土地增值税清算一般有两种计算方法，下面分别称为甲计算法和乙计算法。这两种方法纳税人不能任意选用，但不同的计算方法和计算口径，给纳税人带来的税负却不同。
甲计算法，指在同一个房地产开发项目中，先按普通住宅、非普通住宅、门面房、车库和其他房开产品等，单独采用房开产品销售收入比例或房开产品定额成本比例或其他合理方法，分别计算各房开产品的增值额与扣除项目金额，据以计算各房开产品应纳的土地增值税。持甲计算法观点的纳税人，依据是《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发〔2006〕187号）规定，土地增值税以国家有关部门审批的房地产开发项目为单位进行计算，对于分期开发的项目，以分期项目为单位进行清算。开发项目中同时包含普通住宅和非普通住宅的，应分别计算增值额。
乙计算法，指在同一个房地产开发项目中，以国家有关部门审批的房地产开发项目（包括普通住宅、非普通住宅、门面房、车库和其他房开产品等）为单位，先统一核算该房地产开发项目的增值额与扣除项目金额。然后再按房开产品销售收入比例或房开产品定额成本比例或其他合理方法，在普通住宅、非普通住宅、门面房和车库等其他房开产品中分配增值额与扣除项目金额，据以计算各房开产品应纳的土地增值税。持乙计算法观点的纳税人，依据是增值税暂行条例实施细则第八条“土地增值税以纳税人房地产成本核算的最基本的核算项目或核算对象为单位计算”的规定。
现笔者就同一房地产开发项目应纳的土地增值税，对比甲、乙两种计算法带来的不同税负结果。
湖北省随州市某房地产开发有限公司，2006年1月1日～2012年6月30日，土地增值税清算项目总建筑面积124326.5平方米，不可售面积6078.34平方米，可售面积118248.16平方米，已销售面积99670.04平方米，其中普通住宅已售31363.73平方米，非普通住宅已售27432.49平方米，其他开发产品（包括门面房、车库等）已售40873.82平方米，未出售面积18578.12平方米。
经核实，该单位2006年1月1日～2012年6月30日期间，实现销售收入26485.56万元，其中：普通标准住宅4018.75万元，非普通标准住宅3829.78万元，其他开发产品18637.03万元。在该项目土地增值税清算中，按发生合理总成本在已售、未售产品之间分配，已售产品应分摊的扣除项目金额为24721.54万元，其中：取得土地使用权所支付的金额3409.48万元，房地产开发成本14455.96万元，房地产开发费用1786.54万元（按取得土地使用权所支付的金额和房地产开发成本之和的10%计算），与转让房地产有关的税金1496.47万元，财政部规定的加计20%扣除数3573.09万元，土地增值总额＝26485.56-24721.54＝1764.02（万元）。
甲计算法：在同一个房地产开发项目中，先按房开产品明细单独计算增值额与扣除项目金额，然后分别计算各房开产品应纳的土地增值税。1.普通标准住宅：转让收入4018.75万元，应扣除项目金额为7065.01万元，其中：取得土地使用权所支付的金额1072.88万元，房地产开发成本4187.07万元，房地产开发费用＝（1072.88 4187.07）×10%＝526（万元），与转让房地产有关的税金227.07万元，财政部规定的加计20%扣除数1051.99万元，增值额＝4018.75-7065.01＝-3046.26（万元），增值额为负数，不用缴纳土地增值税。
2.非普通标准住宅：转让收入3829.78万元，应扣除项目金额为6348.61万元，其中：取得土地使用权所支付的金额938.40万元，房地产开发成本3778.70万元，房地产开发费用471.70万元，与转让房地产有关的税金216.39万元，财政部规定的加计20%扣除数943.42万元，增值额＝3829.78-6348.61＝-2518.83（万元），增值额为负数，不用缴纳土地增值税。
3.其他开发产品：转让收入18637.03万元，应扣除项目金额为11307.92万元，其中：取得土地使用权所支付的金额1398.20万元，房地产开发成本6490.19万元，房地产开发费用788.84万元，与转让房地产有关的税金1053.01万元，财政部规定的加计20%扣除数1577.68万元，增值额＝18637.03-11307.92＝7329.11（万元），增值率＝7329.11÷11307.92＝64.81%，应缴土地增值税＝7329.11×40%-11307.92×5%＝2366.24（万元）。
因此，采用甲计算法合计应缴土地增值税2366.24万元，已缴528.3万元，应补1837.94万元，负担率＝2366.24÷26485.56＝8.93%。
乙计算法：在同一个房地产开发项目中，先统一核算该房地产开发项目的增值额与扣除项目金额，然后分别计算各房开产品应纳的土地增值税。1.普通标准住宅：普通标准住宅转让收入4018.75万元，占销售收入总额的比率＝4018.75÷26485.56＝15.17%，应计算的增值额＝该项目土地增值总额×该类收入比率＝1764.02×15.17%＝267.60（万元），应扣除的项目总额＝4018.75-267.60＝3751.15（万元），增值率＝267.60÷3751.15＝7.12%，未超过20%，按照土地增值税暂行条例第十一条“纳税人建造普通标准住宅出售，增值额未超过扣除项目金额20%的，免征土地增值税”的规定，依法免缴土地增值税。
2.非普通标准住宅：转让收入3829.78万元，占销售收入总额的比率＝3829.78÷26485.56＝14.46%，应计算的增值额＝1764.02×14.46%＝255.08（万元），应扣除的项目总额＝3829.78-255.08＝3574.70（万元），增值率＝255.08÷3574.70＝7.14%，应缴土地增值税＝76.52（万元）。
3.其他开发产品：转让收入18637.03万元，占销售收入总额的比率＝18637.03÷26485.56＝70.37%，应计算的增值额＝1764.02×70.37%＝1241.35（万元），应扣除的项目总额＝18637.03-1241.35＝17395.68（万元），增值率＝1241.35÷17395.68＝7.14%，应缴土地增值税＝372.38（万元）。
因此，采用乙计算法合计应缴土地增值税＝76.52 372.38＝448.90（万元），已缴528.3万元，应退79.4万元，负担率＝448.90÷26485.56＝1.69%。与第一种情况相比，普通标准住宅、非普通标准住宅、其他开发产品的增值率都相等，该房地产开发项目的应纳土地增值税减少金额＝2366.24-448.90＝1917.34（万元）。
甲、乙两种计算法虽然都有各自的理由，但土地增值税清算不能在甲计算法和乙计算法中任意选用。 |
