根据企业所得税法第五十条规定，除税收法律、行政法规另有规定外，居民企业以企业登记注册地为纳税地点；但登记注册地在境外的，以实际管理机构所在地为纳税地点。居民企业在中国境内设立不具有法人资格的营业机构的，应当汇总计算并缴纳企业所得税。同时，根据公司法第十四条规定，公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由其总公司承担。由于B公司不具有法人资格，不单独纳税，应由A公司汇总纳税。因此，2011年度B公司支付给A公司的总机构管理费用，A公司在汇总纳税时不得作为正常费用扣除。这样，在2011年所得税汇算清缴时，A公司应调增应纳税所得额100万元。
不过，企业之间支付的管理费，既有总分机构之间因总机构提供管理服务而分摊的合理管理费，也有独立法人的母子公司等集团之间提供的管理费。由于企业所得税法采取法人所得税，对总分机构之间因总机构提供管理服务而分摊的合理管理费，通过总分机构自动汇总得到解决，分公司支付的管理费用不得作为总公司正常费用扣除。但是，对属于不同独立法人的母子公司之间，确实发生提供管理服务的管理费，应按照独立企业之间公平交易原则确定管理服务的价格，作为企业正常的劳务费用进行税务处理，不得再采用分摊管理费用的方式在税前扣除，以避免重复扣除。
例如：甲公司和乙公司均属于居民企业，而乙公司是甲集团有限责任公司的子公司，甲公司拥有乙公司100%的股权。2011年年初，甲公司股东会作出决定：2011年度乙公司应向甲公司支付销售收入5%的管理费用300万元。2011年12月31日，乙公司按规定上交了总公司的管理费用300万元。乙公司在会计处理上，借记“管理费用”，贷记“银行存款”科目。同时，2011年8月乙公司按公允价值，向甲公司支付了技术、管理等一条龙服务费800万元，双方为此签订了服务合同或协议，明确了规定提供服务的内容、收费标准及金额，并按税法规定从甲公司取得了社会服务业统一发票。乙公司在会计处理上，借记“管理费用”，贷记“银行存款”科目。假定不考虑其他纳税调整因素，那么在2011年所得税汇算清缴时，乙公司应如何进行纳税调整？
根据企业所得税法第四十九条规定，企业之间支付的管理费、企业内营业机构之间支付的租金和特许权使用费，以及非银行企业内营业机构之间支付的利息，不得扣除。因此，2011年度乙公司支付给甲公司的总机构管理费用300万元不得扣除。然而，根据《国家税务总局关于母子公司间提供服务支付费用有关企业所得税处理问题的通知》（国税发[2008]86号）规定，母公司为其子公司提供各种服务而发生的费用，应按照独立企业之间公平交易原则确定服务的价格，作为企业正常的劳务费用进行税务处理。母公司向其子公司提供各项服务，双方应签订服务合同或协议，明确规定提供服务的内容、收费标准及金额等，凡按上述合同或协议规定所发生的服务费，母公司应作为营业收入申报纳税；子公司作为成本费用在税前扣除。如果母公司向其多个子公司提供同类项服务，其收取的服务费可以采取分项签订合同或协议收取；也可以采取服务分摊协议的方式。母子公司未按照独立企业之间的业务往来收取价款的，税务机关有权予以调整。但母公司以管理费形式向子公司提取费用，子公司因此支付给母公司的管理费，不得在税前扣除。子公司申报税前扣除向母公司支付的服务费用，应向主管税务机关提供与母公司签订的服务合同或者协议等与税前扣除该项费用相关的材料。不能提供相关材料的，支付的服务费用不得税前扣除。据此，在2011年所得税汇算清缴时，乙公司支付的按比例分摊的管理费用300万元不得扣除。但按公允价值支付的服务费800万元可以扣除。不过，在申报纳税时，对于800万元的服务费扣除，乙公司必须向主管税务机关提供，与甲公司签订的服务合同或者协议等相关材料。
非居民企业支付管理费用
企业所得税法实施条例第五十条规定，非居民企业在中国境内设立的机构、场所，就其中国境外总机构发生的与该机构、场所生产经营有关的费用，能够提供总机构出具的费用汇集范围、定额、分配依据和方法等证明文件，并合理分摊的，准予扣除。所以，非居民企业如果在中国境内设立的机构、场所的，税法允许支付境外合理分摊的费用给予扣除。例如：一家美国公司在中国设立了分支机构丙公司。2011年，丙公司支付境外两笔管理费用。第一笔100万元，丙公司能出具总机构的费用汇集范围、定额、分配依据和方法等证明文件，并且经税务中介机构认定，该费用支出比较合理。第二笔200万元。丙公司既不能提供境外总机构相关证明文件，又不能出具税务中介机构关于费用是否合理的证明。假定不考虑其他纳税调整因素，那么在2011年所得税汇算清缴时，丙公司应如何进行纳税调整？
依据企业所得税法实施条例第五十条2011年丙公司支付境外总机构的管理费用，第一笔100万元，由于能出具相关的证明文件，并认定该费用合理，因此，可以作为正常费用扣除。但支付的第二笔200万元，由于不能出具相关的证明文件，又不能认定该费用是否合理，所以，就不得作为正常费用在所得税前扣除。
