本案例中，税务机关在检查时能否对该公司2010年度的企业所得税征收方式按查账征收来查补税款呢？本人认为应该将其2010年度征收方式变更为查账征收，并可以按查账征收方式的税款要求甲公司补缴税款。理由如下：
1．甲公司作为汇总纳税企业，本来就不得核定征收企业所得税。
（1）汇总纳税企业的定义
《企业所得税法》第五十条规定，居民企业在中国境内设立不具有法人资格的营业机构的，应当汇总计算并缴纳企业所得税。《国家税务总局关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法〉的通知》（国税发[2008]28号）规定，居民企业在中国境内跨地区（指跨省、自治区、直辖市和计划单列市）设立不具有法人资格的营业机构、场所的，该居民企业为汇总纳税企业。本案例中，甲公司设立了跨省的非法人分支机构A分公司和B分公司，因此其显然属于汇总纳税企业。
（2）汇总纳税企业不得核定征收
《关于印发〈企业所得税核定征收办法〉（试行）的通知》（国税发[2008]30号）第三条规定，特殊行业、特殊类型的纳税人和一定规模以上的纳税人不适用本办法。上述特定纳税人由国家税务总局另行明确。《国家税务总局关于企业所得税核定征收若干问题的通知》（国税函[2009]377号）对国税发[2008]30号文件第三条第二款所称“特定纳税人”进行明确，其中包括汇总纳税企业。
因此，甲公司作为汇总纳税企业，是国家税务总局明文禁止采取核定征收方式征收企业所得税的纳税人，对其采取核定征收方式征收企业所得税，本身就是一个错误的行为。
2．税务机关可以对甲公司按规定追缴税款。
（1）因税务机关的责任造成纳税人少缴税款的，三年内可要求纳税人补缴税款。
《税收征收管理法》第五十二条规定，因税务机关的责任，致使纳税人、扣缴义务人未缴或者少缴税款的，税务机关在三年内可以要求纳税人、扣缴义务人补缴税款，但是不得加收滞纳金。《税收征收管理法实施细则》第八十条规定，税收征管法第五十二条所称税务机关的责任，是指税务机关适用税收法律、行政法规不当或者执法行为违法。
（2）本案例中是否存在税务机关的责任？
《关于印发〈企业所得税核定征收办法〉（试行）的通知》（国税发[2008]30号）规定，主管税务机关要严格按照规定的范围和标准确定企业所得税的征收方式，不得违规扩大核定征收企业所得税范围。本案例中，税务机关对甲公司核定征收企业所得税，显然属于违规扩大核定征收企业所得税范围的行为，违反了国家税务总局的规定。
本案例中，税务机关的行为应该属于上述《税收征收管理法实施细则》第八十条规定的执法行为违法，属于税务机关的责任，由于从2012年3月至2010年度未超过三年，因此税务机关除了应将甲公司2010年度的征收方式变更为查账征收外，可以同时要求纳税人补缴税款，但是不得加收滞纳金。
需要注意的是，除了本案例中的汇总纳税企业外，国家税务总局明文规定，不得核定征收的企业还有上市公司、金融企业、经济鉴证类社会中介机构、享受《企业所得税法》及其实施条例和国务院规定的一项或几项企业所得税优惠政策的企业（不包括仅享受《企业所得税法》第二十六条规定免税收入优惠政策的企业）以及国家税务总局规定的其他企业等等。
