申请退还多缴税款权（以下简称申请退税权）是纳税人对自身多缴的、超过法律规定应缴税款的部分，有依法要求退还的权利。本文以一起跨地区经营汇总纳税企业多缴退税纠纷案为例，探讨相关问题。
案例
乙公司是甲公司下属分公司，属于跨地区经营汇总纳税企业，企业所得税采取分季预缴的方式，由甲公司所在地A税务机关核定预缴额。2011年9月乙公司向B税务机关预缴企业所得税60万元，当年因经营不善未实现企业所得税，企业所得税汇总清算后，乙公司对多缴的税款同意抵缴下一年度应缴税款，2012年～2013年度甲公司均未实现企业所得税。2013年10月10日，乙公司申请注销税务登记，B机关为其办理了注销手续。2015年6月，甲公司申请注销税务登记，A机关在税务清算时，认定已注销的乙公司多缴60万元企业所得税。2015年8月，甲公司根据A机关出具的税收清算结论，向B机关提出退税申请。B机关认为，乙公司已经注销，且多缴的税款已过3年，根据征管法第五十一条规定，申请退税的时效届满。
甲公司申辩：因企业所得税实行法人所得税制度，其作为总机构对已注销的分支机构，多缴的企业所得税应享有申请退还税款权。对于多缴的税款，《国家税务总局关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法〉的通知》（国税发〔2008〕28号）规定，各分支机构不进行企业所得税汇算清缴。依此规定，由甲公司汇总清算，乙公司不进行汇算清缴。2012年度汇总清算时，根据《国家税务总局关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法〉的公告》（国家税务总局公告2012年第57号）规定，乙公司对于多缴的税款选择抵缴以后年度税款。在B机关为乙公司办理注销税务登记时，依征管法实施细则第十六条规定，纳税人在办理注销税务登记前，应当向税务机关结清应纳税款。而事实上，B机关未进行企业所得税清算，直到A机关对甲公司税收清算时，才确认多缴了税款。因此，结算缴纳税款之日为2013年10月10日，根据规定退税申请时效未届满，对乙公司多缴的税款应予以退还。
B机关回复，乙公司预缴税款的结算日是2012年5月30日，多缴的税款应根据国税发〔2008〕28号文件第二十二条第二款规定，由甲公司所在地主管税务机关办理退库，于是做出不予退库的决定。甲公司不服，申请税务行政复议。法理分析国家税务总局公告2012年第57号第三条 规定，汇总纳税企业实行“统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库”的企业所得税征收管理办法，这类企业的多缴税款退库，其申请退税权的发生、实现和消灭具有独立特性，分析如下。
申请退税权的发生：按照税收法定原则，税款缴纳没有法律原因，申请退税权就应即时发生。如果预缴的税款未经税收核定，申请退税权也应即时发生；如果预缴的税款进行了税收核定，申请退税权何时发生，就会因法律原因的不同而有所区别。依据行政法的一般理论，税收核定一经作出就会产生拘束力，除非存在重大且明显的瑕疵而无效，否则，即便存在违法情节，纳税人仍有义务遵守，此时，纳税人是遵守行政程序所确定的义务。企业所得税实施条例第一百二十八条规定，企业所得税分月或者分季预缴，由税务机关具体核定。57号公告第七条规定，由总机构所在地主管税务机关具体核定。因此，汇总纳税企业的预缴核定具有形式效力，成为缴纳税款的法律原因，只有预缴核定被撤销、废弃或汇总清算后，预缴税款才会缺法律原因，申请退税权才会发生。
申请退税权的实现：当然，有人会问，如果预缴核定是违法的行政行为，申请退税权如何实现？笔者认为，按照行政法的一般法理，并基于法律安定性的要求，违法的预缴核定不是无效则为有效，在其被撤销或者废弃之前，不仅对纳税人具有拘束力，对税务机关同样具有拘束力。无论是税务机关发现纳税人多缴税款，还是纳税人自己发现多缴税款，在税收退还之前必须先撤销或废弃原有的预缴核定。因此，撤销或废弃预缴核定或者汇总清算，成为汇总纳税企业多缴税款退库的前提。
申请退税权的消灭：由于企业经营的连续性与所得税按年汇总清算的周期性，抵销实际成为汇总纳税企业申请退税权最为普遍的消灭途径。除此之外，由于时效届满，申请退税权的消灭或无法行使，也是一种比较重要的形式。
抵消：预缴税款是为担保纳税义务的履行，其本身并不是一项独立的实体法义务，从预缴税款之日起就享有申请退税权。不过，汇总纳税企业不能申请退还，这是因为，其依照法律规定进行预缴，只能在汇总清算确定应纳税额之后用于彼此的抵销。对于抵销之后预缴税款仍然多出的部分，可以申请退还，也可以考虑留待下一年度抵销。例如，57号公告第十条规定，汇总纳税企业在纳税年度内预缴企业所得税税款超过应缴税款的，经总、分机构同意后分别抵缴其下一年度应缴企业所得税税款。
时效：从征管法第五十一条的规定来看，纳税人发现多缴税款申请退还，应自结算缴纳税款之日起3年内进行，税务机关发现纳税人多缴税款并主动退还，似乎不受期间限制，这说明申请时效届满后，纳税人申请退税的实体权继续存在。3年时效届满后，纳税人申请退税的程序权利消灭，但实体权利依然存在，税务机关主动退还，纳税人仍然有权接受，不会因申请期间届满而构成不当得利。
案情分析
本案中，乙公司按税务机关的税收核定预缴企业所得税，此后，税务机关的预缴核定未撤销也未变更，在企业所得税的年纳税周期内，对乙公司具有拘束力并产生法律效力，乙公司每年因此产生税款缴纳义务。尽管汇总清算后，乙公司可以申请退还多缴的税款，但是，根据征管法实施细则第七十九条规定，当纳税人既有应退税款又有欠缴税款的，税务机关可以将应退税款和利息先抵扣欠缴税款。此时，乙公司选择抵缴下一年度应缴税款符合税法的要求。2013年10月10日，B机关为乙公司办理注销税务登记，未进行企业所得税清算，因此，乙公司申请多缴退库的起始时间应从2013年10月10日开始计算。
关于是否适用国税发〔2008〕28号文件问题。57号公告从2013年1月1日起施行，国税发〔2008〕28号文件同时废止，该公告第十条第二款规定，预缴税款超过应缴税款的，主管税务机关应及时按有关规定分别办理退税。乙公司在汇总清算后，对于多缴的税款选择了抵缴，尔后B机关对多缴的税款既未退还，也未告知其权利。另外，由上可知，乙公司申请多缴退库的起始时间为2013年10月10日。因此，按照实体法从旧、程序法从新的原则，应执行57号公告。
时效届满的退税问题。A机关在2015年确认乙公司多缴税款，依征管法第五十一条规定，B机关核实后应立即退还。假如乙公司多缴的税款，如B机关所主张的3年期限届满，此时，乙公司申请退库的程序权利消灭，但其实体权利不受影响，B机关发现后仍可以主动退还。从依法行政的角度看，即便纳税人已经超过申请期限，无权申请退还税款，但是，纳税人的申请仍然可以为税务机关提供有益的信息，如果税务机关认为纳税人反映的情况属实，还是应当依职权及时退还税款。
复议委员会经过反复讨论，最终做出准予退库的审理意见。
