本案例中，税务机关能否按查账征收方式查补税款呢？笔者认为，应该将其2010年征收方式变更为查账征收，并按查账征收方式计算的金额要求甲公司补缴税款。理由如下：

   1.甲公司作为汇总纳税企业，本来就不得核定征收企业所得税。
   （1）什么是汇总纳税企业？
   企业所得税法第五十条规定，居民企业在中国境内设立不具有法人资格的营业机构的，应当汇总计算并缴纳企业所得税。《国家税务总局关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法〉的通知》（国税发〔2008〕28号）规定，居民企业在中国境内跨地区（指跨省、自治区、直辖市和计划单列市）设立不具有法人资格的营业机构、场所的，该居民企业为汇总纳税企业。本案例中，甲公司设立了跨省的非法人分支机构A分公司和B分公司，显然属于汇总纳税企业。

   （2）汇总纳税企业不得核定征收。
   《国家税务总局关于印发〈企业所得税核定征收办法〉（试行）的通知政策》（国税发〔2008〕30号）第三条规定，特殊行业、特殊类型的纳税人和一定规模以上的纳税人不适用本办法。上述特定纳税人由国家税务总局另行明确。《国家税务总局关于企业所得税核定征收若干问题的通知》（国税函〔2009〕377号）对国税发〔2008〕30号文件第三条第二款所称“特定纳税人”作了明确，其中包括汇总纳税企业。

   因此，甲公司作为汇总纳税企业，是国家税务总局明文禁止可以采取核定征收方式征收企业所得税的纳税人，本来就不得对其采取核定征收方式征收企业所得税。

   2.税务机关可以对甲公司按规定追缴税款。
   （1）因税务机关的责任造成纳税人少缴税款的，3年内可要求纳税人补缴。
   税收征管法第五十二条规定，因税务机关的责任，致使纳税人、扣缴义务人未缴或者少缴税款的，税务机关在3年内可以要求纳税人、扣缴义务人补缴税款，但是不得加收滞纳金。税收征管法实施细则第八十条规定，税收征管法第五十二条所称税务机关的责任，指税务机关适用税收法律、行政法规不当或者执法行为违法。

   （2）本案例中是否存在税务机关的责任？
   国税发〔2008〕30号文件规定，主管税务机关要严格按照规定的范围和标准，确定企业所得税的征收方式，不得违规扩大核定征收企业所得税范围。本案例中，税务机关对甲公司核定征收企业所得税，显然属于违规扩大核定征收企业所得税范围的行为，违反了国家税务总局的规定。税务机关的行为，应该属于税收征管法实施细则第八十条规定的执法行为违法，属于税务机关的责任，由于从2010年～2012年3月未超过3年，因此税务机关除了应将甲公司2010年度的征收方式变更为查账征收外，可以同时要求纳税人补缴税款，但是不得加收滞纳金。

   需要注意的是，除了本案例中的汇总纳税企业外，国家税务总局明文规定不得核定征收的企业还有上市公司、金融企业、经济鉴证类社会中介机构、享受企业所得税法及其实施条例和国务院规定的一项或几项企业所得税优惠政策的企业（不包括仅享受企业所得税法第二十六条规定免税收入优惠政策的企业）以及国家税务总局规定的其他企业等。

   纳税条件发生变化应及时申报调整
   符合规定实行核定征收的企业，如果纳税条件发生改变，却不及时向税务机关申报调整，也会产生涉税风险。

   国税发〔2008〕30号文件第九条规定，纳税人的生产经营范围、主营业务发生重大变化，或者应纳税所得额或应纳税额增减变化达到20％的，应及时向税务机关申报调整已确定的应纳税额或应税所得率。

   以上述案例为例，如果甲公司不属于明文禁止核定征收的企业，其仍然需要按核定征收方式补缴金额较大的税款。其2010年利润率为1.1÷5.3×100%＝20.75%，不考虑纳税调整的影响，其实际应纳税所得额为1.1亿元，与其实际申报的应纳税所得额53000×8%＝4240（万元）相比，增长（11000-4240）÷4240×100%＝159%，远远超过增长比例20%。因此，纳税人应及时向税务机关申报调整已确定的应税所得率。如果该企业实际应税所得率超过20%，就应按照国家税务总局对建筑业应税所得率最高限20%执行，计算出的应纳税所得额为53000×20%＝10600（万元），应纳企业所得税10600×25%＝2650（万元），应申报补缴企业所得税2650-1060＝1590（万元）。

   综上所述，上述案例中，甲公司属于明文禁止核定征收的范围，税务机关应该将其2010年企业所得税征收方式变更为查账征收，并可以按查账征收方式计算的金额要求甲公司补缴企业所得税1690万元。如果案例中的甲公司不属于国家税务总局明文禁止核定征收的范围，纳税人应该申报调整2010年的应税所得率，并按调整后的应税所得率，申报补缴企业所得税1590万元。因此，对于事实上核定征收的企业，无论其是否违规核定，都有可能存在潜在的涉税风险，应引起核定征收企业的重视。