2月4日，科技部、财政部、国家税务总局联合印发了修订后《高新技术企业认定管理办法》（国科发火〔2016〕32号）。
修订后的办法相较于之前的办法，新增了一条内容：
第十八条跨认定机构管理区域整体迁移的高新技术企业，在其高新技术企业资格有效期内完成迁移的，其资格继续有效；跨认定机构管理区域部分搬迁的，由迁入地认定机构按照本办法重新认定。
除此之外，修订后的办法对于领导小组的职责要求、高新技术企业的资格认定审查、认定条件等都有了不少的变化。
一、组织与实施
1、新办法调整了由科技部、财政部、税务总局组成全国高新技术企业认定管理工作领导小的主要职责。
2、新办法细化了领导小组的组成人员，并对于领导小组的职责做出了更为细致的规定，原先的办法对于领导小组的职责只进行了粗略的要求，新办法不仅在原先的基础上保留了领导小组的职责，并且对于领导小组的职责要求提出了更高的要求。
3、新办法在高新技术企业认定管理机构下面新设了办公室，由省级、计划单列市科技、财政、税务部门相关人员组成，办公室设在省级、计划单列市科技行政主管部门。此外，新办法在原有的基础上，对于认定机构的工作进行了更为细致的划分，提出了更高的要求。在原先的基础上，新办法要求认定机构需要向领导小组提交管理工作报告、将认定后的高新技术企业向领导小组备案，对于通过备案的企业颁发证书、负责遴选参与认定工作的评审专家(包括技术专家和财务专家)，并加强监督管理和落实领导小组及其办公室提出的整改建议。
新办法取消了对于减税、免税条件变化之后应在15日内向主管税务机关报告的规定。
二、认定条件与程序
1、新办法对于高新技术企业的认定条件做出了适当的放宽。
首先，对于企业的注册地和资质要求进行了放宽。原先办法，只有满足在中国境内（不含港澳台地区）注册的企业并拥有3年或5年以上资质才能申请资格认定；新办法只要企业注册时间超过1年就可以进行申请认定；
其次，新办法对于企业从事研发和相关技术创新活动的科技人员占企业当年职工总数的比例从原先的30%降低到了10%，并取消了学历的限制；
第三，新办法较旧办法降低了对于年收入小于5000万的企业收取对于研究开发费用总额占销售收入总额的比例，由原先的6%降低为5%；
但是，在认定条件放宽的同时，对于企业的要求变得更为严格。
新办法要求企业申请认定前一年内未发生重大安全、重大质量事故或严重环境违法行为。
2、新办法和旧办法相比起来，对于材料的提交有了新的要求，由原先的6项材料变为8项材料提交。新的要求提交的材料为：
（1）高新技术企业认定申请书
（2）证明企业依法成立的相关注册登记证件
（3）知识产权相关材料、科研项目立项证明、科技成果转化、研究开发的组织管理等相关材料
（4）企业高新技术产品(服务)的关键技术和技术指标、生产批文、认证认可和相关资质证书、产品质量检验报告等相关材料
（5）企业职工和科技人员情况说明材料；
（6）经具有资质的中介机构出具的企业近三个会计年度研究开发费用和近一个会计年度高新技术产品(服务)收入专项审计或鉴证报告，并附研究开发活动说明材料；
（7）经具有资质的中介机构鉴证的企业近三个会计年度的财务会计报告(包括会计报表、会计报表附注和财务情况说明书)；
（8）近三个会计年度企业所得税年度纳税申报表。
3、在资格审查上面有了变化
在合规审查上面，由原先的抽取专家审查，变更为随机抽取专家审计进行审查；审查过后的“高新技术企业认定管理工作网”的公示时间也由原先的15日变更为10日。
新办法取消了对高新技术企业的复审认定，要求在每年5月底前在“高新技术企业认定管理工作网”填报上一年度知识产权、科技人员、研发费用、经营收入等年度发展情况报表。
四、监督管理
新办法在取消高新技术企业资格的办法中，取消了有偷、骗税等行为的这一条款。在处罚力度上面，由5年内不再受理被处罚企业的认定申请变更为追缴被处罚企业发生违规行为之日所属年度起已享受的高新技术企业。
五、扩充重点支持的高新技术领域。
新办法将制造业中的增材制造与应用等新技术和服务业中的检验检测认证等技术，以及文化创意、电子商务与现代物流等领域的相关技术纳入支持范围，同时剔除一批落后技术，使政策优惠发挥对科技创新的牵引作用。
