当前很多境外企业集团出于自身发展的需要，将在国内同一控制下的若干个投资企业整合，这就必然涉及非居民企业股权转让的税收问题。现行税法规定，非居民企业发生符合特殊性税务处理规定条件的股权转让行为，可以选择特殊性税务处理，并向主管税务机关提交书面备案资料；未备案或备案后经税务机关调查核实不符合特殊性税务处理规定条件的，适用一般性税务处理规定。

同时，企业所得税法实施条例第十三条规定，企业以非货币形式取得的收入，应当按照公允价值确定收入额。对于公允价值的确认，现实工作中存有很多争议，本文对非居民企业股权转让公允价值及股权转让所得的确认分析如下。

股权转让收入实现时点的确认
企业转让股权收入的实现日期应为转让协议生效且完成股权变更手续之日。

《国家税务总局关于贯彻落实企业所得税法若干税收问题的通知》（国税函〔2010〕79号）第三条规定，企业转让股权收入，应于转让协议生效、且完成股权变更手续时，确认收入的实现。《企业重组业务企业所得税管理办法》（国家税务总局公告2010年第4号）第七条规定，《财政部、国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税〔2009〕59号）中规定的企业重组，其重组日的确定，按以下规定处理：股权收购，以转让协议生效且完成股权变更手续日为重组日。

股权转让价格的确认
企业以股权支付方式发生的股权交易行为，在不存在活跃市场报价的，应由具有合法资质的中国资产评估机构按照企业会计准则或相关会计核算、披露的要求出具资产评估报告，并且在规定的使用有效期内，以评估价值作为所转让股权的公允价值，确定股权转让价格。

其政策依据可参考以下几个文件：
《企业财务通则》（财政部令第41号）第五十三条规定，企业通过改制、产权转让、合并、分立、托管等方式实施重组，对涉及资本权益的事项，应当由投资者或者授权机构进行可行性研究，履行内部财务决策程序，并组织开展以下工作：（四）委托评估机构进行资产评估，并以评估价值作为净资产作价或者折股的参考依据。

《企业会计准则——基本准则（2006）》（财政部令第33号）第四十二条规定，会计计量属性主要包括：公允价值。在公允价值计量下，资产和负债按照在公平交易中，熟悉情况的交易双方自愿进行资产交换或者债务清偿的金额计量。

《商务部关于涉及外商投资企业股权出资的暂行规定》（商务部令2012年第8号）第六条规定，用作出资的股权应当经依法设立的境内评估机构评估。第七条规定，股权出资人与被投资企业的股东或其他投资者可在股权评估的基础上协商确定股权作价金额、股权出资金额。股权作价金额是指以上各方在股权评估基础上共同认定的用于出资股权的交易作价，股权出资金额是指股权作价金额中计入被投资企业注册资本的部分，股权出资金额不得高于股权评估值。