本文所述的“三方协议”不能抵扣增值税事宜，是指因签订“三方协议”导致发票开具方与收取款项方不一致，导致的不能抵扣增值税的情况，本文主要讨论与该事项相关的规定，不能滥用文件依据，导致税务风险。
　　
　　《国家税务总局关于加强增值税征收管理若干问题的通知》（国税发〔1995〕192号，以下简称192号文件）第一条第三款规定：
　　
　　“纳税人购进货物或应税劳务，支付运输费用，所支付款项的单位，必须与开具抵扣凭证的销货单位、提供劳务的单位一致，才能够申报抵扣进项税额，否则不予抵扣。”
　　
　　简单理解一下，就是甲公司销售货物给乙公司，乙公司取得的增值税专用发票上的销货方是甲公司，乙公司必须向甲公司支付货款，乙公司才可以抵扣发票上注明的税款。总结，就是发票开具方与收取款项方不一致，采购方不能抵扣进项税。
　　
　　在实际中，会发生很多类似于“三方协议”这样的交易，而且很大一部分情况是正常的经营行为。比如为了控制资金，很多大型公司都会设置统一的结算中心，所有的款项收付均由中心进行，但发票却是由各子公司或分公司取得；再比如出于对交易控制的考虑，有些情况必须由特定主体进行款项结算，可能会发生发票开具方与款项收取方不一致的情况；还有一些出于信贷风险等等各方面的考虑，总而言之，会有很多民事主体之间正当的“三方协议”，但正当的交易行为却有可能与税法发生冲突，当然这对于税务机关来讲也属无奈之举，毕竟有些不守法的纳税人利用“三方协议”虚开发票虚假抵扣等。
　　
　　鉴于以上原因，有很多税务专家，一直在寻找一些能够解决该问题的税务文件，比如，有观点认为《国家税务总局关于纳税人对外开具增值税专用发票有关问题的公告》（国家税务总局公告2014年第39号，简称39号文）中的条款，就是“三方协议”可以抵扣增值税的依据。
　　
　　39号文件规定：
　　
　　“纳税人通过虚增增值税进项税额偷逃税款，但对外开具增值税专用发票同时符合以下情形的，不属于对外虚开增值税专用发票：
　　
　　一、纳税人向受票方纳税人销售了货物，或者提供了增值税应税劳务、应税服务；
　　
　　二、纳税人向受票方纳税人收取了所销售货物、所提供应税劳务或者应税服务的款项，或者取得了索取销售款项的凭据；
　　
　　三、纳税人按规定向受票方纳税人开具的增值税专用发票相关内容，与所销售货物、所提供应税劳务或者应税服务相符，且该增值税专用发票是纳税人合法取得、并以自己名义开具的。
　
　　受票方纳税人取得的符合上述情形的增值税专用发票，可以作为增值税扣税凭证抵扣进项税额。“
　　
　　有观点认为，39号文中的第二条中的“取得了索取销售款项的凭据”，可以作为对192号文件规定的补充，可以作为“三方协议”可以抵扣增值税的依据。
　　
　　笔者对此持不同的意见，主要原因如下：
　　
　　一、从39号文件的本意来看
　　
　　举例简单理解，假设A公司取得了虚假的增值税专用发票，比如通过支付手续费的方式取得了没有真实业务背景的增值税专用发票等，同时又通过防伪税控系统开具了增值税专用发票给下游公司B，A与B之间的业务为真实情况，签订了购销合同，开具的发票也符合相关规定，A公司已经申报并缴纳了增值税，B公司也向A公司支付了货款，总而言之符合39号文件的三条规定。
　　
　　当A公司取得虚假增值税发票并抵扣的情况被当地税务机关发现后，A公司开具给B公司的发票行为如果被认定为虚开，则不管B公司取得该发票是善意或恶意行为，都不得抵扣从A公司取得的增值税专用发票的进项税。
　　
　　这种处理对于B公司来讲显然是极为不合理的，B公司签订了正式的合同，货物交易也是真实情况，货款也真实的支付，不让其抵扣增值税对于遵纪守法的纳税人来讲是很难接受的。
　　
　　所以，39号文件规定，即使通过虚增增值税进项税额偷逃税款的纳税人，同时符合文件上述三个条件开具的发票，不认为是虚开增值税专用发票。这样，上述例子中的B公司就有可能不被追缴税款及滞纳金。
　　
　　从39号文件的本意来看，这与“三方协议”抵扣增值税完全没有关系。
　　
　　二、从“取得了索取销售款项的凭据”的真实含义来看
　　
　　有观点认为，“三方协议”也属于“取得了索取销售款项的凭据”的一种形式。
　　
　　这个逻辑很简单，增值税条例十九条对于增值税纳税义务发生时间的规定，“销售货物或者应税劳务，为收讫销售款项或者取得索取销售款项凭据的当天”；营改增财税〔2013〕106号文件规定，“取得索取销售款项凭据的当天，是指书面合同确定的付款日期；未签订书面合同或者书面合同未确定付款日期的，为应税服务完成的当天。”
　　
　　所以，逻辑就出来了：
　　
　　签订三方协议——书面合同确定付款——取得索取销售款项凭据——不认定为虚开——下游可以抵扣
　　
　　这种推理显然是不正确的，首先39号文件的前提是“纳税人通过虚增增值税进项税额偷逃税款”；其次，“三方协议”的不允许抵扣，指的是发票开具方与收取款项方不一致的情况，并不能因为所谓的“取得索取销售款项凭据”就将此限制忽略，也就是说，即使不考虑39号文件的前提，即使“取得索取销售款项凭据”，仍然需要考虑发票开具方与收取款项方不一致的情况。
　　
　　总而言之，笔者认为这是对于39号文第二条规定扩大化的理解，其中的“取得了索取销售款项的凭据”没有任何含义指向了三方协议的情况。
　　
　　当然，这里需要解释一下，“索取销售款项凭据”并不单指合同，比如，甲公司销售货物给乙公司，合同规定验货后3日内付款，这里的“索取销售款项凭据”还包括乙公司的验货证明、提货单等单据。
　　
　　笔者最后强调，此种做法存在很大的税务风险，如果纳税人根据39号文去签订“三方协议”，认为其进项税可以抵扣，应该不会得到主管税务机关的认可，虽然其正当交易导致税务风险有些冤屈，我们也呼吁尽可能的保护守法纳税人的正当经营性为，但纳税人应以现行文件规定进行税务处理。39号文并不是“三方协议”抵扣的救命稻草。