用于货物运输的商务车可抵扣进项税
　　财税〔2011〕111号文件第二十四条规定，下列项目的进项税额不得从销项税额中抵扣：用于适用简易计税方法计税项目、非增值税应税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人消费的购进货物；自用的应征消费税的摩托车、汽车、游艇，但作为提供交通运输业服务的运输工具和租赁服务标的物的除外。消费税暂行条例中“消费税税目税率表”明确，中轻型商用客车应征收消费税。如果物流企业购进的应征消费税的商务车是用于非生产经营，其进项税不得抵扣；如果是用于生产经营，可以抵扣进项税。为此，企业不仅要将生产用和非生产用的商务车分开核算、分开记账、分别申报，还要有证据证明车辆是用于货物运输，如行车日志、货物记录单、驾驶员工作单、运输合同等，以取得税务机关的认可。

　　上例，假设物流公司购进的30辆商务车中4辆用于公司公务活动，26辆用于货物配送服务，每辆车价格12万元，则可以抵扣的进项税=26×12×17%=53.04（万元）。要注意的是，物流公司拥有的员工班车和高管使用的小汽车等非交通运输车辆的物耗、油耗等，属于“集体福利或者个人消费的购进货物”，不能抵扣进项税。

　　报废车辆的进项税额处理
　　对于发生车祸而导致的车辆报废，增值税暂行条例及其实施细则规定，非正常损失指因管理不善造成被盗、丢失、霉烂变质的损失。车祸导致的车辆报废不属于“被盗、丢失”，不属于“非正常损失”，不作进项税额转出。

　　上例，假设该公司报废的5辆车购进价40万元，进项税额6.8万元。报废时，进项税额不作转出处理。

　　处置使用过的车辆要缴纳增值税
　　对于已抵扣进项税额的车辆，《财政部、国家税务总局关于交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点若干税收政策的通知》（财税〔2011〕133号）第一条规定，按照《交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点实施办法》和《交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点有关事项的规定》认定的一般纳税人，销售自己使用过的2012年1月1日（含）以后购进或自制的固定资产，按照适用税率（购置车辆所抵扣的增值税税率）征收增值税；销售自己使用过的2011年12月31日（含）以前购进或者自制的固定资产，按照4%的征收率减半征收增值税。对于没有抵扣进项税额的车辆，视同为2011年12月31日之前的固定资产（上海以外的试点地区以当地税改时间为准）处理。使用过的固定资产，指纳税人根据财务会计制度已经计提折旧的固定资产。

　　上例，处置10辆箱式小货车应缴纳增值税=20÷（1 4%）×4%÷2=0.3846（万元）。假设箱式小货车是“营改增”后购进的，则应缴纳增值税=20×17%=3.4（万元）。

　　企业所得税处理有变化
　　“营改增”后，企业缴纳增值税不能在企业所得税前扣除，且支付的运费或其他劳务费用，由于可以抵扣进项税，包含进项税额的那部分，不能再作为成本费用在企业所得税前扣除，在应纳税所得额上有所增加。

　　上例，假设企业成本费用2000万元，不考虑其他税费。“营改增”前，应缴纳营业税=2220×3%=66.6（万元），应纳税所得额=2220-2000-66.6=153.4（万元）：“营改增”后，应缴纳增值税=2220÷1.11×11%-153.4=66.6（万元），应纳税所得额=2220-2000=220（万元），两者相差66.6（220-153.4）万元。

　　另外，计税基础也有变化。假设该公司购买的金杯商务车预计使用年限为5年，则“营改增”之前，物流企业购买的固定资产不能抵扣进项税，其外购的固定资产计税基础是价税合计金额=30×12×（1 17%）=421.2（万元），按5年折旧，月折旧额=421.2÷5÷12=7.02（万元）。“营改增”后，假设购买的商务车全部可以抵扣进项税，其外购的固定资产计税基础为不含税金额360万元，月折旧额=360÷5÷12=6（万元），每年折旧增加的应纳税所得额=（7.02-6）×12=12.24（万元）。也就是说，同样价格的车辆，在“营改增”前后确认的计税基础不同，“营改增”后的计税基础要小于“营改增”之前的计税基础，折旧金额也要小于“营改增”之前的折旧金额，应纳税所得额则相应增加。