自2008年1月1日起，我国新《企业所得税法》施行。同年，与之配套的高新技术企业认定管理工作启动。据科技部统计，目前全国通过认定的高新技术企业已近4万个。2008年以来，这些通过认定的高新技术企业陆续享受到企业所得税优惠税率15%，而企业所得税的税率为25%.依照相关规定，高新技术企业只有通过认定，才能享受到上述优惠；高新技术企业资格自颁发证书之日起有效期为3年，到期复审。
2008年8月，由科技部、财政部、国家税务总局组成的认定小组启动高新技术企业认定工作。根据《高新技术企业认定管理办法》，所有高新技术企业都需要依据新标准重新认定。该办法在核心自主知识产权、研发活动、研发费用投入以及高新收入等方面均设置了严格条件，致全国高新企业重新洗牌。2009年底，全国高新技术企业共25386个，比实行新标准前的2007年底减少30661个，降幅高达54.7%.
依规定，高新资格自颁发证书之日起有效期为3年，2008年通过认定的首批高新技术企业资格认定到期。据悉，2008年，全国34个地区（不含新疆、西藏）共有15547家企业通过了高新技术企业评审认定，记者从科技部了解到，目前，复审报备工作已经结束，全国已有12849个于2008年取得高新资格的高新企业通过复审（截至2011年12月初）。
在高新企业认定及所得税优惠实施过程中，由科技部、财政部、国家税务总局等相关部门组成的认定机构对高新技术企业的监管力度日益加大。3年来，审计署、财政部和科技部均对已通过认定的高新技术企业进行了抽查，部分已取得高新技术企业资质的企业也因此被撤销资格。对此，科技部等国家高新认定主管部门明确提出，将通过高新技术企业复审集中清理掉不符合标准的高新企业。
企业所得税优惠对于扶持高新技术企业发展，提高我国企业自主创新能力起到了重大作用。实行高新技术企业新的认定标准以来，尽管高新技术企业数量与2007年相比有所减少，但企业创造的净利润实现连年增加。2010年，全国高新技术企业净利润达9807亿元，同比增长54.9%.同年，我国共投入研究开发经费7062.6亿元，占国内生产总值的1.76%。
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