新办法第十条规定，汇总纳税企业应当自年度终了之日起5个月内，由总机构汇总计算企业年度应纳所得税额，扣除总机构和各分支机构已预缴的税款，计算出应缴应退税款，按照本办法规定的税款分摊方法计算总机构和分支机构的企业所得税应缴应退税款，分别由总机构和分支机构就地办理税款缴库或退库。这是新办法的一个重大变化，在汇算清缴时，多退少补的税款须在总分机构之间分摊，各分支机构也要参与汇算清缴，解决了总机构所在地税务机关补退税压力过大的问题。

查补税款的规定
28号文件对总分机构查补的税款没有规定，查补的税款是否还要进行分配，各地执行不一。新办法第二十七条第三款规定，总机构应将查补所得税款（包括滞纳金、罚款，下同）的50%按照本办法第十五条规定计算的分摊比例，分摊给各分支机构（不包括本办法第五条规定的分支机构）缴纳，各分支机构根据分摊查补税款就地办理缴库。第二十七条第四款规定，二级分支机构应将查补所得税款的50%分摊给总机构缴纳，其中25%就地办理缴库，25%就地全额缴入中央国库；50%分摊给该二级分支机构就地办理缴库。

对于总机构查补的税款，按照比例分摊给各分支机构；对于分支机构的查补税款，50%应分配给总机构缴纳，50%分配给被检查的分支机构缴纳，没有被检查的其他分支机构不参与查补税款的分配。

举例
（一）28号文件施行时
1.上半年预缴时，根据上上年度的三因素数据：
假设总机构201X年度第一季度应纳所得税额为1000万元，那么
总机构需缴纳1000×50%＝500（万元）。
三个分支机构分摊1000×50%＝500（万元）。
分支机构一分摊比例为100÷600×0.35＋100÷600×0.35＋100÷600×0.3＝0.17。
分支机构二分摊比例为200÷600×0.35＋200÷600×0.35＋200÷600×0.3＝0.33。
分支机构三分摊比例为300÷600×0.35＋300÷600×0.35＋300÷600×0.3＝0.5。
分支机构一应分摊的税额为500×0.17＝85（万元）。
分支机构二应分摊的税额为500×0.33＝165（万元）。
分支机构三应分摊的税额为500×0.5＝250（万元）。

2.下半年预缴时，根据上年度的三因素数据：
假设总机构201X年度第三季度应纳所得税额为1000万元，那么
总机构需缴纳1000×50%＝500（万元）。
三家分支机构分摊1000×50%＝500万元。
分支机构一分摊比例为100÷500×0.35＋100÷500×0.35＋100÷500×0.3＝0.2。
分支机构二分摊比例为150÷500×0.35＋150÷500×0.35＋150÷500×0.3＝0.3。
分支机构三分摊比例为250÷500×0.35＋250÷500×0.35＋250÷500×0.3＝0.5。
分支机构一应分摊的税额为500×0.2＝100（万元）。
分支机构二应分摊的税额为500×0.3＝150（万元）。
分支机构三应分摊的税额为500×0.5＝250（万元）。

3.汇算清缴时，假设总分机构201X年度应纳所得税额为5000万元，已预缴4000万元，应补缴1000万元，由总机构在其所在地主管税务机关入库。

（二）新办法施行时
1.预缴时不再区分上上年度和上年度，统一使用上年度数据计算，三家分支机构全年的分摊比例均为0.2、0.3、0.5。

2.汇算清缴时，假该设总分机构应补缴税款1000万元
总机构需补缴1000×50%＝500（万元）。
分支机构一需补缴500×0.2＝100（万元）。
分支机构二需补缴500×0.3＝150（万元）。
分支机构三需补缴500×0.5＝250（万元）。

（三）查补税款
1.汇算清缴结束后，总机构主管税务机关对其进行了纳税评估，需补缴企业所得税20万元。
总机构需补缴20×50%＝10（万元）。
分支机构一需补缴10×0.2＝2（万元）。
分支机构二需补缴10×0.3＝3（万元）。
分支机构三需补缴10×0.5＝5（万元）。

2.汇算清缴结束后，分支机构一主管税务机关对其进行了纳税评估，需补缴企业所得税10万元。
总机构需补缴10×50%＝5（万元）。
分支机构一需补缴10×50%＝5（万元）。

需要注意的问题
新办法自2013年1月1日起施行，根据国家税务总局办公厅发布的新办法解读，汇总纳税企业在即将开始的2012年度汇算清缴时仍适用28号文件，而不适用新办法。但是，在2013年度第一次预缴时，就应按照新办法执行了。若按照28号文件，2013年度第一季度预缴时，三因素应根据上上年度，即2011年度的数据计算，但按照新办法，则应根据上年度，即2012年度的数据计算，企业要特别注意。