根据《国家税务总局关于深入实施西部大开发战略有关企业所得税问题的公告》（国家税务总局公告2012年第12号），自2011年1月1日~2020年12月31日，对设在西部地区以《西部地区鼓励类产业目录》中规定的产业项目为主营业务，且其当年度主营业务收入占企业收入总额70%以上的企业，可减按15%税率缴纳企业所得税。那么，对于西部跨地区经营的企业，其总分机构应如何适用税率并正确计算和缴纳企业所得税？

总机构设在西部大开发税收优惠地区的企业。文件规定，仅就设在优惠地区的总分机构的所得确定适用15%优惠税率，并仅就设在优惠地区的总分机构的主营业务性质及其主营业务收入占收入总额的比重，确定其能否享受优惠。

需要注意的是，不但优惠区外的二级分支机构不能享受税收优惠，优惠区外的二级分支机构在优惠区内设立的三级分支机构也不能享受税收优惠。根据《国家税务总局跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法》（国税发〔2008〕28号）的规定，二级分支机构及其下属机构均由二级分支机构集中就地预缴企业所得税，三级及以下分支机构不就地预缴企业所得税。关于二级分支机构的判定，《国家税务总局关于跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理若干问题的通知》（国税函〔2009〕221号）明确，二级分支机构是指总机构对其财务、业务、人员等直接进行统一核算和管理的领取非法人营业执照的分支机构。

例如，某西部地区企业甲公司，下设A、B、C三个二级分支机构，其中甲及A、B在优惠区内。优惠区内还设有一个三级分支机构D，是优惠区外的C为方便工作而设立的。其中，甲、A、C主营业务符合《西部地区鼓励类产业目录》，且其当年度主营业务收入占企业收入总额70%以上。这种情况下，只有甲和A可以减按15%税率缴纳企业所得税，B、C应适用法定税率25%。

总机构设在西部大开发税收优惠地区外，但在优惠地区内设立分支机构的企业。此类企业可以且仅就该分支机构所得确定适用15%优惠税率。在确定该分支机构是否符合优惠条件时，也仅以该分支机构的主营业务性质及其主营业务收入占其收入总额的比重加以确定。

应该注意的是，除过渡期优惠政策外，作为不具备法人资格的分支机构，是不应该单独享受优惠政策的。国税函〔2009〕221号文件强调，分支机构除可按《国务院关于实施企业所得税过渡优惠政策的通知》（国发〔2007〕39号）等文件单独享受的过渡期优惠政策外，处于不同税率地区的分支机构均应按照企业适用统一的税率计算并缴纳企业所得税。根据国发〔2007〕39号文件规定，西部大开发企业在2001年~2010年期间减按15%的税率征收所得税的优惠政策可继续执行，该过渡期政策显然在2010年已执行到期。设在西部地区从事鼓励类产业企业现在享受的15%的税率，属于企业所得税法下的优惠政策而非过渡期优惠，而国家税务总局公告2012年第12号允许在西部优惠区内设立的分支机构单独享受税收优惠，应该说是为支持西部大开发而给予的特殊政策。

西部地区企业总分机构适用不同税率时，如何计算和缴纳企业所得税？国家税务总局公告2012年第12号明确，应按照国税发〔2008〕28号文件和国税函〔2009〕221号文件的规定执行，即先由总机构统一计算全部应纳税所得额，然后按照文件规定计算出的分摊比例，计算划分不同税率地区机构的应纳税所得额，再分别按各自适用税率，计算应纳税额后，加总计算出企业应纳税总额；对计算出的应纳税总额，再按照分摊比例，计算向总机构和分支机构就地预缴的企业所得税款。以上文中甲公司为例，假设2011年A、B、C三个分支机构应纳税所得额分别为500万元、300万元、200万元，三个分支机构根据相关文件规定计算出的分摊比例分别为50%、30%、20%，则甲公司应首先计算出全部应纳税所得额为1000万元，其次按分摊比例，计算划分不同税率地区机构的应纳税所得额，总机构分摊50%即500万元，另外500万元由各分支机构分摊：A为250万元（500×50%），B为150万元（500×30%），C为100万元（500×20%）。然后按总分机构的适用税率计算应纳税总额：500×15%+250×15%+150×25%+100×25%=175（万元）。最后按照分摊比例，计算总分机构就地预缴的所得税：甲公司分摊50%即87.5万元，另外50%在各分支机构分摊：A为43.75万元（87.5×50%），B为26.25万元（87.5×30%），C为17.5万元（87.5×20%）。