在营业税差额征税中，无非存在以上三种情况：
第一种是扣除项目金额早于收入，即纳税人已经支付了可以扣除的项目金额并取得发票，但收入尚未取得或尚未完全取得，导致扣除项目大于收入而未完全抵扣的情况；比如，广告公司一般是先向媒体买断相关版面，提前向媒体支付广告发布费并取得发票，但收入是在后期分期取得的，这样，扣除项目金额发生在先，而收入确认在后，如果在这个中途“营改增”，就会出现未抵扣完的扣除金额问题。
第二种情况是收入早于扣除项目。这种情况就会导致纳税人前期多缴纳了营业税，但扣除项目发生后尚未足够收入进行扣除导致未抵扣完的情况。此时，扣除项目既可能是发生在“营改增”前，也可能发生在“营改增”后。
第三种是由于业务的亏损导致有未抵扣完扣除金额的情况。这种情况是，纳税人收入已经全部确认了，可扣除项目金额也已经支付并取得票据了。但是由于纳税人经营不善，导致成本大于收入，扣除项目金额大于纳税人确认的全部营业税收入，从而也会出现未抵扣完的扣除金额问题。当然，这种情况在营业税并上不多见。
按照财税[2011]133号的规定，如果“营改增”试点纳税人按照国家有关营业税政策规定差额征收营业税的，因取得的全部价款和价外费用不足以抵减允许扣除项目金额，截至2011年12月31日尚未扣除的部分，不得在计算试点纳税人2012年1月1日后的销售额时予以抵减，应当向主管税务机关申请退还营业税就会存在一系列问题。
首先，对于第三种情况，纳税人由于业务亏损导致扣除项目金额大于其对应的全部营业税收入的，税务机关顶多将其已经缴纳的营业税全部退还，不可能再就其扣除超过收入的部分再退税。如果实际中，税务机关能做好扣除与收入的对应，则比较好应付这种情况，如果无法做到扣除与收入的严格对应，则难以和第一和第二种情况区分开来。所以，核心还是放在对于第一和第二种情况的考虑上。
对于第一种情况，由于扣除项目金额早于收入而导致的纳税人在“营改增”后有未抵扣金额，如果按照财税[2011]133号文的处理原则，一概不允许结转到“营改增”后抵扣，而向地税机关申请退还营业税是存在问题的。我们可以举一个可能极端的案例来分析一下：
假设在上海实行“营改增”前，2011年11月1日，某广告公司在上海注册成立。2011年12月1日参加上海电视台关于2012年某广告时间段的招标，支付了1000万人民币取得了广告发布权，并支付了费用也取得了上海电视台开具的广告业发票。此时，该纳税人2011年12月已经取得了营业税可扣除项目金额1000万元。如果该纳税人2012年1月20日开展第一笔业务，取得收入200万元并开了增值税发票，缴纳增值税了。但是，如果按照133号文的规定，对于该纳税人2011年12月31日尚未扣除的部分，不得在计算试点纳税人2012年1月1日后的销售额时予以抵减，应当向主管税务机关申请退还营业税的话，则该纳税人2012年取得的200万收入全额缴纳增值税。但是，1000万尚未扣除项目向地税机关申请退还营业税。
但关键问题是，该纳税人自2011年11月1日成立以来，根本就没有缴纳过营业税，地税机关如何操作退税呢。所以，按照133号文的规定，很有可能会导致纳税人这笔扣除项目既无法抵扣，也无法退税的情况。实际上，扣除项目金额应该与对应的收入相关。对于扣除项目金额早于收入导致有未抵扣的情况，主要是因为与其对应的收入尚未完全确认。既然，这部分收入在“营改增”后这部分收入缴纳了增值税，则这部分尚未扣除的金额就应该允许结转到后期抵扣。否则，会导致纳税人向税务机关申请的退税金额大于纳税人实际缴纳的营业税金额，而无法进行退税。
对于第二种情况，如果收入确认在先，可扣除项目金额发生在后，则要区分两种情况。第一种情况是，可扣除项目金额发生在收入确认之后，但在“营改增”试点之前，对于这种情况，地税机关只能将全部扣除金额中与前期确认的收入中向对应的部分给予纳税人扣除后退还多缴纳的营业税，剩余的扣除项目金额仍要结转到“营改增”后抵扣，否则也会导致纳税人向税务机关申请的退税金额大于纳税人实际缴纳的营业税金额的情况。第二种情况是，可扣除项目金额发生在收入确认之后，但也在“营改增”试点之后，从合理的角度出发，对于“营改增”后发生的扣除项目，如果是与“营改增”前取得收入相关的，应该向地税机关申请退税，剩余扣除项目部分按《试点有关事项的规定》执行。
综上所述，个人认为财税[2011]133号文关于跨年度业务营业税扣除项目的衔接问题，应该按如下方式规定，可能更加合理：
试点纳税人（指按照《试点实施办法》缴纳增值税的纳税人，下同）提供应税服务，按照国家有关营业税政策规定差额征收营业税的，因取得的全部价款和价外费用不足以抵减允许扣除项目金额，截至2011年12月31日尚未扣除的部分，凡是与该试点纳税人2012年1月1日以前取得的收入相关的部分，不得在计算试点纳税人2012年1月1日后的销售额时予以抵减，应当向主管税务机关申请退还营业税。凡是与该试点纳税人2012年1月1日以后取得的收入相关的部分，可结转到2012年1月1日后该试点纳税人取得收入时继续抵扣。
试点纳税人2012年1月1日以后取得的允许扣除项目的金额，凡是与该试点纳税人2012年1月1日以前取得的收入相关的部分，不得在2012年1月1日以后取得的收入中扣减，应向原主管地税机关申请退还营业税。与该试点纳税人2012年1月1日以后取得的收入相关的部分，按《试点有关事项的规定》规定处理。
