方案分析：
方案一、销售货物并负责运输。
金山商贸企业销售煤炭并负责运输，“营改增”前称为“混合销售”，“营改增”后，根据《财政部、国家税务总局关于在上海市开展交通运输业和部分现代服务业改征增值税试点的通知》（财税〔2011〕111号）《交通运输业和部分现代服务业改征增值税试点有关事项的规定》（以下简称《试点事项规定》）第一条第一项的规定，纳税人兼有不同税率或者征收率的销售货物、提供加工修理修配劳务或者应税服务称为“混业经营”。对于“混业经营”税收政策规定，纳税人提供适用不同税率或者征收率的应税劳务，应当分别核算适用不同税率或者征收率的销售额。因此，公司销售煤炭并负责运输，只需分别核算，分别缴纳增值税。销售煤炭的销项税918万元（5400万元×17%），煤炭的进项税765万元（4500万元×17%），煤炭应纳增值税=153万元（918万元-765万元，下同）；兼有运输业的销项税=4000×11%=440万元，汽车耗用的油料及零配件的进项税为170万元，运输业应纳增值税=270万元（440万元-170万元），“混业经营”的应纳增值税合计=423万元（煤炭应纳增值税153万元 运输业应纳增值税270万元），公司的税负为4.50%（423万元÷9400万元×100%）。如汽车为新购的，还可以抵扣税金，税负还能降低一点，不过影响企业税负是过路费无法抵扣。
方案二、销售货物并负责运输，将独自运输改为与非试点地区的运输单位（个人）联运。
《试点事项规定》第一条第三项规定，试点纳税人提供应税服务，按照国家有关营业税政策规定差额征收营业税的，允许其以取得的全部价款和价外费用，扣除支付给非试点纳税人（指试点地区不按照《试点实施办法》缴纳增值税的纳税人和非试点地区的纳税人）价款后的余额为销售额。根据上述规定，企业可以将“混业经营”中的兼有运输业改为联运，陕西境内至河南西峡县境内的运输由北方非试点地区的运输部门（个人）联运，联运价为3600万元（360/吨×10万吨），河南西峡至湖北中部地区由金山公司运输，运价为400万元（40元/吨×10万吨）。煤炭应纳增值税153万元，运输的销项税=4000×11%=440万元，金山公司的汽车耗用的油料及零配件的进项税为17万元（金山公司完成联运的10%，进项税折算=170万元×10%，下同）。非试点地区的联运方开具的普通运输发票税法规定是扣除销售额的，但在账务处理是按扣税法进行的，因此，按联运方开具普通运输发票计算营改增抵减的销项税额，即396万元（3600万元×11%），运输业应纳增值税=27万元（440万元-17万元-396万元），“混业经营”应纳增值税=180万元（153万元 27万元），企业的税负为1.91%（180万元÷9400万元×100%）。联运后金山公司运力多了，车辆可从事其它工作，也可出售车辆。
方案三、销售货物并负责运输，用试点地区一般纳税人联运。
选择试点地区一般纳税人联运，金山公司的税负与方案二是一样的（1.91%），在此不在重复。
方案四、销售货物并负责运输，用试点地区的小规模纳税人联运。
如联运方为小规模纳税人（n个），根据《试点事项规定》第一条第四项规定，试点纳税人接受试点纳税人中的小规模纳税人提供的交通运输业服务，按照取得的增值税专用发票上注明的价税合计金额和7%的扣除率计算进项税额的规定，联运方开具的3600万元货运业增值税专用发票按照7%计算的进项税额=252万元（为了计算方便，不含税价通常没有还原为含税价，下同），金山公司进项税为17万元，运输业的销项税=4000×11%=440万元，运输应纳增值税=171万元（440万元-17万元-252万元）；煤炭应纳税为153万元，“混业经营”应纳税=324万元（煤炭153万元 运输171万元），税负率为3.45%（324万元÷9400万元×100%）。
从上述计算分析来看：如按税负比较，方案二、方案三最好，税负率只有1.91%，方案一税负最高为4.5%，最高与最低相差2.59个百分点。表面上看，方案三与方案二是一样的税负，因方案三的联运方是增值税一般纳税人，其税负比较高的，如联运方完成3600万元的运输额，占90%，应纳税=243万元（运输业应纳税270万元×90%），如将金山公司及联运方的应纳税合计=423万元（煤炭153万元 金山公司运输27万元 联运方运输243万元），税负也在4.50%，与方案一是一样的。方案二采用联运方式，利用联运单位的低税负（3%），可以化解高速公路的过路费不能抵扣的“硬伤”。总之，纳税人销售货物收取运费，要根据实际情况进行税务筹划，如购买方享受优惠政策就一定要协商购买方承担运费，选用方案二执行；如果没有运力可以购买少量运输工具，大量的运输由联运方完成，这样就可降低税负。还有，如果全面推广“营改增”，销售货物并收取运费时，如一般纳税人的大量的过路费不能抵扣，导致税负高，还不如用方案四好，即用小规模纳税人联运。总之，销售货物收取运费要具体问题具体分析。
