（二）经济鉴证类社会中介机构企业所得税管理问题。《国家税务总局关于企业所得税核定征收若干问题的通知》（国税函[2009]377号）规定，经济鉴证类社会中介机构不得核定征收企业所得税。三年来，由于该类企业总体核算水平仍难达到查账征收的要求，因此，对该类企业出现《中华人民共和国税收征收管理法》第三十五条规定的情形的，税务机关可对其以往应缴的企业所得税按核定征收方式进行征收。
三、关于企业从事农、林、牧、渔业项目所得，免征、减征企业所得税问题
（一）不征税收入、免税收入计算问题。企业的不征税收入既不计入收入总额，也不计入减免企业所得税的收入额；企业的免税收入，凡有足够证据证明该免税收入与从事农、林、牧、渔业项目直接相关的，直接计入从事农、林、牧、渔业项目的收入额。无足够证据证明该免税收入与从事农、林、牧、渔业项目直接相关的，企业应采取分摊的方法。
（二）不征税收入、免税收入所对应的费用扣除问题。《企业所得税法实施条例》第二十八条规定，企业的不征税收入用于支出所形成的费用或者财产，不得扣除或者计算对应的折旧、摊销扣除。企业取得的各项免税收入所对应的各项成本费用，除另有规定者外，可以在计算应纳税所得额时扣除。
（三）期间费用分摊问题。《企业所得税法实施条例》第一百零二条规定：“企业同时从事适用不同企业所得税待遇的项目的，其优惠项目应当单独计算所得，并合理分摊企业的期间费用；没有单独核算的，不得享受企业所得税优惠。”期间费用的分摊方法由主管税务机关确定，或者由主管税务机关与减免税企业协商确定，但一经确定的分摊方法一年内不得改变。
四、关于资产的税务处理问题
（一）固定资产投入使用后计税基础确定问题。《国家税务总局关于贯彻落实企业所得税法若干税收问题的通知》（国税函[2010]79号）规定：“企业固定资产投入使用后，由于工程款项尚未结清未取得全额发票的，可暂按合同规定的金额计入固定资产计税基础计提折旧，待发票取得后进行调整。但该项调整应在固定资产投入使用后12个月内进行。”如果12个月内取得全额发票，对计税基础不需要进行调整，不需要调整已计提折旧；如果12个月内取得部分发票，所得税管理时，应将未取得发票部分固定资产，在第12月后调整减少相应的计税基础，并调整未取得发票部分的折旧；如果12个月内未取得发票，调整计税基础，并调整全部已计提的折旧。
（二）房屋建筑物改扩建的税务处理问题。国家税务总局2011年第34号公告规定：“企业对房屋、建筑物固定资产在未足额提取折旧前进行改扩建的，属于提升功能、增加面积的，该固定资产的改扩建支出，并入该固定资产计税基础，并从改扩建完工投入使用后的次月起，重新按税法规定的该固定资产折旧年限计提折旧，如该改扩建后的固定资产尚可使用的年限低于税法规定的最低年限的，可以按尚可使用的年限计提折旧”。由于尚可使用年限确认没有法律上的规定，因此，改扩建后的固定资产计提折旧年限不能低于税法规定的最低年限。
五、关于建安企业所得税管理问题
（一）核定征收的建筑安装企业总、分包收入按所得税法规定的收入确认原则办理。
（二）建安企业外出施工，因未开具“外管证”而在外地被核定征收了企业所得税的，总机构汇算清缴时可以将外出施工缴纳的该项税款据实扣除。
六、关于企业雇用季节工、临时工、实习生、返聘离退休人员以及接受外部劳务派遣用工所实际发生的费用扣除问题
《国家税务总局关于企业所得税应纳税所得额若干税务处理问题的公告》（国家税务总局公告2012年第15号）对企业因雇用季节工、临时工、实习生、返聘离退休人员以及接受外部劳务派遣用工所实际发生的费用，要求区分为工资薪金支出和职工福利费支出，并按《企业所得税法》规定在企业所得税前扣除。实际工作中很难将企业支付上述人员所发生的费用区分为工资薪金支出和职工福利费支出。因此，我省仍按原工资、劳务报酬区分的规定税前扣除。
七、关于房地产开发企业所得税处理问题
（一）房地产开发企业缴纳的土地使用税、取得土地缴纳的印花税税前扣除问题。《企业会计准则》规定，房地产开发企业缴纳的土地使用税、取得土地缴纳的印花税应计入管理费用。因此，该项税收可作为所得税费用税前扣除。
（二）房地产开发企业预售未完工开发产品取得的收入是否作为广告费、业务宣传费、业务招待费等三项费用税前扣除基数问题。该问题仍按《辽宁省地方税务局关于印发企业所得税若干业务问题的通知》（辽地税发[2010]3号）规定处理，但业务招待费作纳税调增处理后，准予在销售收入实现年度结转扣除。
（三）关于对房地产开发企业以往应缴企业所得税进行核定是否需要下达税务事项通知书问题。《国家税务总局关于印发〈房地产开发经营业务企业所得税处理办法〉的通知》（国税发[2009]31号）第四条规定：“企业出现《中华人民共和国税收征收管理法》第三十五条规定情形的，税务机关可对其以往应缴的企业所得税按核定征收方式进行征收管理……但不得事先确定企业的所得税按核定征收方式进行征收、管理。”由于是对企业以往应缴企业所得税进行核定，不改变正常经营年度的征收方式，不应增加程序性规定，因此不需下达《税务事项通知书》。
八、关于企业资产损失税前扣除管理问题
（一）《国家税务总局关于发布〈企业资产损失所得税税前扣除管理办法〉的公告》（国家税务总局公告2011年第25号）第二十二条的规定：“属于债务重组的，应有债务重组协议及其债务人重组收益纳税情况说明。”该纳税情况说明必须是债务人主管税务机关出具的债务重组所得已并入债务人当期应纳税所得额的证明。
（二）国家税务总局公告2011年第25号第二十七条“该项损失数额较大的（指占企业该类资产计税成本10%以上，或减少当年应纳税所得、增加亏损10%以上），应有专业技术鉴定意见或法定资质中介机构出具的专项报告等。”该条所称“中介机构”包括税务师事务所。
九、关于企业筹建期间发生的业务招待费税前扣除问题
按照《国家税务总局关于企业所得税应纳税所得额若干税务处理问题的公告》（国家税务总局公告2012年第15号）精神，为便于管理，企业在筹建期间发生的与筹办活动有关的业务招待费支出，可按实际发生额计入企业筹办费，企业开始经营之日的当年，按照《国家税务总局关于企业所得税若干税务事项衔接问题的通知》（国税函[2009]98号）规定摊销时，筹办费中所含业务招待费的60%予以税前扣除，超过部分作纳税调整。
十、关于企业清算企业所得税问题
（一）企业清算资产可变现价值的确认问题。企业申请废业，清算资产可变现价值的确认须提供中介机构的资产评估报告，否则，税务机关不予办理注销手续。
（二）企业清算期间业务招待费可否计入清算费用问题。清算期间发生的业务招待费不得计入清算费用。
十一、关于政府返还的“政府扶持基金”应否作为企业所得税应税收入问题
地方政府为吸引外来企业投资建厂或为吸引房地产开发企业进行开发，对企业缴纳的土地出让金实行先征后返，该返还款项通常为拍卖价与政府承诺价格的差额。企业收到返还款后给政府开具收据，内容一般为“政府扶持基金”。对于该返还款项，企业如能出具材料证明其符合不征税收入规定的，该返还款项可不计征企业所得税。否则，应作为应税收入依法计征企业所得税。
十二、关于企业以前年度发生的应计未计收入计征企业所得税问题
《国家税务总局关于企业所得税应纳税所得额若干税务处理问题的公告》（国家税务总局公告2012年第15号）对企业以前年度发生应扣未扣支出的税务处理问题做了明确规定，按此规定以及会计准则关于会计差错调整的规定原则，相应地，对企业以前年度发生的应计未计收入也应准予追补至该项目发生年度计算收入，追补确认期限也不得超过5年。对于以前年度未弥补的亏损，在法定弥补亏损年限内的可以补亏，已超过弥补亏损年限的，视为企业放弃权益。
