华东运输公司开具120万元的货物运输业增值税专用发票，增值税税率11%。增值税专用发票上注明的销项税额118,918.92元。
如果其本月没有其他增值税的进项与销项，则本月应交增值税118,918.92元，并以此为基数计算缴纳城建税、教育费附加。
光明运输公司取得华东运输公司的120万元货物运输业增值税专用发票，再开具300万元的货物运输业增值税专用发票给客户宏图商贸公司。
如果光明运输公司本月没有其他增值税的进项与销项，则光明运输公司本月应交增值税178,378.38元（297,297.30-118,918.92），并以此为基数计算缴纳城建税、教育费附加。

根据财税[2011]111号文件规定，“原增值税一般纳税人接受试点纳税人提供的应税服务，取得的增值税专用发票上注明的增值税额为进项税额，准予从销项税额中抵扣。”宏图商贸公司取得光明运输公司的300万元货物运输业增值税专用发票，可按发票注明的增值税额297,297.30元进行认证抵扣。

从试点小规模纳税人处取得发票
假设光明运输公司是营改增试点地区的一般纳税人，华东运输公司是营改增试点地区的小规模纳税人。
根据财税[2011]111号文件，交通运输业小规模纳税人的征收率为3%。该文件同时规定，“试点纳税人接受试点纳税人中的小规模纳税人提供的交通运输业服务，按照取得的增值税专用发票上注明的价税合计金额和7%的扣除率计算进项税额。”

华东运输公司本月应交的增值税额为34,951.46元(1200000÷1.03×3%)。并向主管税务机关申请代开货物运输业增值税专用发票给光明运输公司。
如果本月没有其他运输收入，华东运输公司，则本月应交增值税34,951.46元，并以此为基数计算缴纳城建税、教育费附加。

光明运输公司根据取得的税务机关代开的货物运输业增值税专用发票上的价税合计金额计算本月可抵扣的增值税进项税额为84000元（1200000×7%）。

如果光明公司本月没有其他增值税的进项与销项，则光明公司本月应交增值税217,297.30元（297,297.30-84,000.00），并以此为基数计算缴纳城建税、教育费附加。
宏图商贸公司取得光明运输公司的300万元货物运输业增值税专用发票，可按发票注明的增值税额297,297.30元进行认证抵扣。

从非试点纳税人取得发票
假设光明运输公司是营改增试点地区的一般纳税人，华东运输公司是非试点地区的纳税人。
此时，华东运输公司只能开具120万元的地税《公路、内河货物运输业统一发票》给光明运输公司。
如果华东运输公司本月没有其他收入，华东运输公司缴纳营业税36000元（1200000×3%），并以此计算缴纳城建税、教育费附加。

光明运输公司收到华东运输公司的发票后，由于光明运输公司符合营改增一般纳税人差额征税的条件，根据财会[2012]13号文件的规定，一般纳税人提供应税服务，试点期间按照营业税改征增值税有关规定，允许从销售额中扣除其支付给非试点纳税人价款的，应在"应交税费—应交增值税"科目下增设"营改增抵减的销项税额"专栏，用于记录该企业因按规定扣减销售额而减少的销项税额。
借：主营业务成本1,081,081.08
应交税费——应交增值税（营改增抵减的销项税额）118,918.92
贷：银行存款1200000
光明运输公司向宏图商贸公司开具300万元的货物运输业增值税专用发票。假设光明运输公司本月除此之外没有其他收入和进项，则应缴纳增值税178378.38元(297,297.30-118,918.92)并以此计算缴纳城建税、教育费附加。 

宏图商贸公司取得光明运输公司的300万元货物运输业增值税专用发票，可按发票注明的增值税额297,297.30元进行认证抵扣。

试点小规模纳税人从非试点地区纳税人取得发票的会计处理
假设光明运输公司是试点地区的小规模纳税人，华东运输公司是非试点地区的纳税人。
财税[2012]71号废止了财税[2011]111号文附件二的规定，“试点地区应税服务年销售额未超过500万元的原公路、内河货物运输业自开票纳税人，应当申请认定为一般纳税人”的规定。

因此目前试点地区交通运输业的小规模纳税人，既有可能是原来的代开票纳税人，也有可能是自开票纳税人。
光明运输公司作为小规模纳税人，如果不符合国家有关营业税政策规定差额征收营业税条件的，需要根据全部营业额300万元计算缴纳增值税。
如果没有其他收入，光明运输公司应缴增值税87,378.64元(3000000÷1.03×3%)，并按87,378.64元为基数计算缴纳城建税、教育费附加。同时光明运输公司要到主管税务机关申请代开货物运输业增值税专用发票。

光明运输公司作为小规模纳税人，如果符合国家有关营业税政策规定差额征收营业税条件的，根据财会[2012]13号文件规定，可作如下处理：
借：银行存款　　3,000,000.00
　　　贷：主营业务收入　　2,912,621.36（3000000÷1.03×3%）
　　　　　应交税费——应交增值税　87,378.64(2,912,621.36×3%)
借：主营业务成本1,165,048.54(1200000÷1.03×3%)
应交税费——应交增值税34,951.46(1,165,048.54×3%)
贷：银行存款1200000

如果光明运输公司本月没有其他业务收入，则本月应缴纳增值税54,527.18元（87,378.64-34,951.46）并以此为基数计算缴纳城建税、教育费附加。同时光明运输公司要到主管税务机关申请代开货物运输业增值税专用发票。
宏图商贸公司取得光明运输公司由税务机关代开的货物运输业专用发票上注明的价税合计3,000,000.00元计算可抵扣的增值税进项税额210,000.00元（3000000×7%）。

部分营改增企业刚刚接触增值税专用发票，为减少纳税人的涉税风险，建议纳税人严格按照2012年8月24日国家税务总局[2012]42号公告要求开具货物运输业增值税专用发票，并对取得的货物运输业增值税专用发票按该公告要求核对。

———黄志军冯建华2012年10月12日《中国会计报》