除通用定额发票、客运发票和二手车销售统一发票外，一般纳税人和小规模纳税人发生增值税业务对外开具发票应当使用专用设备开具。
【特别提示】推广新系统不影响原主机共享服务系统的使用。按照19号公告的规定，一般纳税人和小规模纳税人自愿选择使用增值税税控主机共享服务系统开具增值税发票，任何税务机关和税务人员不得强制纳税人使用。《国家税务总局关于印发〈增值税防伪税控主机共享服务系统管理暂行办法〉的通知》（国税发〔2003〕67号）第五条规定，税务代理机构收取的开票费用，每张发票最高不超过5元。这一规定被19号公告予以废止。
3.发票使用
新系统推广后，一般纳税人销售货物、提供应税劳务和应税服务开具增值税专用发票、货物运输业增值税专用发票和增值税普通发票。小规模纳税人销售货物、提供应税劳务和应税服务开具增值税普通发票。
税务机关为小规模纳税人代开增值税专用发票和货物运输业增值税专用发票，按照《国家税务总局关于印发〈税务机关代开增值税专用发票管理办法（试行）〉的通知》（国税发〔2004〕153号）和《国家税务总局关于在全国开展营业税改征增值税试点有关征收管理问题的公告》（国家税务总局公告2013年第39号）有关规定执行。
一般纳税人和小规模纳税人从事机动车（旧机动车除外）零售业务开具机动车销售统一发票。
通用定额发票、客运发票和二手车销售统一发票继续使用。
纳税人使用增值税普通发票开具收购发票，系统在发票左上角自动打印“收购”字样。
升级版可以实现一套税控系统同时可开具增值税专用发票、增值税普通发票、货物运输业增值税专用发票和机动车销售统一发票。
【特别提示】19号公告发布后，网络上出现一种说法，就是小规模纳税人在使用新系统后，不需要到主管税务机关申请代开增值税专用发票了，可以通过专用设备自行开具3%的增值税专用发票。我们理解，这是一种严重误读。19号公告并未授权小规模纳税人通过专用设备自行开具增值税专用发票，小规模纳税人自行开具增值税专用发票属于增值税暂行条例第二十一条明确禁止的行为，在增值税暂行条例正式修改前仍应维持现状。
4.发票开具
新系统的发票开具方式包括在线开票和离线开票，在线开票为原则，离线开票为例外。19号公告要求，纳税人应在互联网连接状态下在线使用增值税发票系统升级版开具发票。增值税发票系统升级版可自动上传已开具的发票明细数据。
纳税人因网络故障等原因无法在线开票的，在税务机关设定的离线开票时限和离线开具发票总金额范围内仍可开票，超限将无法开具发票。纳税人开具发票次月仍未连通网络上传已开具发票明细数据的，也将无法开具发票。纳税人需连通网络上传发票数据后方可开票，若仍无法连通网络的需携带专用设备到税务机关进行征期报税或非征期报税后方可开票。
纳税人已开具未上传的增值税发票为离线发票。离线开票时限，指自第一份离线发票开具时间起开始计算可离线开具的最长时限。离线开票总金额，指可开具离线发票的累计不含税总金额，离线开票总金额按不同票种分别计算。纳税人离线开票时限和离线开票总金额的设定标准及方法由各省、自治区、直辖市和计划单列市国税局确定。
按照有关规定不使用网络办税或不具备网络条件的特定纳税人，以离线方式开具发票，不受离线开票时限和离线开具发票总金额限制。特定纳税人的相关信息由主管税务机关在综合征管系统中设定，并同步至增值税发票系统升级版。
【特别提示】新系统已经实现了网络报税功能，大大减轻了纳税人的申报工作量。使用新系统后，纳税人应在纳税申报期内将上月开具发票汇总情况通过增值税发票系统升级版进行网络报税。特定纳税人不使用网络报税，需携带专用设备和相关资料到税务机关报税。除特定纳税人外，使用增值税发票系统升级版的纳税人，不再需要到税务机关报税，原使用的网上报税方式停止使用。一般纳税人发票认证、稽核比对、纳税申报等涉税事项仍按照现行规定执行。
5.红票开具
申请开具红字增值税专用发票的审核属于非行政许可审批项目。为落实国务院进一步深化行政审批制度改革的要求，提高办税效率，国家税务总局决定取消申请开具红字增值税专用发票的审核。在这次的“升级版”中，已经实现纳税人通过网络或办税服务厅将拟开具红字专用发票数据采集录入系统，系统自动进行数据逻辑校验，通过校验后生成开具红字专用发票信息表编号，纳税人即可开具红字专用发票，将不再需要税务机关审核后出具通知单的程序。
一般纳税人开具增值税专用发票或货物运输业增值税专用发票（以下统称专用发票）后，发生销货退回、开票有误、应税服务中止以及发票抵扣联、发票联均无法认证等情形但不符合作废条件，或者因销货部分退回及发生销售折让，需要开具红字专用发票的，暂按以下方法处理：
1.专用发票已交付购买方的，购买方可在增值税发票系统升级版中填开并上传《开具红字增值税专用发票信息表》或《开具红字货物运输业增值税专用发票信息表》（以下统称《信息表》）。《信息表》所对应的蓝字专用发票应经税务机关认证（所购货物或服务不属于增值税扣税项目范围的除外）。经认证结果为“认证相符”并且已经抵扣增值税进项税额的，购买方在填开《信息表》时不填写相对应的蓝字专用发票信息，应暂依《信息表》所列增值税税额从当期进项税额中转出，未抵扣增值税进项税额的可列入当期进项税额，待取得销售方开具的红字专用发票后，与《信息表》一并作为记账凭证；经认证结果为“无法认证”、“纳税人识别号认证不符”、“专用发票代码、号码认证不符”，以及所购货物或服务不属于增值税扣税项目范围的，购买方不列入进项税额，不作进项税额转出，填开《信息表》时应填写相对应的蓝字专用发票信息。
专用发票尚未交付购买方或者购买方拒收的，销售方应于专用发票认证期限内在增值税发票系统升级版中填开并上传《信息表》。
2.主管税务机关通过网络接收纳税人上传的《信息表》，系统自动校验通过后，生成带有“红字发票信息表编号”的《信息表》，并将信息同步至纳税人端系统中。
3.销售方凭税务机关系统校验通过的《信息表》开具红字专用发票，在增值税发票系统升级版中以销项负数开具。红字专用发票应与《信息表》一一对应。
4.纳税人也可凭《信息表》电子信息或纸质资料到税务机关对《信息表》内容进行系统校验。
5.已使用增值税税控系统的一般纳税人，在纳入升级版之前暂可继续使用《开具红字增值税专用发票申请单》。
【特别提示】税务机关为小规模纳税人代开专用发票需要开具红字专用发票的，按照一般纳税人开具红字专用发票的方法处理。纳税人需要开具红字增值税普通发票的，可以在所对应的蓝字发票金额范围内开具多份红字发票。红字机动车销售统一发票需与原蓝字机动车销售统一发票一一对应。
对于专用发票尚未交付购买方或者购买方拒收，需要开具红字专用发票的，不再需要销售方向主管税务机关填报申请单，并在申请单上填写具体原因，同时提供由购买方出具的写明拒收理由、错误具体项目以及正确内容的书面材料或者提供由销售方出具的写明具体理由、错误具体项目以及正确内容的书面材料。
