营改增被认为是中国税收改革的最重要的抓手，营改增是日后中国税收、公共财政的风向标。 营改增的目标是减轻企业负担，发展服务性行业，减轻企业负担是为了让利于企业，发展服务业是为了调整经济结构，更重要的是，营改增是调整中国地方与中央财政税分成的先兆。 根据试点情况，营改增存在两大问题：
一是某些行业税收增加，
二是地方财政收入减少。
如果不改变营改增存在的问题，将衍生出两大负面效果：税收增加的企业抵制营改增，进而误解税收改革与民争利；地方财政收入下降将导致地方更加依赖土地财政，地方政府或者暗中反对营改增，或者放开手发展房地产业，两者必居其一。而中央政府财权更大，将直接影响未来中国的发展路径。 营改增后交通运输行业的物流企业负担大增。 营改增之后，地方税收收入将减少。为推广营改增，目前的权宜之计，是将营业税改征增值税之后的收入全部返还给地方政府，此举不可能长久。即使保持目前营改增收入全部纳入地方财政篮子的格局不变，营改增的降税负担也将落到地方政府头上，从理论上地方政府要补贴税收负担加重的企业。上海2012年前11个月，营改增试点已经累计减税225亿元，占2011全年营业税收入的22%左右，占地方公共财政收入的6%左右。2013年许多试点省市纷纷下调财政收入目标，为未来改革留空间。从长远看，营业税全部改为增值税后，不可能保持目前的返还制度，地方与中央政府的分成比例必然重新划分。
如果不降低物流等行业税负，不改变地方政府补贴的复杂，很难摆脱与民争利、官僚化的指责；如果不尽快建立地方政府的合法合规的税费、预算体制，营改增将加剧地方财权与事权不匹配的沉疴，地方政府依靠土地收入、依靠隐性负债平衡财务的现象将愈演愈烈，而上级政府很难逃脱与地方争利的诟病。 中央与地方政府必须划分新的税收分成机制，同时在严格预决算的基础上，建立能够满足地方财政所需的新税种。试点区域各地方政府，纷纷下调2013年财政收入计划，为营改增腾出空间。如果地方政府财政收入下降，而地方投资规模并未因此下调，房地产市场价格更高、风险更大，各地地方政府将继续通过盘活土地资产的方式解决目前的收入困境。另一方面，如果中央政府掌握财权越重，转移支付的力度越大，各地财政空间越小，离地方财政自治的目标也就越远。 尽快为营改增存在的问题纠偏，跳离争权与揽权陷阱，才能为未来更加困难的房产税改革厘清障碍。
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