根据国务院部署，2015年力争全面完成“营改增”。医疗服务收入在“营改增”后是否延续营业税条件下的免征流转税政策，笔者认为，从医疗和税收体制改革的初衷以及税法法理分析，医疗服务行业在“营改增”后应当延续享受流转税免税政策。
　　
　　首先，根据《中华人民共和国营业税暂行条例》第八条和《财政部、国家税务总局关于公布若干废止和失效的营业税规范性文件的通知》（财税〔2009〕61号）的规定，自2009年1月1日起，医疗机构不再区分营利性和非营利性医疗机构，对其取得的医疗服务收入均免征营业税。这在时间和内容上均与医疗体制改革鼓励非公有社会资本投资并创造平等竞争环境的政策意图相契合。
　　
　　其次，从税法法理分析，增值税、营业税同为流转税，实施“营改增”可有效避免流转环节重复征税，降低税收负担。在营业税征收条件下享受免税优惠的医疗服务，理应在“营改增”后延续免征增值税待遇，也即实际流转税负水平不应高于“营改增”之前的标准。
　　
　　“营改增”后，如果医疗服务业延续免税政策，笔者认为，税务机关应当尽早予以明确，并以过渡政策的形式明晰、规范相关操作事项。如果相关明确延续免税政策的文件滞后于“生活服务业”税目的“营改增”进程，由于无章可依，主管税务机关将先行征缴相应增值税及附加。由于医疗服务企业人力资源成本占比较大，相应可抵扣的进项税额有限，这对于行业平均毛利率水平不高，且需要在大型先进医疗设备和高端医疗人才上加大投入的医疗服务行业，特别是外资及民营等社会资本投资企业来说，无疑是巨大的压力。
　　
　　即使后续明确了相应免税政策，对于已经缴纳的增值税，从实际操作经验来看，基层主管税务机关将采取冲抵以后应缴税款的方式代替退税处理。由于医疗服务企业没有其他增值税应税项目而造成已缴未退税款长期挂账，影响企业现金流并将产生财务和税务等方面的历史遗留问题。