双方在实质上具有其他共同利益的关系。
A、股权关系
42号公告第二条第一款规定：一方直接或者间接持有另一方的股份总和达到25%以上；双方直接或者间接同为第三方所持有的股份达到25%以上。如果一方通过中间方对另一方间接持有股份，只要其对中间方持股比例达到25%以上，则其对另一方的持股比例按照中间方对另一方的持股比例计算。两个以上具有夫妻、直系血亲、兄弟姐妹以及其他抚养、赡养关系的自然人共同持股同一企业，在判定关联关系时持股比例合并计算。
第一款基本承继了原《特别纳税调整实施办法（暂行）》（国税发[2009]2号，以下简称“2号文”）第二章关联申报第九条第一款的精神。2号文第二章关联申报规定：第九条所得税法实施条例第一百零九条及征管法实施细则第五十一条所称关联关系，主要是指企业与其他企业、组织或个人具有下列之一关系：
（一）一方直接或间接持有另一方的股份总和达到25%以上，或者双方直接或间接同为第三方所持有的股份达到25%以上。若一方通过中间方对另一方间接持有股份，只要一方对中间方持股比例达到25%以上，则一方对另一方的持股比例按照中间方对另一方的持股比例计算。
本款的一方直接持有另一方股份比例达到25%以上比较容易理解，简单来说，我们可以将其定义为“母子关系”。
那么本款的一方通过中间方持有另一方股份如何计算呢？比如甲方（一方）持有乙方（中间方）股份比例达到50%，乙方（中间方）持有丙方（另一方）股份比例达到50%，那么甲方持有丙方股份比例是多少？按照42号文字面理解，“如果一方通过中间方对另一方间接持有股份，只要其对中间方持股比例达到25%以上，则其对另一方的持股比例按照中间方对另一方的持股比例计算”。对本款规定的理解可能会产生两种不同的结果：
1、由于甲方对乙方（中间方）拥有的持股比例超过25%，因此可以按乙方（中间方）持有丙方的50%来对待，即视同甲方拥有丙方的股份为50%。
2、用甲方持有乙方的50%乘以乙方拥有丙方的50%（50%х50%=25%），这样甲方也可认为拥有丙方的股份为50%。
那么什么是本款立法本意的答案呢？
通览原2号文关于间接持股比例计算的所有规定，在第八章受控外国企业管理第七十七条：中国居民股东多层间接持有股份按各层持股比例相乘计算，中间层持有股份超过50%的，按100%计算。注意这里的多层间接持股情况下要求按各层持股比例“相乘”计算。也就是2号文在该处中如果一方通过中间方对另一方持股比例按相乘的方式计算，文件明确各层持股比例“相乘”的要求。而在42号文中的此处并没有使用“相乘”用语，明显是立法上采取了大者通吃或类似于穿透的方式，也就是按中间方对另一方的持股比例作为一方对另一方的持股比例对待。简单来说，我们可以将其定义为“母子孙关系”。
对于本款“双方直接或者间接同为第三方所持有的股份达到25%以上。”即同一人直接或间接拥有双方25%以上股份，该人与双方构成关联关系，双方彼此也为关联关系。简单来说，我们可以将其定义为“兄弟关系“
本款“两个以上具有夫妻、直系血亲、兄弟姐妹以及其他抚养、赡养关系的自然人共同持股同一企业，在判定关联关系时持股比例合并计算”是原2号文第九条第八款相关规定的进一步具体明确的体现。原2号文第九条“（八）双方在利益上具有相关联的其他关系，包括虽未达到本条第（一）项持股比例，但一方与另一方的主要持股方享受基本相同的经济利益，以及家族、亲属关系等。”已经明确了一方与另一方构成家族、亲戚关系等可以判定为关联关系。然而在转让定价实践中什么是家族、亲戚？依据什么标准、达到什么程度的家族、亲戚可以认定为关联关系是不明确的，实践中会引发争议。42号文直接用夫妻、直系血亲、兄弟姐妹以及其他抚养、赡养关系的自然人共同持股同一企业来进行认定，解决了实践中对自然人由于存在该类关系时在彼此所在企业与企业间、企业与个人间业务往来交易中存在不同于独立企业间业务往来的客观情况，据此可以作为认定是否存在关联关系的考虑因素。本款特别明确的是对于两个以上自然人共同持股同一企业的，其持股比例可以合并计算。例如自然人甲持有A企业15%的股份，自然人乙持有A企业15%的股份。单从每个自然人看都不与该企业构成关联关系。但是甲与乙因存在夫妻、直系血亲、兄弟姐妹、抚养、或赡养关系，其对A企业共同持股比例合并计算达到30%，由此A企业与甲、乙都构成关联关系。A企业与甲、乙的业务往来就需要按照42号公告的要求进行信息披露并按文件规定遵从交易定价规则。
本款中需要明确的一个问题是什么是直系血亲，根据《婚姻法》规定：所谓直系血亲是指彼此之间具有直接的血缘关系;包括己身所从出的直系长辈血亲和从己身所出的直系晚辈血亲，即生育自己的和自己所生育的上下各代亲属。从自身往上数的亲生父母、祖父母、外祖父母、曾祖父母、外曾祖父母、高祖父母、外高祖父母等均为长辈直系血亲。从自身往下数的亲生子女、孙子女、外孙子女、曾孙子女、外曾孙子女、玄孙子女、外玄孙子女等均为晚辈直系血亲，是与自己同一血缘的亲属。直系血亲是具有直接血缘联系的最亲近的亲属。直系血亲也包括拟制的直系血亲，例如：养父母与养子女，养祖父母与养孙子女，有抚养关系的继父母与继子女，他们之间的关系适用自然直系血亲的权利和义务关系。
最后需要明确的一个问题是25%以上是否包括25%？依据《特别纳税调整实施办法（暂行）》（国税发[2009]2号）第一百一十四条本办法所涉及的“以上”、“以下”、“日内”、“之日”、“之前”、“少于”、“低于”、“超过”等均包含本数。
