出口报关单和出口收汇核销单等相关电子信息，因而也就不需要办理免抵退税预申报，应税服务提供者可以同时向主管税务机关办理增值税纳税和免抵退税相关申报。
十四、主管税务机关审核办理免抵退税不同
（一）生产企业出口免抵退税审核
生产企业出口货物免抵退税，主管税务机关应当依照《国家税务总局关于印发<出口货物退（免）税管理办法（试行）>的通知》（国税发[2005]51号）规定进行审核，即在人工单证审核的基础上还需进行计算机审核。
人工单证审核是指税务机关受理出口商出口货物退（免）税申报后，应在规定的时间内，对申报凭证、资料的合法性、准确性进行审查，并核实申报数据之间的逻辑对应关系。计算机审核是指在对申报的出口货物退（免）税凭证、资料进行人工审核后，税务机关应当使用出口货物退（免）税电子化管理系统进行计算机审核，将出口商申报出口货物退（免）税提供的电子数据、凭证、资料与国家税务总局及有关部门传递的出口货物报关单、出口收汇核销单、代理出口证明、增值税专用发票、消费税税收（出口货物专用）缴款书等电子信息进行核对。
生产企业出口货物免抵退税，经税务机关审核审批通过，应当依照规定办理免抵退税。
（二）应税服务免抵退税审核
主管税务机关在接受零税率应税服务提供者免抵退税申报后，应在下列内容人工审核无误后，使用出口退税审核系统进行审核。在审核中如有疑问的，可抽取企业进项增值税发票进行发函调查或核查。
1、对于提供国际运输的零税率应税服务提供者，主管税务机关可从零税率应税服务提供者申报中抽取若干申报记录审核以下内容：
（1）所申报的国际运输服务是否符合国家税务总局公告2012年第13号第一条规定；
（2）所抽取申报记录申报应税服务收入是否小于等于该申报记录所对应的载货或载客舱单上记载的国际运输服务收入。
2、对于提供研发、设计服务的零税率应税服务提供者审核以下内容：
（1）企业所申报的研发、设计服务是否符合国家税务总局公告2012年第13号第一条规定；
（2）研发、设计合同签订的对方是否为境外单位；
（3）应税服务收入的支付方是否为与之签订研发、设计合同的境外单位；
（4）申报应税服务收入是否小于等于从与之签订研发、设计合同的境外单位的取得的收款金额。
3、对应税服务提供者按国家税务总局公告2012年第13号第七条规定提供的凭证资料齐全的，主管税务机关在经过出口退税审核系统审核通过后，办理退税，退税资金由中央金库统一支付。
十五、新发生业务免抵退税的管理不同
（一）生产企业
新发生出口业务的生产企业是指自发生首笔出口业务之日起未满12个月的生产企业。
根据国税发[2003]139号规定，注册开业时间在一年以上的新发生出口业务的企业（小型出口企业除外），经地市税务机关核实确有生产能力并无偷税行为及走私、逃套汇等违法行为的，可实行统一的按月计算办理免、抵、退税的办法。
根据国税发[2003]139号文规定，新成立的内外销，销售额之和超过500万元（含）人民币，且外销销售额占其全部销售额的比例超过50%（含）的生产企业，如在自成立之日起12个月内不办理退税确有困难的，在从严掌握的基础上，经省、自治区、直辖市国家税务局批准，可实行统一的按月计算办理免、抵、退税的办法。
根据财税[2002]7号文规定，除上述两种情形以外的其他新发生出口业务的企业发生的应退税额，退税审核期为12个月。根据国税发[2006]102号文规定，自2006年7月1日（以出口货物报关单上的出口日期为准）起，退税审核期为12个月的新发生出口业务的生产企业，在审核期间出口的货物，应按统一的按月计算免、抵、退税的办法分别计算免抵税额和应退税额。税务机关对审核无误的免抵税额可按现行规定办理调库手续，对审核无误的应退税额暂不办理退库；可在退税审核期满后的当月对上述各月审核无误的应退税额一次性退给企业。
（二）应税服务
新发生应税服务的零税率应税服务提供者（以下简称新零税率应税服务提供者），自发生首笔零税率应税服务之日（国际运输企业以提单载明的日期为准，对外提供研发、设计服务企业以收款凭证载明日期的月份为准）起6个月内提供的零税率应税服务，按月分别计算免抵税额和应退税额。税务机关对6个月内各月审核无误的应退税额在当月暂不办理退库，在第7个月将各月累计审核无误的应退税额一次性办理退库。自第7个月起，新零税率应税服务提供者提供的零税率应税服务，实行按月申报办理免抵退税。
新零税率应税服务提供者是指，在营业税改征增值税试点以前，未发生过国家税务总局公告2012年第13号第一条所列的零税率应税服务的零税率应税服务提供者。零税率应税服务提供者在办理出口退（免）税认定时，应向主管税务机关提供证明在营业税改征增值税试点以前发生过零税率应税服务的资料，不能提供的，主管税务机关认定为新零税率应税服务提供者。
