允许在税前扣除的准备金，第一年各项准备金按年末计提数（年末准备金账户应保留的余额）全额扣除，例如：某金融企业2011年正常类贷款余额11000万元、关注类贷款余额2750万元、次级类贷款余额350万元、可疑类贷款余额125万元、损失类贷款余额60万元。如果2011年是该金融企业开始营业的第一年，则按照财税〔2012〕5号文件和财税〔2011〕104号文件给出的计算公式和计提比例该企业在2011年可计提各类贷款的准备金（年末准备金账户应保留的余额）为：正常类贷款11000×1%＝110（万元）；关注类贷款2750×2%＝55（万元）；次级类贷款350×25%＝87.5（万元）；可疑类贷款125×50%＝62.5（万元）；损失类贷款60×100%＝60（万元）。合计计提各类贷款的准备金（年末准备金账户应保留的余额）110＋55＋87.5＋62.5＋60＝375（万元）。
　　
　　假设该金融企业是持续经营多年的老企业，2011年年初准备金账户有余额265万元（其中：正常类贷款100万元、关注类贷款45万元、次级类贷款50万元、可疑类贷款40万元、损失类贷款30万元），当年发生贷款损失100万元（其中：正常类贷款损失25万元、关注类贷款损失30万元、可疑类贷款损失25万元、损失类贷款损失20万元，次级类贷款未发生损失），则该金融企业2011年实际应计算扣除的各类贷款准备金数额为：正常类贷款：11000×1%－100＋25＝35（万元）；关注类贷款：2750×2%－45＋30＝40（万元）；次级类贷款：350×25%－50＝37.5（万元）；可疑类贷款：125×50%－40＋25＝47.5（万元）；损失类贷款：60×100%－30＋20＝50（万元）；即2011年度该金融企业应在税前扣除的准备金数额为35＋40＋37.5＋47.5＋50＝210（万元），而不是按各类贷款余额计算的准备金账户保留数额375（万元），原因就是年初存有余额265万元，当年使用了100万元，经调整后得到的结果，相差375－210＝165（万元）。
　　
　　假设该金融企业在当年新增的正常类贷款中有2000万元属于不应当计提准备金的贷款，发生的损失类贷款损失不是20万元，而是40万元，较年初损失类贷款准备金余额30万元多出10万元，则在这种情况下，该企业2011年度应计提扣除的各类贷款准备金既不是375万元，也不是210万元，而是210－2000×1%＋10＝200（万元）。
　　
　　清算调整
　　《财政部、国家税务总局关于企业清算业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税〔2009〕60号）规定，企业应当将整个清算期作为一个独立的纳税年度计算清算所得交纳清算所得税，清算的内容包括六部分：一是全部资产均应按可变现价值或交易价格，确认资产转让所得或损失；二是确认债权清理、债务清偿的所得或损失；三是改变持续经营核算原则，对预提或待摊性质的费用进行处理；四是依法弥补亏损，确定清算所得；五是计算并缴纳清算所得税；六是确定可向股东分配的剩余财产、应付股息等。并且明确，企业的全部资产可变现价值或交易价格，减除资产的计税基础、清算费用、相关税费，加上债务清偿损益等后的余额为清算所得。准备金是企业的预提费用（或称预计负债），虽然金融企业可以依照上述规定在税前扣除计提的准备金，但按照企业所得税法第八条规定，企业实际发生的与取得收入有关的、合理的支出才准予在计算应纳税所得额时扣除，包括成本、费用、税金、损失和其他支出。也就是说，不是实际发生的支出是不允许在税前扣除的。因此，金融企业一旦发生清算，就应当将平时已在税前扣除但未实际使用的准备金并入清算所得征收企业所得税。
　　
　　例如，假设上述金融企业从2012年1月1日开始进行重组清算，在清算过程中全部资产评估价值为30000万元，资产的计税基础为28000万元，发生清算费用20万元、相关税费10万元、债务清偿损失160万元（无法收回的贷款损失），即，该企业的清算所得为30000－28000－20－10－160＋375＝2185（万元），而不是30000－28000－20－10－160＝1810（万元），较不允许在税前扣除准备金的企业恰好多出一个已计提扣除但未实际使用的准备金数，应缴纳清算所得税2185×25%＝546.25（万元）。
　　
　　也就是说，允许金融企业在税前扣除的准备金，从允许扣除的第二个年度起，当年扣除的数额不再是年末准备金账户应保留的数额，而是按照税法规定经过调整后的数额，且一旦发生清算，已扣除尚未使用的准备金应并入清算所得缴纳清算所得税。但持续经营企业年末准备金账户应保留的余额仍然应该是按年末各类贷款余额计提的数额。