为支持上海自贸区的改革和发展，财政部国家税务总局专门出台了《关于中国（上海）自由贸易试验区内企业以非货币性资产对外投资等资产重组行为有关企业所得税政策问题的通知》（财税[2013]91号，以下简称91号文），对注册在试验区内的企业，因非货币性资产对外投资等资产重组行为产生资产评估增值，据此确认的非货币性资产转让所得，可在不超过5年期限内，分期均匀计入相应年度的应纳税所得额，按规定计算缴纳企业所得税。同时，被投资企业取得非货币性资产的计税基础，可以非货币性资产的公允价值确定。91号文所称非货币性资产对外投资等资产重组行为，是指以非货币性资产出资设立或注入公司，限于以非货币性资产出资设立新公司和符合《财政部国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》(财税[2009]59号）第一条规定的股权收购、资产收购。

但是，对于上海自贸区的企业，在享受91号文的税收优惠待遇时，应重点把握如下几方面的问题：

第一并非所有适用59号文特殊性税务处理的资产收购和股权收购行为都可以适用91号文，这是所有企业特别要注意的。因为，59号文规定，在资产收购和股权收购中，符合特殊性税务处理的股权支付，是指企业重组中购买、换取资产的一方支付的对价中，以本企业或其控股企业的股权、股份作为支付的形式。同时，国家税务总局关于发布《企业重组业务企业所得税管理办法》的公告（国家税务总局公告2010年第4号，以下简称4号公告）规定：第二条所称控股企业，是指由本企业直接持有股份的企业。比如，A企业收购B企业100%的实质性经营资产，但支付的对价不是A企业自身的股权，而是A企业子公司C的股权。此时，按照文件59号文和4号公告的规定，该行为是符合特殊性税务处理的。但是，该行为并非是B企业的非货币性资产对外投资行为，而是A企业和B企业之间发生的非货币性资产交换行为，即A企业用其持有的子公司C的股权作为一项非货币资产（长期股权投资）和B企业的非货币性资产进行交换，不符合91号文的以非货币资产对外投资的定义（股权收购同样如此）。因此，如果位于上海自贸区的被收购企业取得的不是收购企业自身的股权，而是其持有的控股公司的股权，此时，自贸区企业只能选择按照59号文享受特殊性税务处理，无法按照91号文适用特殊性税务处理。

第二，适用91号文时，投资企业取得的非股权支付额同样需要按照59号文的规定计算方法在当期立即纳税，同时投资企业取得被投资企业股权的计税基础应用其投资的非货币资产的原有计税基础减去非股权支付，加上因非股权支付确认的所得。这一点，91号文没有说，但是，这应该是应有之意。对于企业用非货币资产对外投资成立新企业没有这个问题。但是，如果自贸区企业用非货币资产注入现存企业就存在这个问题。假设B企业将其一项非货币资产，账面价值100万，公允价值200万投资到A企业。A企业支付的对价是公允价值为150万的股权和50万的现金。此时，B企业只有对于取得股权的部分，即投资行为可以递延5年纳税，但是对于资产销售直接取得现金的部分，当期必须立即纳税，不能递延。非股权支付部分的应纳税额计算方式就用59号文的规定，即　非股权支付对应的资产转让所得或损失＝（被转让资产的公允价值－被转让资产的计税基础）×（非股权支付金额÷被转让资产的公允价值）。即，此时B企业对于50万的现金部分，应确认25万所得，当期一次性纳税。剩余的75万所得递延5年纳税。同时，B企业取得A企业股权的计税基础为75万（100-5025）。但是，A企业取得B企业非货币资产的计税基础，按照91号文的规定，应按公允价值200万确认。

第三，对于注册在上海自贸区的企业，发生的资产收购或股权收购行为，如果同时符合59号文的特殊性税务处理和91号文的特殊性税务处理，应该如何进行选择，这也是一个非常重要的问题。我们以一个资产收购的案例来看一下，假设A企业注册在上海自贸区，用其100%的实质性经营资产（计税基础100万，公允价值200万），投资到区外企业B，取得的对价100%为B企业的股权。不考虑其他情况，这是一个既符合59号文特殊性税务处理的资产收购，也符合91号文特殊性税务处理的非货币资产对外投资行为。如果适用59号文，A企业取得B企业股权的计税基础是100万，C企业取得B企业资产的计税基础也是100万。如果适用91号文的特殊性税务处理，A企业可以将100万的评估增值分5年递延纳税，每年确认20万的所得。但是，B企业可以按公允价值200万确认取得资产的计税基础。这里有个关键的差异需要大家关注。按照91号文，只要A企业对评估增值部分5年确认纳税了，B企业就可以按公允价值确认资产的计税基础。但是，在59号文的特殊性税务处理下，即使A企业在取得B企业股权12个月后，将股权按公允价值出售，已经将对外投资环节的评估增值在股权转让环节确认纳税了，但是，B企业取得A企业资产的计税基础仍然只能按原有计税基础确认，而不能调整为公允价值。对比59号文和91号文的特殊性税务处理，这里就展出了大家广为质疑的59号文针对资产收购（股权收购）特殊性税务处理中可能存在的重复征税的问题。但是，59号文的规则本身并不错，因为这是由于我国企业所得税制度的特点决定的。由于我国企业所得税中对于清算环节企业股东取得的相当于被投资企业累计未分配利润和累计盈余公积中按该股东所占股份比例计算的部分，应确认为股息所得享受免税待遇。因此，A企业股权转让环节就评估增值确认的所得会在股权受让方在B企业清算环节确认损失。因此，整体来看，国家并没有重复征税。明白了这个重要的差异，上海自贸区企业在选择适用59号文和91号文时，就应该根据投资和被投资企业的实际情况，做到心中有数了。

第四、关注非货币资产评估价值和双方认可价值不一致产生的税收风险问题。91号文规定，投资企业和被投资企业都是以被投资资产并按评估后的公允价值作为税务处理的依据。但是，在实践中，企业用非货币资产对外投时，非货币资产的评估价格和双方确认的作价投资金额之间不一致的情况。比如，A企业用其持有的C企业股权对B企业投资，C企业股权按照评估报告确认的价值是1000万，但是A和B在参考评估报告后，综合各方面因素，双方协商后达成一致意见，A企业只能以该股权作价600万作为出资额对B企业投资（假设交易真实，不存在虚假交易或其他关联交易情况）。此时，究竟双方是按1000万还是600万进行税务处理呢？从91号为规定来看，毫无疑问应该是按1000万进行税务处理。但是，双方在会计上都是按600万进行会计核算并办理增资手续的。由于税法和工商实际增资行为以及会计处理都存在差异，双方会存在一定的税收风险。在实务中，企业如果要适用91号文的规定，还是尽量避免这种问题的出现。

第五，91号文规定非货币性资产对外投资等资产重组行为，是指以非货币性资产出资设立或注入公司，限于以非货币性资产出资设立新公司和符合《财政部国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》(财税[2009]59号）第一条规定的股权收购、资产收购。对于自贸区企业用非货币资产出资成立新企业，从91号文规定来看，只要是非货币资产就可以享受。但是，如果是注入公司，则必须符合59号文第一条规定的股权收购、资产收购的条件。而在资产收购中，59号文强调必须是实质经营性资产。而4号公告将实质经营性资产，是指企业用于从事生产经营活动、与产生经营收入直接相关的资产，包括经营所用各类资产、企业拥有的商业信息和技术、经营活动产生的应收款项、投资资产等。比如，自贸区内企业用其非从事生产经营活动的闲置房产对外投资成立新企业，可以适用91号文的规定。但是，如果是将该房产投资注入到现有企业，税务机关是否可能会以企业该房产不属于实质经营性资产，不符合59号文第一条资产收购的条件，而否定该企业享受91号文的税收优惠呢？从91号文的字面表述来看，似乎存在这种可能性。实际执行中，企业应关注这个税收风险，具体如何把握应咨询当地税务机关。

第六，享受91号文时，企业要按规定履行备案手续。由于91号文的递延纳税也是一种税收优惠，根据《国家税务总局关于印发〈税收减免管理办法（试行）〉的通知》（国税发[2005]129号）的规定，纳税人享受备案类减免税，应提请备案，经税务机关登记备案后，自登记备案之日起执行。纳税人未按规定备案的，一律不得减免税。因此，企业应及时根据91号文的规定，在投资协议生效且完成资产实际交割并办理股权登记手续30日内，持相关资料向主管税务机关办理递延纳税备案登记手续。同时，企业应在确认收入实现的当年，以项目为单位，做好相应台账，准确记录应予确认的非货币性资产转让所得，并在相应年度的企业所得税汇算清缴时对当年计入额及分年结转额的情况做出说明。