（二）财税[2011]131号文件操作缺乏操作指引。
在财政部和国家税务总局《关于应税服务适用增值税零税率和免税政策的通知》（财税[2011]131号）出台之后，由于缺乏操作指引，上海试点中各区税务部门仍然遵循不同的标准。有些区采取先收税，待具体政策出来后再把超额征收部分退还纳税人的做法，有些区则先不征税，等待操作细则出来后，再保留向纳税人追缴的权利。

（三）向“境外单位提供服务”的定义不够明确。
某公司与境外甲公司签订了设计服务合同，合同约定由该公司协助甲公司向境内乙公司提供服务，服务费由甲公司支付给该公司。该公司想知道自己的服务是否属于向境外单位提供服务而适用零税率。而实践中，不同地方的税务局对于上述问题的意见也不同。

（四）向境外单位提供应税服务执行标准不一。
在应税服务出口适用免税方面，根据财税[2011]131号文，上海试点中，向境外单位提供的9种应税服务的申请、审批手续比较繁杂，这让纳税人和税务部门都感觉非常头疼。由于暂时还没有统一的操作方法，上海市税务部门目前也不能明确是否允许纳税人在进行增值税申报时，直接填报为免税服务。

二、部分试点企业税负增加
（一）部分物流企业实际税负提高。
货物运输服务是物流企业最基本的服务，且实际可抵扣项目较少，导致试点后企业实际税负大幅增加。据2011年3月中国物流与采购联合会对65家大型物流企业的调查，2008～2010年三年年均营业税实际负担率为1.3%，其中货物运输业务负担率平均为1.88%.实行增值税后，即使货物运输企业发生的可抵扣购进项目中，全部可以取得增值税专用发票进行进项税额抵扣，实际增值税负担率也会增加到4.2%，上升幅度为123%.从目前已获得的数据分析，试点存在的主要问题集中在：货物运输企业运输业务税负有较大幅度增加，物流业务各环节税率依然未能统一。同时，税改试点操作过程中，还有一些具体问题亟待明确，包括快递物流企业适用税率不明确，物流企业集团及其分、子公司无法合并缴纳增值税，增值税发票征管，现行的增值税会计核算方法不符合行业特点等。这些问题中，有些属于事先预料到的，希望企业通过内部消化予以解决，有些则属于新出现的问题，需要在今后的税改中完善。

（二）逾四成交通运输企业一般纳税人税负增加。
调查显示，部分交通运输企业一般纳税人税负增加。上海宝山物流协会反映，“营改增”后，运输企业税负有所上升，而从事单一运输的一般纳税人企业税负明显增加。

（三）此外，信息技术服务业、文化创意服务业和鉴证咨询服务业等企业的运营成本主要由人工费、房屋租金和物业管理费等构成。调查显示，这部分支出不能抵扣，而其他部分抵扣进项税额也较少，因此此类企业在试点中总体获益不多。该情况在劳动密集型企业反映也比较突出。

三、试点扩围地区征纳成本加大
目前的财政体制中，增值税由国税机关征收，实行中央和地方按75：25的比例分享；营业税则为地税机关征收，全部归属地方。在“营改增”试点地区，相关增值税继续由国税机关统一负责征收，但收入则归属地方。这一设计考虑到了地方财政的现实状况，是对现有分税体制的一种完善。然而在“营改增”的税改过渡期，企业需要同时接受国税与地税两个税务机关的管理与稽查，仅办证费用就增加一倍。两个税收征管机构的重复配置，提高了征税成本，造成了社会资源的大量浪费，企业难免为此疲于奔波应付。

作为“营改增”试点扩围地区的10省、市、计划单列市，与上海有一个比明显的区别，那就是上海的国税、地税是合二为一的，而其他省市则是国税、地税分设。未来执行“营改增”的职能部门将是国税局，税收征收主体主管税务机关发生了变化。由地方税务局征收营业税，改为国家税务局征收增值税。相对于上海而言，加入增值税试点扩围的地区，将对国税局的工作带来较大的挑战。此外，国、地税征管是两套系统，对企业来说操作起来很麻烦。对税务机构也是一样，政策培训、发票系统的更改等也需要时间。“营改增”实施后，很多纳税人就要重新适应国税的管理，而很多营业税纳税人并没有跟国税局打交道的经验。

四、税率结构设计欠合理
按照试点方案，在现行增值税17%和13%两档税率的基础上，新增设了11%和6%两档低税率，交通运输业适用11%的税率，研发和技术服务、文化创意、物流辅助和鉴证咨询等现代服务业适用6%的税率。在确定税率的时候，规划设计不是很周到，对行业的划分不够细致。有些行业的抵扣比较合适，比如咨询业等，过去税率是5%，现在是6%，只要稍有抵扣，税负就是降低的。但有些行业就会出现税负增加的现象，比如交通运输业，此前税率是3%，现在变为11%，要保持税负不变，抵扣水平要达到8%，如果不能做到8%的抵扣，那么税负就会增加。出现这种现象的主要原因是上海“营改增”试点的税率结构设计欠合理，部分行业原营业税差额征收的优惠幅度更大，改征增值税后，税率因此不降反升。由于行业税率划分还不够细致，抵扣链条还不够完善，因此，才需要在更大范围推广“营改增”试点，完善抵扣链条。

下一步在扩围的过程中，为避免“营改增”之后，税负大幅增加的情况再次出现，推广地区应该对每个行业做细致的研究。针对某一个地区或某一个行业的“营改增”，要测算试点企业的进项到底能有多少，进而再制定税率应该定到多少，并在改革之初找好应对问题的解决方案。

五、进项税额抵扣太少推高税负
按照规定，对于增值税一般纳税人，其应税额就是当期的销项税额抵扣当期进项税额后的余额。进项税额的多少，直接关系到最终纳税额的多少。进项税额太少导致应税额过多，最终推高税负，这也是目前上海市在试点过程中，遭遇最多的难题。如：

交通运输企业：可抵扣的项目主要为购置运输工具和燃油、修理费所含的进项税。但在有限的抵扣项目里，企业要真正抵扣也并非易事。

物流公司：购置运输工具可进行抵扣，但实际情况是，由于运输工具购置成本高、使用年限长，多数相对成熟的大中型企业，未来几年或更长时间不可能有大额资产购置，因此实际可抵扣的税很少。对于中小型的物流公司来说这一项可抵扣的项目很难用上。即使能够抵扣这也不会给企业减少太大的压力。“一家物流企业的成本构成中，30%-40%是油费、30%-40%是路桥费，20%的人力成本。但是按照现在上海的试点方案，交通运输企业的人力成本、路桥费、房屋租金、保险费等主要成本均不在抵扣范围，而可以抵扣的燃油、修理费等费用在总成本中所占比重不足40%.

会计师事务所：主要成本构成中固定成本和人工成本较高，如工资薪金、房屋租金、业务信息费、交通食宿等，而这些成本比重较大，因而不能产生进项税，其成本可抵扣的项目比重过低，仅有办公用品、电脑设备、水电费、设备维修等费用可供抵扣。

六、虚开发票难以监管
在税收监管方面，增值税是可以抵扣的，“营改增”以后，假发票，虚假抵扣难以管理，由于存在某些政策性缺陷，会出现企业虚开发票的问题。比如一般纳税人接收试点地区交通运输业小规模纳税人向税务机关代开的增值税专用发票，是按照发票上注明的运输费用金额和7%的扣除率计算抵扣进行税额的，而小规模纳税人是按照简易征收率3%缴纳增值税，这与增值税税收制度设计相悖，存在增值税征收链条断裂的问题，这样会出现小规模交通运输企业虚开发票的问题，给监管带来新的难题。“

七、会计税务核算难度加大
传统营业税为主的行业，会计核算往往比较简单，改成增值税以后，会计核算相对比较复杂，难度也随之增大。日前，财政部发布了《关于印发〈营业税改征增值税试点有关企业会计处理规定〉的通知》（财会[2012]13号）。对“营改增”试点企业的会计处理问题作了明确。范围包括试点纳税人差额征税的会计处理、增值税期末留抵税额的会计处理、取得过渡性财政扶持资金的会计处理、税控专用设备和技术维护费抵减税额的会计处理等内容。并在“应交税费——应交增值税”科目下增设“营改增抵减的销项税额”专栏，用于记录一般纳税人试点企业因按规定扣减销售额而减少的销项税额。企业财税人员在调整和和运用会计处理规定时，还需要培训和适应，这也给税务机关进行纳税指导带来较大的工作量。

八、营业税优惠政策延续享受过滥
试点开始前有很多享受营业税优惠政策的企业，按照规定优惠政策还将延续，虽然营业税和增值税都属于流转税，但由于增值税优惠的标准和内容与营业税不同，计税依据和征税方式也是不一样的。从计税依据来看，营业税纳税人基本上按照其提供营业税应税劳务取得的营业额、转让额、销售额，依照该营业税应税劳务适用的税率，计算缴纳营业税。而增值税是以纳税人生产经营活动产生的增值额为征税对象，在实际操作中采取的是环环征收、道道抵扣的征收方式，纳税人购买增值税应税项目时缴纳的增值税可以在销售应税项目时全额抵扣，只需对本环节的增加值缴纳增值税。因为营业税和增值税的计税依据不同，因此，两者是不能作简单的数字比较的。营业税优惠政策究竟该如何连续？税务机关如果从严控制，一些企业可能失去享受优惠政策的机会，最后只能将优惠之门打开，尽量放宽准入条件。在这种情况下，不可避免会有一些企业钻政策的空子，对此应当如何去防范，也是亟待解决的问题。

九、鉴证咨询协作服务项目重复纳税
我国现行营业税法不支持鉴证咨询服务、总分包服务实行营业税“差额纳税”的特殊政策，造成了协作项目重复纳税。即总承包人需按与客户签订的合同金额纳税，而协作单位也要依据分包协议金额申报纳税。从发展的眼光看，随着税务师行业自身服务不断专业化的要求，行业之间，鉴证咨询服务业之间，或试点地区之间，试点地区与非试点地区企业之间的协作服务已成常态。如一家税务师事务所和其他税务师事务所、会计师事务所、律师事务所、资产评估事务所等专业服务机构，联手为客户提供服务的情形越来越多见，如果继续沿用传统的营业税体制，在一定程度上影响和制约了行业的发展。上海市税务机关对七类具有鉴证职能事务所之间开展协作项目，实行营业税差额征税的具体作法值得借鉴和推行。根据上海市地方税务局关于印发本市《营业税差额征税管理办法》的通知（沪地税货[2010]28号）文第三十九条规定，对本市有鉴证职能的会计、税务、资产评估、律师、房地产土地估价、工程造价、专利代理等七类具有鉴证职能事务所（公司）之间开展协作项目，视同代理业务，可按取得的全部收入扣除支付给协作方相关费用后的余额为计税营业额。

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