一、新设立的分支机构不能单独享受过渡期优惠政策，并不意味着不能享受总机构的过渡期优惠政策。内、外资企业所得税合并前，不具备法人资格的内、外资企业分支机构，都可能单独享受所得税优惠政策。由于新税法下汇总纳税实行的是“统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库”的处理办法，因此，分支机构能否单独享受所得税过渡优惠政策，对总机构汇总计算的所得税额和分支机构的就地预缴所得税额，都有很大影响。

为此，财税[2009]69号文件明确，企业在2007年3月16日之前设立的分支机构，单独依据原内、外资企业所得税法的优惠规定已享受有关税收优惠的，凡符合《国务院关于实施企业所得税过渡优惠政策的通知》（国发[2007]39号）所列政策条件的，可以单独享受企业所得税过渡优惠政策。而在2007年3月17日～2007年12月31日登记成立的企业分支机构，2007年度仍可享受原税法下的税收优惠政策，但不能享受过渡期优惠政策。2008年后新设立的企业分支机构，由于不可能享受原税法下的优惠政策，也不存在优惠政策的过渡问题。也就是说，财税[2009]69号文件明确的是分支机构自身的过渡政策，这与新设立的分支机构能否享受总机构的过渡期优惠政策没有关系。

二、新设立分支机构能否与总机构同时享受过渡期优惠政策，应视具体情况而定。根据《国家税务总局关于外商投资企业和外国企业原有若干税收优惠政策取消后有关事项处理的通知》（国税发[2008]23号）规定，外商投资企业按照原税法规定享受定期减免税优惠，2008年后，企业生产经营业务性质或经营期发生变化，导致其不符合原税法规定条件的，仍应依据原税法的规定补缴其此前（包括在优惠过渡期内）已经享受的定期减免税税款。企业生产经营业务性质是否符合税收优惠条件，应以包括总分机构在内的居民企业整体为主体来判断。因此，如果甲公司成立该分支机构后不符合生产性外资企业的条件，则不但新成立的分支机构不能享受过渡政策，总机构也得补缴此前已经享受的定期减免税款。但如果仍符合生产性外资企业的条件，那么该分支机构就可以与总机构同时享受过渡期优惠政策。

甲公司将原有的部分初加工业务转移到新设的分支机构，其生产经营业务性质并未产生变化，因此，新设立分支机构可以享受甲公司原已享受的过渡期优惠政策。

三、新设立的分支机构当年不需要就地预缴所得税。分支机构分摊预缴税款依据的三个因素是取自以前年度，即1月～6月按上上年度缴纳企业所得税，7月～12月按上年度缴纳企业所得税，由于新设立的分支机构没有以前年度的相关信息，因此分支机构设立的当年不就地预缴企业所得税。同时由于分支机构1月～6月预缴税款依据的是上上年度1月～6月的数据，因此《国家税务总局关于跨地区经营外商独资银行汇总纳税问题的通知》（国税函[2008]958号）规定，外商独资银行当年新设立的跨地区经营分支机构，在次年上半年可不就地预缴企业所得税，其他跨地区经营汇总纳税企业也参照执行。就是说，甲公司如果在2011年设立分支机构，该分支机构要到明年下半年才就地预缴企业所得税。而到明年，甲公司过渡期优惠政策将享受期满，其总分机构的所得税应统一按25%的税率执行。

得到税务机关的明确答复后，甲公司打消顾虑，决定着手在原料主产地筹办一家分支机构。