值得注意的是，如果行为人的此类行为在施行日以前就曾发生，又跨越施行日延续或持续实施这些行为的，在作出的处罚告知和行政处罚决定中，税务机关只需列举施行日以后发生的违法行为，依法给予处罚即可，不必涉及以前的行为，以免被误认为在以新法追溯以往的行为，而招致不必要的行政复议、行政诉讼。
原办法有处罚规定，而新办法没有设立处罚规定的一般情形
法律通过评价和惩处功能，实现立法目的。随着社会的发展、变化，其评价标准也在不断改变，原来认为具有社会危害性的行为，现在认为不具有社会危害性，在法律上的表现就是国家对法律的修改。修改后的法律对这类行为做出了没有社会危害性的评价，并相应取消对这种行为的惩罚时，就应适用新的法律，对这种行为重新进行评价并相应的调整惩罚。
我国刑法第十二条规定，本法施行以前的行为，如果当时的法律不认为是犯罪的，适用当时的法律；如果当时的法律认为是犯罪，依照本法规定应当追诉的，按照当时的法律追究刑事责任，但是如果本法不认为是犯罪或者处刑较轻的，适用本法。
《最高人民法院关于审理行政案件适用法律规范问题的座谈会纪要》（法[2004]96号）对行政机关处理行政相对人发生在新法施行以前的行为，既规定了应当实体从旧、程序从新，又作了适用新法对保护行政相对人的合法权益更为有利的应适用新法的规定。
从法理分析，从旧兼从轻原则是我国处理各种法律问题的一项基本原则，除了刑法适用外，在行政管理和行政处罚涉及的法律问题，也都应当适用从旧兼从轻原则。通过对国家公权力的限制和有利于行为人的法律适用，得以实现对行政相对人的人权及其他合法利益的保障。
例如，原办法第三十六条及细则相关条款将“未按规定设置发票登记簿”和“未按规定建立发票保管制度”分别列入未按规定开具发票、未按规定保管发票的行为，规定可处以1万元以下的罚款，但新办法取消了对这些行为的处罚规定。
对于此类原办法有处罚规定，而新办法不认为是违法，没有设立处罚规定且其他税收法律法规也没有相关处罚规定的行为，根据法理以及上述规定，适用新办法更有利于保护税务行政相对人的合法权益，对这类行为不应追溯处罚。
原办法有处罚规定，而新办法没有设立处罚规定的特殊情形
虽然新办法删除了原办法中对某些行为的处罚规定，但并不表示这些行为就全部不是违法行为，不需处罚了，而是因为对某些行为的处罚规定与税收征管法中的处罚规定相同而没必要再作重复规定。
如，税收征管法第七十条对“纳税人、扣缴义务人逃避、拒绝或者以其他方式阻挠税务机关检查的”行为有处罚规定，而原办法第三十六条对“未按照规定接受税务机关检查的”行为所设立的处罚已包含在税收征管法第七十条的处罚中，因此在新办法中，取消了对该行为的处罚。对于在发票管理事务中，不接受税务机关检查的，如果违法行为发生在施行日以前的，仍按原办法第三十六条的规定进行处罚；对于施行日以后发生的此类违法行为，就应依照税收征管法第七十条的规定进行处罚。
在检查实务中，遇到在新办法中找不到处罚规定的行为，不能简单地以为不是违法行为而不需处罚，还应查看税收征管法等相关法律法规是否有处罚规定。
对新办法施行之前开始发生，延续或持续到新办法施行之后的发票违法行为如何处罚
首先要根据原办法和新办法的规定，分别判断该行为在两个时段是否均已构成发票违法行为。对跨越施行日前后，违法行为性质、种类都相同的发票违法行为，应视最高处罚额度的异同分别给予处罚：
（一）原办法和新办法最高处罚额度相同的。例如对“应开具而未开具发票的”行为，都规定可处以1万元以下的罚款。对于这类违法行为，即使是在施行日前后延续或持续发生，也不能按原办法和新办法分别处以两次罚款，而只能视为一次违法行为，处以1万元以下的罚款，但可以在最高额度内从重处罚。
（二）新办法最高处罚额度高于原办法的。原办法对代开、转借、转让发票的行为均规定可处以1万元以下罚款。而新办法对非法代开及转借、转让发票的行为，均规定分别处以5万元以下或5万元以上50万元以下的罚款。对于这类性质、种类相同，但最高处罚额度不同的违法行为，也不应分为两段处罚，而应将施行日前后发生的数次行为，合并为一次违法行为，按新办法规定的罚款额度进行处罚。
税务行政执法中，应遵循不溯及既往和从旧兼从轻的总原则，来适用新旧处罚规定
立法法第八十四条规定，法律、行政法规、地方性法规、自治条例和单行条例、规章不溯及既往，但为了更好地保护公民、法人和其他组织的权利和利益而作的特别规定除外。
最高人民法院印发的《关于审理行政案件适用法律规范问题的座谈会纪要》第三条“关于新旧法律规范的适用规则”规定为，根据行政审判中的普遍认识和做法，行政相对人的行为发生在新法施行以前，具体行政行为作出在新法施行以后，人民法院审查具体行政行为的合法性时，实体问题适用旧法规定，程序问题适用新法规定，但下列情形除外：（一）法律、法规或规章另有规定的；（二）适用新法对保护行政相对人的合法权益更为有利的；（三）按照具体行政行为的性质应当适用新法的实体规定的。
虽然现在对于税务行政执法中的新旧法规处罚规定的衔接问题尚无明确界定，但上述规定应作为处理新办法施行日前后发生的发票违法行为的法律法规适用总原则。
在处理发票违法案件适用实体法时，要以维护当事人合法权益为宗旨，为了更好地保护公民、法人和其他组织的权利和利益，应遵循不溯及既往和从旧兼从轻的原则，不能用已废止的处罚规定，对发生在施行日以后的行为进行于法无据的处罚，更不能以新处罚规定，对以往的行为进行追溯处罚，对于当时是违法行为，但新法取消了处罚规定的，不应再作追究。
