2009年6月财政部、国家税务总局发布了《关于补充养老保险费、补充医疗保险费有关企业所得税政策问题的通知》（财税[2009]27号）。该通知规定，自2008年1月1日起，企业根据国家有关规定，为在本企业任职或者受雇的全体员工支付的补充养老保险费、补充医疗保险费，在不超过职工工资总额5％标准内的部分，在计算应纳税所得额时准予扣除。

　　由于有了企业所得税扣除优惠，企业为职工办理2008年1月1日以来的补充养老保险和补充医疗保险的积极性大增。由于缴纳补充养老保险和补充医疗保险人数增加，其涉及的个人所得税问题颇受关注。

　　《财政部、国家税务总局关于基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费、住房公积金有关个人所得税政策的通知》（财税[2006]10号）规定，企事业单位按照国家或省、自治区、直辖市人民政府规定的缴费比例或办法实际缴付的基本养老保险费、基本医疗保险费和失业保险费，免征个人所得税；个人按照国家或省、自治区、直辖市人民政府规定的缴费比例或办法实际缴付的基本养老保险费、基本医疗保险费和失业保险费，允许在个人应纳税所得额中扣除。企事业单位和个人超过规定的比例和标准缴付的基本养老保险费、基本医疗保险费和失业保险费，应将超过部分并人个人当期的工资、薪金收入，计征个人所得税。

　　根据上述文件规定，企事业单位按照国家或省级人民政府规定的缴费比例或办法实际缴付的基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费和住房公积金，免征个人所得税。在该文件的免税项目中，不包括补充医疗保险，所以，企业为职工支付的补充医疗保险应当征收个人所得税。

　　企业为职工个人购买商业性补充养老保险等，在办理投保手续时应作为个人所得税的工资、薪金所得项目，按税法规定缴纳个人所得税。个人所得税的具体纳税时间应当按照。《国家税务总局关于单位为员工支付有关保险缴纳个人所得税问题的批复》（国税函[2005]318号）规定，对企业为员工支付各项免税之外的保险金，应当在企业向保险公司缴付时并人员工当期的工资收入，按工资、薪金所得项目计征个人所得税，税款由企业负责代扣代缴。

　　根据财税[2006]10号文件的规定；企业为职工支付的补充医疗保险金不属于免税项目，应当征收个人所得税。根据目前的普遍做法，各地社会保险基金管理中心并不负责补充医疗基金的管理，通常做法是企业委托商业!陛保险公司代为管理或由企业自行管理。如果企业将补充医疗保险委托商业性保险公司管理，则应当在保险公司落到被保险人的保险账户时代扣代缴个人所得税。

　　企业自行管理模式比较有代表性的是北京市的补充医疗保险费。《北京市基本医疗保险规定》规定，企业补充医疗保险费在本企业职工工资总额4％以内的部分，列入成本，准予税前扣除。补充医疗保险费用于支付职工和退休人员在定点医疗机构和定点零售药店发生的费用，包括个人账户不足支付的医疗费用、基本医疗保险统筹基金支付之余应由个人支付的医疗费用以及大额医疗费用互助资金支付之余应由个人支付的医疗费用。《北京市企业补充医疗保险暂行办法》（京劳社医发[2001]16号）规定，补充医疗保险由企业管理。企业补充医疗保险费当年结余部分，结转下一年度使用。由于企业计提补充医疗保险时并没有落人个人账户，而且以后每位职工报销的医疗费用金额不等，这种管理模式就很难代扣代缴个人所得税。