企业投资多元化渐成趋势，关联企业已成为生产企业特别是大型企业集团公司销售产品或劳务的主要对象，其交易价格的高低直接影响缴纳企业所得税和流转税的多少。因此，关联企业交易税收风险的大小，关键在于交易价格的确定。
选用合理的转让定价方法
转让定价方法主要有可比非受控价格法、再销售价格法、成本加成法、交易净利润法和利润分割法等。
可比非受控价格法重点考虑的是，关联交易与非关联交易在交易资产或劳务的特性、合同条款及经济环境上的差异。如果关联交易与非关联交易存在重大差异时，应就所产生差异对价格的影响进行合理调整，无法合理调整的，再选择其他合理的转让定价方法进行调整。
再销售价格法重点考虑的是，关联交易与非关联交易在功能风险及合同条款上的差异以及影响毛利率的其他因素。当纳税人的关联交易与非关联交易在销售、广告及服务功能，存货风险，机器、设备的价值及使用年限，无形资产的使用及价值，批发或零售环节，商业经验，会计处理及管理效率等方面存在重大差异时，应就差异对毛利率的影响进行合理调整，无法合理调整的，再选择其他合理的转让定价方法进行调整。
成本加成法重点考虑的是，关联交易与非关联交易在功能风险及合同条款上的差异以及影响成本加成率的其他因素。如果关联交易与非关联交易在制造、加工、安装及测试功能，市场及汇兑风险，机器、设备的价值及使用年限，无形资产的使用及价值，商业经验，会计处理及管理效率等方面存在重大差异时，应就差异对成本加成率的影响进行合理调整，无法合理调整的，再选择其他合理的转让定价方法进行调整。
交易净利润法重点考虑的是，关联交易与非关联交易之间在功能风险及经济环境上的差异以及影响营业利润的其他因素。
如果关联交易与非关联交易在执行功能、承担风险和使用资产，行业和市场情况，经营规模，经济周期和产品生命周期，成本、费用、所得和资产在各交易间的分摊，会计处理及经营管理效率等方面存在重大差异时，应该就差异对营业利润的影响进行合理调整，无法合理调整的，再选择其他合理的转让定价方法进行调整。
利润分割法重点考虑的是，交易各方执行的功能、承担的风险。如果关联交易与非关联交易在使用资产，成本、费用、所得和资产在各交易方之间的分摊，会计处理，确定交易各方对剩余利润贡献所使用信息和假设条件的可靠性等方面存在重大差异时，应该就差异对利润的影响进行合理调整，无法合理调整的，再选择其他合理的转让定价方法进行调整。
与税局达成预约定价安排
按照相关规定，企业在同时满足年度发生的关联交易金额在4000万元人民币以上、依法履行关联申报义务和按规定准备、保存和提供同期资料3个条件时，可以与税务机关（设区的市、自治州以上的税务机关受理）就未来年度关联交易的定价原则和计算方法通过预备会谈、正式申请、审核评估、磋商、签订安排和监控执行等程序达成包括单边、双边或多边等形式的预约定价安排。
预约定价安排自企业提交正式书面申请年度的次年起3个至5个连续年度有效，在此期间，只要企业遵守安排的全部条款及其要求，各地国家税务局、地方税务局均按照安排内容执行。关联企业在条件成熟时可选择这一方法消除关联交易的税收风险。
与关联方签成本分摊协议
企业可以根据相关规定，与其关联方就共同开发、受让无形资产或共同提供、接受劳务签署成本分摊协议，按以下原则进行相关的税务处理：1.企业按照协议分摊的成本，应在协议规定的各年度税前扣除；2.涉及补偿调整的，应在补偿调整的年度计入应纳税所得额；3.涉及无形资产的成本分摊协议，加入支付、退出补偿或终止协议时对协议成果分配的，应按资产购置或处置的有关规定处理。
但有下列情形之一的，其自行分摊的成本不得税前扣除：1.不具有合理商业目的和经济实质；2.不符合独立交易原则；3.没有遵循成本与收益配比原则；4.未按有关规定备案或准备、保存和提供有关成本分摊协议的同期资料；5.自签署成本分摊协议之日起经营期限少于20年。
罚息的免除措施
税法虽然给出了如上所述的一些避免关联企业交易税收风险的方法，但企业一旦选择不当或没正确进行调整，税务机关要根据税收法律、行政法规有关规定，对企业关联交易价格做出特别纳税调整，对因此补征的税款，自税款所属纳税年度的次年6月1日起至补缴税款之日止的期间，按日加收所属纳税年度中国人民银行公布的与补税期间同期的人民币贷款基准利率加5个百分点的利息。
但《企业所得税法实施条例》第一百二十二条也规定了可以只按规定的人民币贷款基准利率计算利息的方法，免除条件有两个：1.企业向税务机关报送年度企业所得税纳税申报表时，应当就其与关联方之间的业务往来，附送年度关联业务往来报告表；2.税务机关在进行关联业务调查时，企业及其关联方，以及与关联业务调查有关的其他企业，应当按照规定提供以下资料：
一是与关联业务往来有关的价格、费用的制定标准、计算方法和说明等同期资料。
二是关联业务往来所涉及的财产、财产使用权、劳务等的再销售（转让）价格或者最终销售（转让）价格的相关资料。
三是与关联业务调查有关的其他企业应当提供的与被调查企业可比的产品价格、定价方式以及利润水平等资料。
四是其他与关联业务往来有关的资料。
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