二、代扣代缴单位代扣代缴个人所得税的会计核算
按照《个人所得税代扣代缴暂行办法》的规定，扣缴义务人在代扣税款时，必须向纳税人开具税务机关统一印制的代扣代收税款凭证，对工资、薪金、利息、股息、红利等，因纳税人人数众多，不便一一开具代扣代收税款凭证时，经税务机关同意，可不开具，但应通一定形式告知纳税人已扣税款。扣缴义务人应设立代扣代缴税收账簿，正确反映个人所得税的扣缴情况，并如实填写《扣缴个人所得税报告》及其他有关资料。根据以上办法，扣缴义务人须设立专门会计科目对扣缴的个人所得税进行核算。支付工资、薪金（包括资金、年终加薪、劳动分红、津贴、补贴等）的单位，代扣代缴个人所得税时，应通过“其他应付款--代扣个人所得税”科目（或“应交税金--代扣个人所得税”科目），在提取应付工资、薪金的同时，提取应代扣代缴的个人所得税，记入“应付工资”科目的借方和“其他应付款--代扣个人所得税”科目的贷方；税款实际代缴入库时，记入“其他应付款--代扣个人所得税”科目的借方和“银行存款”科目的贷方。
支付承包经营承租经营所得，劳务报酬所得，稿酬所得，特许权使用费用所得，利息、股息、红利所得，财产租赁所得，财产转让所得，偶然所得和其他所得的单位，代扣代缴个人所得税时，应通过“其他应付款--代扣个人所得税”科目（或“应交税金--代扣个人所得税”科目）。在支付上述各项所得的同时，按税法规定计算应代扣的个人所得税额，将代扣的个人所得税按各人姓名、支付的金额、代扣的税款登记在代扣代缴税款账簿上，而后在支付时告知每个领款人已扣交了个人所得税数额，并填写扣缴报告表。然后记入“其他应付款--代扣个人所得税”科目，作分录：
借：财务费用等，
贷：其他应付款--代扣个人所得税，
贷：银行存款。
税款代缴入库时，借记“其他应收款--代扣个人所得税”科目。
三、单位或他人为纳税人代付（承担）税款时的会计核算
由单位或他人代付税款即收入取得者收到的是已纳个人所得税后的净收入，也可以理解为单位或他人本来支付给个人的款项是净收入加税款，而现在税款没有支付，由单位代为缴纳。这样做势必会使得收入者的税负从某种意义上说减轻了，他们的纳税意识不会增加，却增加了支付方的负担。支付方的这笔税款由什么项目负担，目前尚没有明确的规定。既然在税收规定上已经认可了单位或他人为纳税义务人代付（承租）税款这种做法，且支付多少是代付单位与纳税人之间的协议或合同的关系。因此，在会计核算上应遵循“支付纳税人的净收入由何项目负担，则代付的税款也由何项目负担”的原则，进行会计核算。
例：某生产企业1999年每月取得税后的工资、薪金收入7675元，由任职的企业代付个人所得税税款，其每月应纳税款为：应纳税所得额=（不含税所得-费用扣除标准-速算扣除数）/（1-税率）=（7675-375）/（1-20%）=8125（元）
应纳所得税税款=应纳税所得额×适用税率-速算扣除数=8125×20%-375=1250（元）
会计处理：
①支付工资时
借：生产成本--基本生产成本 7675
贷：应付工资 7675
借：应付工资 7675
贷：现金 7675
②代付个人所得税时
借：生产成本--基本生产成本 1250
贷：应付工资 1250
借：应付工资 1250
贷：其它应付款--代付个人所得税 1250
借：其它应付款--代付个人所得税 1250
贷：银行存款 1250
此处在支付个人所得税时的会计处理中为何要通过“应付工资”科目过账呢？主要是可以反映企业整个应付工资规模，也可在计算企业所得税时调整计税工资作为调整依据。在上例中。企业也可以将支付工资的标准提高到8925元，再履行代扣代缴的义务，此时会计处理为：
借：生产成本--基本生产成本 8925
贷：应付工资 8925
借：应付工资 8925
贷：现金 7675
借：其它应付款--代扣个人所得税 1250
贷：银行存款 1250
比较这两处的会计分录，其结果是一致的。
因此，扣缴义务人代扣代缴个人所得税与支付单位代付税款的差异在于收入取得者实际取得的收入是“含税”还是“不含税”，其会计处理均通过“其它应付款--代扣（付）个人所得税”或“应交税金--代扣（付）个人所得税”科目核算，而代付税款的单位或他人却因此而加大了原支出项目的成本费用。
