近年来，随着资本市场的迅猛发展，证券基金公司作为资本市场的一个重要主体，不断发展壮大。在行业发展的同时，会计核算标准得到了统一和提高，相关的税收政策也在不断完善，但不容忽视的是该行业税收收入并未随着行业的发展同步增长，一些税收问题逐步显现出来，笔者认为以下几个税务处理问题应引起证券、基金行业重视。
　　
　　买卖金融商品应注意分类计算营业税　　
　　在买卖金融商品的营业税计算上，《财政部、国家税务总局关于营业税若干政策问题的通知》（财税〔2003〕16号）规定，金融企业买卖金融商品（包括股票、债券、外汇及其他金融商品，下同），可在同一会计年度末，将不同纳税期出现的正差和负差按同一会计年度汇总的方式计算并缴纳营业税，如果汇总计算应缴的营业税税额小于本年已缴纳的营业税税额，可以向税务机关申请办理退税，但不得将一个会计年度内汇总后仍为负差的部分结转下一会计年度。对于买卖金融商品的价差收入核算，《国家税务总局关于印发〈金融保险业营业税申报管理办法〉的通知》（国税发〔2002〕9号）规定，金融商品转让业务，按股票、债券、外汇、其他四大类来划分。同一大类不同品种金融商品买卖出现的正负差，在同一个纳税期内可以相抵，相抵后仍出现负差的，可结转下一个纳税期相抵，但年末时仍出现负差的，不得转入下一个会计年度。
　　
　　近年来，随着资本市场的不断发展，各类基金、短期融资券、中央银行票据、权证、股指期货等金融商品不断涌现。证券、基金公司在计算金融商品转让营业税时，存在将上述金融商品如何进行归类的问题。笔者认为对金融衍生商品（权证、股指期货等）应按标的金融资产（股票、债券）进行划分，对基金产品按其投资方向划分为股票基金、债券基金、其他基金，由此则可将股票、与股票相关权证、股票基金、股指期货等划为股票类，国债、短期融资券、可转债、中央银行票据、买入返售证券、卖出回购证券、债券基金等划为债券类，其他基金和与股票无关权证等划为其他类。