近日，河南省某市国税局税务人员在一家服装生产企业纳税辅导时发现，该企业取得了一张“营改增”试点地区上海市某运输代理公司开具的运费增值税专用发票，发票货物或应税劳务一栏开具项目为“运费”，税率为6%。企业财务人员陈述，近期一批服装委托上海一家运输代理企业办理托运，从生产地直运上海报关出口，这张发票是支付运费时对方开具的。税务人员指出，“营改增”后运费没有6%的税率，这张发票未按规定开具，不能抵扣进项税。

《财政部、国家税务总局关于在上海市开展交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2011〕111号）规定，“营改增”试点地区，交通运输业和部分现代服务业增值税一般纳税人适用税率为：（一）提供有形动产租赁服务，税率为17%。
（二）提供交通运输业服务，税率为11%。
（三）提供现代服务业服务（有形动产租赁服务除外），税率为6%。
（四）财政部和国家税务总局规定的应税服务，税率为零。提供交通运输业服务，税率为11%。

另外，非一般纳税人可适用简易计税方法，是指按照销售额和增值税征收率计算的增值税额，不得抵扣进项税额。应纳税额计算公式：应纳税额＝销售额×征收率增值税，征收率为3%。小规模纳税人提供应税服务，接受方索取增值税专用发票的，可以向主管税务机关申请代开。

所以，该企业取得有关接受运输业服务的专用发票，只能是交通运输企业开具的税率为11%的增值税专用发票或者是按3%征收率由主管税务机关代开的增值税专用发票，不存在适用6%税率的交通运输业增值税专用发票。

经调查，开具发票的企业是运输代理公司，为增值税一般纳税人企业，提供的服务其实是物流辅助服务的代理运输，发票上填成“运费”劳务是因为纳税人对“营改增”具体政策不了解，将物流辅助服务片面理解成了运输业务。

财税〔2011〕111号文件中应税服务范围注释规定，交通运输业是指使用运输工具将货物或者旅客送达目的地，使其空间位置得到转移的业务活动。包括陆路运输服务、水路运输服务、航空运输服务和管道运输服务。而物流辅助服务，包括航空服务、港口码头服务、货运客运场站服务、打捞救助服务、货物运输代理服务、代理报关服务、仓储服务和装卸搬运服务。属于“营改增”试点中的提供现代服务业服务（有形动产租赁服务除外），税率为6%。其中，货物运输代理服务，是指接受货物收货人、发货人的委托，以委托人的名义或者以自己的名义，在不直接提供货物运输劳务情况下，为委托人办理货物运输及相关业务手续的业务活动。代理报关服务，是指接受进出口货物的收、发货人委托，代为办理报关手续的业务活动。装卸搬运服务，是指使用装卸搬运工具或人力、畜力将货物在运输工具之间、装卸现场之间或者运输工具与装卸现场之间进行装卸和搬运的业务活动。

所以，交通运输业服务与物流辅助中的货物运输代理服务不同，最明显的区别在于物流辅助服务不能提供货物运输劳务，只能提供代理、代办服务，运输代理公司开具增值税专用发票的应税服务项目应当是“货物运输代理”，而不能开具税率为6%的“运费”增值税专用发票。